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作為內閣首輔，高拱負責的是吏治改革方麵。吏治是國家政治製度的基本製度，吏治敗壞是政治敗壞的產物，而它的敗壞，又反過來催化了政治的敗壞。不僅會招致吏治腐敗、官場黑暗，而且使大明朝陷入了邊事廢弛，財政困難，民眾困窮，社會的窘境。
對於大明吏治的根本問題，高拱在《除八弊疏》中，已經有了深刻的闡述，然而要進行改革，還必須將其具體化，然後對症下藥，高拱在一係列奏疏中，便一一列出：
其弊一，選官不問其才，升官隻論資格。這是用人製度上最大的弊端。原先太祖時期，選官唯用其賢，毋問其資格。然而宣德後，漸漸以資格為論。高拱的《議處科目人才以興治道疏》中，說州縣正官以上的官員，進士具其七，‘其係進士出身者，則眾尚之，甚至以罪為功。其係舉人者，則眾薄之，甚至以功為罪。’事實上，科甲官普遍存在著眼高手低，不通政事的毛病，隻會虛文應上，急政沽名而已，而真正能行實政、及於民者，卻寥寥無幾。反而那些舉人出身的科貢官，因為長期從事事務性工作，對民生政務要更加熟悉，也更適合擔負牧民之責。
然而，本朝對於進士官和科貢官，存在著嚴重的區彆對待。舉薦、升遷這些優待，全都是進士官的專利；而吃苦受累背黑鍋，則是科貢官的待遇，且毫無前途可言。這樣非但壓抑了大量人才，不利於激勵各級官吏勤於政事，為國效力，也助長了科甲出身的官吏的胡作非為。
其弊二，考核失實，賞罰混亂。本朝原有十分完善嚴格的考核、賞罰製度。然而自成化以來，出現了嚴重的問題。一是把這考核糾劾作為結黨營私、排斥異己的工具。二是毀譽失實，賞罰無章。高拱不僅在奏疏中，揭露了各省撫按官有法不依，任意輕重的狀況，還指出官官相護，‘對大奸大惡者不敢問而佯作不知，甚至稱其高品，縱豺狼以當道，覓狐鼠以塞責。’三是懲汰官吏不從實際出發，循以定額，‘數十年來，考察懲汰之數竟有定額，以是襲為故常。其數既足，雖有不肖，姑置不論；其數不足，雖無其人，強索以充。’
其弊三，鄙薄邊官及鹽、馬之官。高拱指出，派往薊、遼、山、陝等邊方的官員，‘非雜流則遷謫，非遷謫則才力不堪之人，蓋以劣處之也。’對鹽馬官基本情況，他也作了分析，說‘近年以來，實之甚輕，就算是卿使正官，也皆以考不稱職，有物議者充之。’
其弊四，以權謀私，不擇手段。高拱在奏疏中，述及現今的官場狀況說：‘今人做官，隻於獵取高官肥缺，一片軟然成風，低頭閉目，奔趨巧媚，以為善官。’為了以權謀私，相互傾軋，至於官吏貪汙，更是比比皆是，習以成風。
其弊五，玩忽職守，有令不行。由於吏治腐敗，用人無道，賞罰無章，居官者多不專心職守，致仕法度廢弛，政令不行。朝廷詔旨，抄到各部，視為故紙，禁之不止，令之不從。各部間文移往來，曆時數月著屢見不鮮。
凡此等等，可見嘉隆年間吏治腐敗之梗概。
對於此，高拱製定了一整套的改革措施。
針對其弊一‘選官不問其才，升官隻論資格’，對策是‘選賢用能，不論出身’。他責成吏部，對於進士官、舉人官、和監生官要三途並舉，隻在授官時論其出身資格，步入仕途後，則一切憑政績說話，不問其出身。並請皇帝下旨都察院並各撫按官，務必摒棄舊有思想，但係賢能、一體保薦，亦不得複有低昂。他聲稱，如果按此執行，則進士不得獨驕，舉人皆以自效，而善政必多。就算不能人人皆然，而十鄉之中，少可亦有六七，則亦過半矣。善政多安，民安則國克富。
然後，在‘不論出身’的原則基礎上廣求賢能。他在署吏部事後，便責令所屬司官廉訪賢才，並將孰賢孰能登記造冊以備用；又授策天下有司曰，還要求地方各州府大力發現人才，但係賢才，則出身皆不必論，必與推薦，不得故意遺漏。
接著，對初選出來的人才加以培養。高拱說：‘朝廷用人，必先養人，若無養之於先，則用之亦充數而已。仆誠欲養於未用之先，以辨其才；乃用於既養之後，以充其任。’他的主張是，將前一步初選出來的人才，先放到各衙門或地方任屬官，使其積累經驗，朝廷也好辨其賢否，根據特點，委以重任。
還要對培養好的人才，因人授職、人儘其用。高拱說，不同的人才品德、能力各不相同。就像人的五指，大小長短截然不同，卻都有用處，關鍵是將這些人，安排到合適的職位上去……他把人才分為三檔，德才兼備者為上，有德微才著為中，有才微德者為下，但都可稱為人才，具有所用。他認為各部門在使用人才時，關鍵是要‘量才使用，揚長避短，用其長則可儘其才，而事可成。若違其長而用其短，則鮮有不敗者’。他還提出，以才氣勝者，用以處理繁雜的事務，以道德勝者，用以擔任科道風憲；而正印宰治之人，則非德才兼備者莫屬。
而且，在對官員的處罰上，要區彆大節與細微，不因有細微之過，一時一事之時失棄之不用。這也是高拱反複強調的用人政策。在他看來，人皆有過，無過之人是不存在的。那些所謂無過之人，不過是沒有具體做事罷了。一旦具體做事，其過必出。
所以高拱要求對‘細微之過’持寬容態度，要看其大節，對其過失做具體分析，要求‘糾劾官員，務要詳審較量，除官守大壞者照例糾處外。對於才能勝任但舉措失當者，當略其微；對於德行稍瑕，但已經改正者，不問其舊過，俱要曲加保全，以圖共濟。至於昏庸靡弱無一可表見者，雖然操行履曆沒有過錯，也要核實照‘罷軟’事例議黜，以免妨礙賢者上升之路。’
並且指出，因為德才兼備者畢竟是少數。如果一味的求全責備、既往必咎，使幡然悔改者無路可投，隻能徒讓庸儒自保者充任，朝廷又靠什麼人去建立事功呢？
同時，著重選配好要害部門的正官，以及地方守令。所謂要害部門的正官，包括首相，吏部尚書，左都禦史。高拱說‘要得治天下，隻在用人。用人隻在三個人，一個首相，一個塚宰，一個台長。首相得人，則能平章天下事務，件件停當。塚宰得人，則能進賢退不肖，百官莫不稱職。台長得人，則能振揚風紀，有不法者，率眾台糾治之，而政體自清……然這三個人中，尤以首相為要。’又說‘守令之賢否，關係到生民休戚。使天下守令得人，天下太平矣。’