這時候崇禎皇帝才反應過來他之前的錯誤，因為太過擔憂京師安危，他把所有的勤王部隊全部集中到了京師，可卻沒有提供足夠的糧食，妥善安置好勤王各部，而且又自作聰明地怕這些部隊鬨事，弄出了不斷換防的餿主意來。
現在惡果出現了，山西軍和延綏軍先後嘩變，除去這兩部外，其他各部也有類似的情況發生。更令人驚恐的是還沒趕到京師的甘肅邊軍，居然在半路上嘩變殺官，先乾掉了領兵主將，接著又占據了縣城殺了縣令和城中官員，最後那些亂兵直接甚至還扯出了反旗造反去了，這是大明開國以來從未聽聞過的事啊。
麵對這樣的情況崇禎皇帝怎麼能坐得住？如果說他之前是擔心勤王部隊太少，他在京師不安全。那麼現在的他開始擔心勤王部隊太多，自己在京師同樣不安全了。
一旦城外的勤王部隊和甘肅軍一樣全部嘩變造反，直接掉頭殺進京師來可怎麼辦？要知道外麵的勤王部隊取出已經逃散的山西軍和延綏軍，還有足足八萬多人呢，而且這些部隊大多都是精銳的邊軍，就算是衛所軍也是衛所軍中比較能打的，假如這些軍隊聯合起來造反，以京師內的京營力量根本就擋不住，一旦這種事真的發生，他這個皇帝屁股下的寶座還能穩？
越想越是害怕，崇禎皇帝連忙找來內閣閣老和兵部尚書商議，眾人趕到皇宮一碰頭，麵對這樣的情況大家心裡都在暗暗叫苦，可要說應對辦法卻有不同意見。
有人說儘快解決城外部隊糧食問題，讓朝廷先滿足各部的糧草需求。
還有人說派官員出城安撫各部，如果糧食不夠就先給點銀子，不管如何穩定是第一位的。
還有人提議眼下京師根本不需要那麼多勤王部隊，聽說還有幾隻勤王軍還在半路上，等他們來了更是麻煩，倒不如傳旨讓未到的勤王軍回去再說，反正現在皇太極已經離開京師正在攻打山海關，京師最危急的時候已經過去了，何必繼續留這麼多部隊在京師呢？
這話一出，得到了大部分人讚同，兵部也表示同意，建議崇禎皇帝解散一部分勤王部隊，以減少城外不穩定因素。此外，之前孫承宗不是說希望京師的勤王部隊調集一部分北上麼？不如把從中抽出部分交給孫承宗來負責，讓他們去北邊和建奴交戰去。
隻要這些部隊給了孫承宗，那麼接下來如何安置他們就是孫承宗的事了，京師這邊也能甩掉這個包袱。
聽著眾人的話崇禎皇帝覺得有幾分道理，他琢磨了一下決定這些建議都可以采納，當即崇禎皇帝就下令做了三件事。
第一件事是傳旨給正趕往京師的勤王部隊讓其不必再來京了，直接掉頭返回原來的駐地。
第二件事是讓部分已在京師的勤王部隊迅速北上，或去通州，或去薊州，交由孫承宗指揮。
至於最後一件事就是對剩餘的部隊，除去黑雲龍的宣大軍殘部和關寧軍再加上兩支情況較好的部隊駐留京師外，剩下來的部隊也讓他們回去，如此就能解決眼前的問題。
這三個決定一出，眾人表示歎服，異口同聲說陛下英明，聽著臣子們的讚同，崇禎皇帝不由得洋洋得意，心中對自己的這番操作很是滿意。而且他還想到了更重要的一點，那就是把大部分部隊全部打發走後，京師這邊就不需要再下撥糧食給他們了，就連之前承諾的軍餉和賞賜什麼的也可以借此機會賴個一乾二淨。
這樣一來，朝廷不就省下錢糧了麼？他崇禎皇帝簡直就是個大聰明，如此好辦法這全天下也就他能琢磨出來。
崇禎皇帝的決定是否有問題？是不是有不足之處？無論內閣還是兵部這些官員其實心裡都很清楚，可偏偏沒有一個人去提醒他。大夥都知道這位皇帝是什麼玩意，自視甚高又剛愎自用，疑心病極強還喜歡自作聰明。
眼下外麵的勤王部隊的確是個麻煩，要妥善解決這些問題可不容易，反正皇帝都有決定了，何必再去勸阻和提醒呢？如果一個不小心惹惱了崇禎皇帝，非但會讓他生氣，說不定對方順勢把這個活丟給自己來乾，這不是要了老命了麼？
這活可不好乾啊！如果朝廷錢糧充裕，皇帝頭腦清醒的話問題還不算大，可現在崇禎皇帝都已經擺出這種態度了，自己再去費力不討好乾嘛？大家都是十年寒窗苦讀，又一步步走到今日的官場老油子，絕對不可能在這種情況下強出頭，何必呢？又何苦呢？
