南督禦史孫鑨苦澀道：“諸位以為我們沒有彈劾此獠麼？”便命人將數月以來，南京言官們彈劾張清的副本推出來給諸生閱看，竟有近百本之多。眾人驚愕之餘，他又道：“京裡的閣老、部堂們也不停勸諫，希望皇帝能召回張清等人，安撫東南百姓，”說著重重歎息一聲道：“無奈……”後邊話打住了，大家也知道他說的是什麼。
“本官無能，任官南京數年間，未嘗有一善政於百姓。”孫鑨接下來的話，讓心涼了半截的眾人，又一次熱血沸騰起來，隻聽他說道：“我已經寫好了辭呈，準備去罵張清一頓，誰要是也有此念頭，不妨同去，責任都算我的。”說著狠狠的罵一聲道：“道不行，乘桴於海上，這鳥官不當也罷！”
見素來不苟言笑的孫都堂，竟然爆出粗口，眾人歡呼起來，全數跟著他，便轉而來到張清的署衙，張清哪裡會見他們，趕緊讓手下的太監擋住，雙方扭打一處，衝突持續了兩個時辰，憤怒的南京民眾越聚越多，最後聚起了一萬餘人，蜂擁衝入署衙之中，嚇得張清逃匿皇宮，整個南京城的宦官都不敢出門。
情形發展到如此地步，萬曆依舊不思安撫，而是嚴令南京守備太監，護送張清周全回京——張清就這樣帶著掠奪來的金銀財寶，安然無恙地回到北京城。雖然迫於壓力，萬曆在沒有湊足額定的三百名宮女的情況下，終止了此次挑選宮女的計劃。但他並不認為錯在己方，而是跟認定了，是因為地方官跟自己對著乾，命錦衣衛將不與張清合作的蘇州知府李商畊、無錫知府錢守訓、推官趙文煒、吳江知縣華鈺、太倉知縣車任重、南京兵備僉事馮應京逮治問罪。而直接導致南京sao亂的南督禦史孫鑨，也被押解進京。
孫鑨被關在詔獄時，萬曆讓人送了把寶劍過去……他實在是想借機殺了這個沈默死黨，於是耍了個小聰明，讓送劍給他的太監傳話道：‘你自裁吧。’但當孫鑨自殺了，他又可以矢口否認，說隻是賜一把劍而已。自幼被稱為神童的萬曆皇帝，從來不缺乏這種自以為是的小聰明。
誰知孫鑨聽了口諭後，便伸出手來。
“乾嘛？”太監有些愣了。
“皇上既然要賜死我，肯定要有手諭的。”孫鑨淡淡道。
太監拿不出，支吾著退了出來，後來竟沒了下文……
孫鑨便將寶劍懸於腰間，端坐在牢房中，想坐就坐、想臥就臥，誰也不敢靠近……因為他說，這可是禦賜的尚方寶劍，殺人不用償命的！
小樣，想嚇唬我？還nen了吧！
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孫鑨等人被關在詔獄，大臣們自然積極營救，內閣諸位大學士，以集體辭職為要挾，終於使萬曆同意放人，但在諭旨中嚴厲的明示，隻此一次，下不為例！如有再犯，定斬不饒！
萬曆這次之所以答應痛快放人，並不是他想與大臣修複關係。事實上，君臣之間已經如感情破裂卻又無法離婚的夫妻，不過是搭夥過日子，各行其職罷了。真正促成這次赦免的，其實是他的母親李太後，而李太後之所以退隱多年再理政事，是因為她有孫子了。
當然是萬曆的兒子。萬曆十年，八月十一日淩晨，紫禁城啟祥宮裡，傳出一聲嘹亮的嬰兒的啼哭。恭妃娘娘胎氣發動順利產下一子，這也是萬曆皇帝朱翊鈞，於萬曆六年春月間大婚，至此四年半時間，所生的第一個兒子。諷刺的是，這位恭妃娘娘，既不是他大婚時的皇後，也不是後來冊封的二位娘娘，甚至不是他前年娶的九嬪，而是太後宮裡的一個宮女。
卻說那日皇帝一早去向太後請安，許是前一次服用春藥的效果未散去，他感到了久違的一柱擎天，大清早就饑渴難耐。正好那天太後在禮佛，他便順手拉了個宮女，就在母親佛堂的隔壁發泄了一下。
誰知道世上的事兒就是這麼扯淡，與他結縭的正宮娘娘，正經辦事兒數年都沒有懷孕，而這王宮女偷沾雨lu，竟奏承祧之功。不出數月，肚子大起來，瞞不住了，李太後終於知道，王宮女本以為這下死定了，誰知道太後娘娘竟然很平靜的問明了情況，然後讓人拿來《內起居注》一比對，就讓人給她換上嬪妃的衣服，然後把皇帝叫過來。
萬曆來了，李太後問他，可是在自己這裡做過醃臢事兒。萬曆做賊心虛，矢口否認。李太後把《內起居注》上的折頁翻開道：“你自己看！”《內起居注》是皇家絕密，由專門的啞巴太監負責全程跟蹤皇帝，將皇帝的一舉一動記錄下來。其意義十分重大，比如皇帝要是出了意外，也好找責任人，又比如，像現在這樣，搞出意外，也好確定是不是自己的種。
萬曆啞口無言，隻好認賬，將其封為嬪妃，並留在太後這裡安胎。
五個月後的淩晨時分，皇長子呱呱墜地。在佛堂禱告一宿沒合眼的二位太後，聽說生出個帶把的，頓時喜極而泣。萬曆也未曾合眼，與太監打了一宿的馬吊牌等候消息。一聞這喜訊，也是如釋重負，無論作為一個男人，還是一個皇帝，他都盼這個兒子太久了。
紫禁城內頓時沸騰，到處掛起了喜氣洋洋的大紅燈籠，接著是整個大內響起了鞭炮聲。後花園中的譙樓和午門前的五鳳樓上，同時奏響了悠揚ji越的大鐘，向天下宣告著大明朝繼承人的誕生。
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