隨著巡鹽禦史對都轉運鹽使權力的不斷侵奪，到嘉靖初年，巡鹽禦史開始成為淩駕於運使之上新的最高鹽業管理者。
嘉靖七年，巡鹽禦史王舜耕以灶丁貧困，令運司將紙米價銀並粟穀量行給散，全活甚夥。
從而，運司官員已經淪為巡鹽禦史的下屬，聽其指令。
嘉靖年間，史起蟄在其所撰《兩淮鹽法誌》中曾這樣概括巡鹽禦史的職權
上命監察禦史一人，秩正七品。
禦史之職掌察兩淮鹽策之政令，監臨司使，平惠商灶。
凡盜煮私鬻阻壞鹽法者，則督令官軍捕撲之。
鹽糧發運，自兗、濟距留都河渠兼理之，無使壅滯。諸司之事有所興革，鹹請於禦史審允之而後行，禦史乃視其成，校其功狀殿最、參其德行、量其材藝而薦糾之，以奉行其製命焉。
《兩淮鹽法誌》概括的職權，大致可以歸納為監察考核運司官員、巡捕私鹽、管理河道、完善鹽務管理四個方麵，幾乎涵蓋了鹽務管理的所有環節，以前巡鹽禦史親自負責的稽查私鹽工作，已變成督令官軍捕撲之，成為巡鹽禦史職責的次要方麵。
此時的運使已完全處於從屬地位，隻是謹受巡鹽禦史之政令而申勵焉，巡鹽禦史成為完全意義上的各地最高鹽業管理者。
也正因此，作為鹽業管理事實上的長官，巡鹽禦史多被時人稱為‘鹽官’或‘鹽院’。
自嘉靖朝時起，作為淩駕於各地運司之上的鹽業管理最高長官，巡鹽禦史對於統一鹽政事權、處理各地鹽務問題，特彆是保障鹽業產銷、穩定國家鹽利收入有著決定性的影響。
萬曆年間因各地巡鹽禦史空缺較多，在缺乏巡鹽禦史督理之時，各地鹽政幾乎陷入癱瘓。
兩淮鹽課因缺乏巡鹽禦史監管，課額虧減白銀七十餘萬兩。
另外，由於缺少巡鹽禦史督理，自萬曆三十四年夏至三十五年春，長蘆和山東運司虧欠戶部鹽課銀二十五萬兩，兩淮課額欠至一百餘萬兩。
半年多時間，竟虧欠如此之多，實在驚人。
在萬曆時期，巡鹽禦史已經成為不可或缺的鹽業監管者，而原有的都轉運鹽使司，在缺乏巡鹽禦史督理的情況下，已經不能獨自完成鹽務管理的任務了，巡鹽禦史一旦缺任，鹽業係統將不能正常運行。
總的來說，大明巡鹽禦史的權力經曆了一個發展、擴張、穩定的過程，在嘉靖朝已經成為各地至高、至關緊要的鹽政管理者。
巡鹽禦史的權力之所以能夠如此，從本質上來說，是由於明初鹽業管理者運司缺乏監管，腐敗不堪，影響到了朝廷的鹽利收入，朝廷被迫不斷賦予巡鹽禦史更多的權力，推行應變之舉的結果。
伴隨著巡鹽禦史權力的擴張，巡鹽禦史與都轉運鹽使的地位也悄然地發生了變化，巡鹽禦史變成了現如今事實上的地方鹽政的最高管理者。”
李長庚介紹完大明巡鹽禦史的發展曆史後，便起身朝朱由校躬身行了一禮道“陛下，以上就是關於大明巡鹽禦史的發展曆程，請陛下示下！”
聽完李長庚的介紹，朱由校大概明白了大明的巡鹽禦史的發展曆史，對於李長庚的詳實介紹，朱由校自然不會吝惜讚賞之詞“內容很詳實，脈絡也十分清晰，辛苦李閣老了，快坐下喝兩口茶緩緩！”
作為一個擁有現代人思想的朱由校，有時候實在喊不出‘愛卿’倆字，更多時候還是直呼他們的職位或職位昵稱為主。
待李長庚坐下後，朱由校說出了自己的見解“從李閣老的陳述中，朕不僅明白了咱大明巡鹽禦史發展的大致脈絡，也了解了巡鹽禦史的具體職責與轉運司之間的關係。
但朕有點不明白的是，既然之前因轉運司缺乏監督出現腐敗而設立了巡鹽禦史，但設立了巡鹽禦史後，尤其是現如今巡鹽禦史集監察與管理一身，那巡鹽禦史又該由誰來監督？
現在出現了兩淮巡鹽禦史徐縉芳向造反的徐鴻儒運送武器，是不是他還有其它嚴重的瀆職與貪墨之事？”
李長庚站起來回道“回陛下，萬曆四十年的時候，因兩淮鹽課出現停壓現象，便任命了戶部專管鹽政的山東清吏司郎中袁世振以按察使的身份，疏理兩淮鹽政，任鹽法道，並推行了‘綱鹽法’，疏理積引，使鹽法暢通。”
朱由校回道“袁世振去兩淮梳理鹽政，雖短期內改善了兩淮鹽政的停壓，但這個跟太祖與太宗派禦史巡察整頓鹽業在實質上並沒有太大的差彆！”
李長庚以為皇帝不了解袁世振的‘綱鹽法’，便耐著性子解釋道“啟奏陛下，袁世振的‘綱鹽法’，刊行十字綱冊，將經營鹽業生意的鹽商固定下來，並世代相傳，其他商人不得染。
‘綱鹽法’施行後，改變了過去由轉運司與鹽課司在中間代買代賣的職責，轉為鹽商直接跟灶戶交易，從而將以囤戶為中心的內商從守支、兌支的困境中解脫了出來，保證了鹽課的順利征收。”
對於這種將鹽業生產與銷售全權委托給指定商人的做法，朱由校內心自然不讚成的，不說後世的中國，甚至連很多歐美發達國家，鹽業大多是由政府國營，或者政府生產、商人銷售，再或者交由商人生產銷售，但政府卻要全程參與監管。
現在袁世振不僅將銷售的權利全部下放給指定的鹽商，而且很可能還是以淮揚為首的大鹽商，朱由校就更是不能同意了，這些淮揚大鹽商靠囤積鹽引發家並賺取了鹽業的絕大部分利潤，一群投機分子什麼齷齪的事情乾不出來。
再加上官商早就成為一體，這些人聯合起來減產、囤積或隨意提高鹽價，會對大明脆弱的社會安定帶來極大的挑戰。
此外，傳統的灶戶作坊式低效生產方式，交給商人運營後，既無法保證食鹽的價格，更無法保證食鹽的質量。
但是，朱由校對於大明鹽政十分的不熟悉，雖然剛聽完了李長庚對於巡鹽禦史的介紹，但也僅限於巡鹽禦史，對大明鹽政的情況仍然是一頭霧水。
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