就這樣，僅僅半天時間朝廷就確定了對勤王各部的意見，隨著京師的旨意下達，城外的勤王各部很快就接到了命令。
當這些命令送到各部主將之手的時候，大家全都傻眼了，他們絕對想不到朝廷會是這樣，更想不到自己帶兵千裡迢迢趕來勤王救駕換來的是這樣的結果。
帶兵勤王再怎麼樣沒有功勞也有苦勞吧？現在倒好什麼好處都沒撈著就給打發走了？來時容易，回去可難，大部分軍隊都缺糧，靠自己一雙腿走回去先不說路程長短，問題是沒有糧食讓他們怎麼回去？
至於北上和孫承宗合兵？這就更扯了！誰不知道現在孫承宗正帶著部隊在和建奴拚命呢？朝廷一不給糧草，二不給銀子，就靠一張嘴皮子上下一翻就讓他們去北邊打仗？簡直沒把他們這些丘八當人啊！
一時間，各部都是怨氣衝天，從上到下對朝廷極為不滿，可皇帝的聖旨就在那邊，許多人也沒辦法，無奈之下在繼續討要糧草和銀子無果的情況下隻能按著聖旨的要求去做，可朝廷包括崇禎皇帝怎麼都想不到，正是他們這樣的操作接下來導致了更嚴重的後果。
幾日後，一些部隊陸續離開京師，有的北上，有的從來路返回。但過了不多久就有不好消息不斷傳來，那些部隊除去一部分順利返回或者去了孫承宗那邊外，居然有不少部隊在半道上直接嘩變了，嘩變的後果很嚴重，嘩變的士兵非但殺掉了主將後掠奪地方，和當初的山西軍一樣一哄而散，甚至還有直接聚兵造反的。
這些軍隊搖身一變就從明軍成了大明的反賊，給地方帶來了極大的損害，雖然地方得知消息後派兵鎮壓，但效果並不好，隨著這些造反的亂軍被打散逃走後，給大明天下留下了很深的隱患。
一個月後，京師周圍的勤王部隊從最初的十萬人減少到了四萬多人，剩下的部隊中包括黑雲龍的宣大軍和關寧軍，還有就是王榮的潞州衛軍了。
不過王榮的潞州衛軍也打算走了，看朝廷的意思繼續留在這樣也是沒有意義，而且北邊的仗越打越是激烈，孫承宗率部死守住了山海關，皇太極多次猛攻山海關都沒能打破關城。
與此同時，孫承宗也沒坐以待斃，他命令馬世龍等部聯合北上的勤王部隊攻打遵化和遵化附近的幾個要地，薊州到遵化一線是皇太極來時的通道，現在薊州已在明軍控製下了，而遵化卻在皇太極的手裡，既然你皇太極打算打破山海關從山海關返回，那麼孫承宗就不讓你如意，他要死守山海關的同時讓其他部隊去打遵化，給皇太極來一個狠的。
換句話來說，就是你打伱的，我打我的。
孫承宗倒要看看誰能忍不住，如果你皇太極先一步拿下山海關也就罷了，假如山海關一破，遼東防線瞬間全部崩盤，在山海關的孫承宗已存了和山海關共存亡的決心。
可一旦皇太極拿不下山海關，反而讓孫承宗的部隊先一步打下遵化的話，那麼皇太極的處境就很危險了。因為遵化沒了，皇太極就失去了退路，再加上山海關又在孫承宗的手裡，皇太極的八旗大軍就被孫承宗兩麵夾擊，局麵徹底改變。
所以雙方這時候已經沒了多少選擇，無非就是看誰先拿下攻擊目標而已。隨著時間的推移，雙方都是一攻一守，打得極為辛苦，皇太極多次進攻始終沒能拿下山海關，而馬世龍的部隊也始終沒能打下八旗駐守的遵化。
不過相比皇太極，明軍畢竟是本土作戰具有優勢，雖然馬世龍沒打下遵化，可在打遵化的同時卻拿下了遵化附近的幾個要地，其中就包括靠近長城的關口，假如皇太極繼續和孫承宗這樣拉鋸作戰的話，那麼接下來勝利的天平會逐步從皇太極那邊向孫承宗這邊轉移，這對皇太極來說是極為不利的。
這時候皇太極不得不考慮後續方案，因為山海關始終打不下，而自己在遵化的退路又是岌岌可危，此外還有之前直隸被打散的明軍已漸漸被組織起來了，為了保護家園和八旗遊擊作戰，不斷騷擾八旗的後方，也給皇太極帶來了巨大壓力。
麵對這種情況，皇太極終於下定決心從山海關回師，全軍撤回遵化，當得知皇太極的軍隊回師方向後，在山海關鎮守的孫承宗哈哈大笑，雖然他一身倦色滿目滄桑，可這笑聲卻是實實在在的，因為他清楚自從戰事很快就要結束了，皇太極終於忍不住要退兵了。