紫禁城裡發生的事所造成的後果極為深遠，而在地方，大明各地的叛亂依舊在繼續。
高迎祥拿下揚州後不久就打到了江都，意圖通過舊江口渡過長江直取鎮江。
高迎祥的目的很明確，打鎮江是為了取南京，鎮江向來就是江南重鎮，更是南京的門戶。如從北向南直接打南京，缺乏戰船的高迎祥沒什麼把握，可如果拿下鎮江再打南京把握就大多了。
正當高迎祥派手下搜集船隻，準備渡江而戰的時候，徐憲成的部隊在高迎祥還沒反應過的時候連夜趕到，擊潰高迎祥在舊江口的部隊，放了一把火直接燒光了他的船隻。
聞訊，高迎祥大驚，他沒想到徐憲成來的這麼快，更沒想到自己剛辛辛苦苦搜集的船隻就被這把火給燒了。沒了船，要渡過長江根本就是不可能的事，而且不僅是徐憲成來了，就連盧象升也到了，其前鋒已殺到了高郵，直接截斷了高迎祥北方的退路。
見情況不對，高迎祥立即改變戰略，他知道繼續渡江作戰已不可能，眼下如果讓徐憲成和盧象升的隊伍全部到位，那麼就對在江都的他形成了包抄之勢，雖然自己這邊人多，但以戰鬥力而言根本不是兩路明軍的對手，高迎祥再不走恐怕就走不成了。
高迎祥是一個非常果斷的人，要不然他也不會多次在官軍手上逃生。當即高迎祥就做出了調整，不再打鎮江，更不渡江，趁著徐憲成和盧象升的部隊沒有來得及合圍的間隙果斷向西突圍。
高迎祥先派出一部分兵力去打舊江口，擺出一副要奪回舊江口的姿態。同時又派一部分兵力北上高郵，做出攔截盧象升的舉動。而他的主力卻毫不遲疑地往上官橋一帶突圍，在付出一定代價後高迎祥一路繼續朝天長逃竄，接著南下六合，再向西至來安，擺出一副意圖取中都的架勢，實際上目標卻是河南。
徐憲成和盧象升雖能打，也判斷出了高迎祥行軍的真正目標，但他們畢竟兵力不足，再加上客軍作戰指揮略有不便。而且高迎祥為了逃脫花了大本錢，果斷在江都一帶棄了數萬流寇以掩護其行動。等到擊潰這些流寇，調兵再追趕的時候，高迎祥已跑到百裡之外了，兩部一南一北繼續追擊，卻始終沒能追上。
高迎祥在南直隸攪得翻天覆地，更因為其兵鋒接近中都，令中都留守大恐，不顧大局匆忙調動周圍兵力守護中都，以防高迎祥部打到中都。
正是因為這個舉動，使得中都周邊的各處明軍力量削弱，導致高迎祥毫無顧忌地一路西行，讓徐憲成氣得破口大罵，哪怕他三番五次下令各地官兵不得擅離防線，必須儘最大能力攔截高迎祥，可地方官兵包括衛所根本就不聽他的指揮，哪怕徐憲成身上有崇禎皇帝的聖旨，並擔任著江北總督一職，但對於他們來說這個總督隻不過是臨時職務，中都才是最要緊的，一旦中都丟失皇陵出了問題，就算事後抓到高迎祥也是死罪，怎麼可能按照徐憲成的指揮去做呢？
無奈，徐憲成隻能和盧象升繼續追趕高迎祥，從南直隸一路追殺到河南境地。
因為徐憲成是暫領山東、直隸和江北總督，盧象升是湖廣巡撫，他們兩個無旨不得入河南作戰，河南眼下是總督五省的陳奇瑜轄區，這時候的陳奇瑜因為忙於圍剿張獻忠部的緣故離著老遠呢，哪裡這麼快反應過來？
就這樣眼睜睜看著高迎祥一頭流竄進了河南，徐憲成和盧象升卻是無能為力，隻能發八百裡加急一路告知朝廷，一路通知陳奇瑜在河南繼續圍剿高迎祥部，而他們兩部隻能暫時駐守河南和南直隸的交接處，以防備高迎祥殺個回馬槍再轉回南直隸的可能。
徐憲成和盧象升的戰績雖不錯，也達到了崇禎皇帝要求保住南直隸尤其是南京的目的，但問題在於雖殺敵不少，也給高迎祥帶來了極大的損失，可實際上卻沒能在南直隸把高迎祥給留下來。
這樣的結果不能說很是遺憾，不過徐憲成也是沒辦法，這仗打起來束手束腳，高迎祥的部隊雖戰鬥力不強，可人數卻不少，麵對十幾萬的流寇，徐憲成僅靠手上幾千部隊能打成這樣已是很不容易了，尤其是地方官兵和衛所根本不聽他的指揮，在陽奉陰違的情況下，把高迎祥從南直隸一路驅趕至河南算是最好的結果。
不多久，朝廷的旨意下來了。
崇禎皇帝對徐憲成和盧象升在南直隸的戰績進行了嘉獎，卻沒有讓他們繼續入河南追擊的打算。
聖旨中隻是讓徐憲成和盧象升在南直隸做好以防高迎祥再掉頭東進的準備，此外另派南直隸的兵馬接替他們現在的防區，等換防之後，徐憲成臨時總督的職務撤銷，徐憲成就可以帶兵返回山東，而盧象升也是一樣，直接去湖廣駐防，歸於陳奇瑜部指揮。
麵對這個命令，徐憲成和盧象升麵麵相覷，這時候讓他們離開南直隸，又不入河南剿匪，實在是有些匪夷所思。可聖旨難違，徐憲成和盧象升隻能遵旨，過了沒多久隨著南直隸的部隊接管防區後，徐憲成和盧象升依依道彆，各自離去。
相比徐憲成和盧象升的情況，在陝西的孫傳庭卻要順利的多。
孫傳庭帶著高傑部去陝西就任巡撫，高傑可算幫了他大忙了。
高傑原本就是陝西人，而且他還是流寇出身，對於陝西的情況非常了解，一路上不僅為孫傳庭講解了陝西的地形風土人情，還著重介紹了陝西流寇各部的情況。
等到達陝西的時候，孫傳庭對陝西已算是頗為了解了，不僅包括陝西的局勢，還有陝西流寇各部的信息。
抵達巡撫衙門，正式上任後，孫傳庭就以高傑部和王榮給他的幾百精兵為核心開始組建新的陝軍。
大明軍隊中最能打的幾支軍隊都是邊軍，其中關寧軍和陝軍是佼佼者，當然浙軍和白杆軍不在其內，畢竟這兩支軍隊和其他的明軍不一樣，是屬於募兵製，而且自渾河一戰後浙軍已經沒了，白杆軍現在也是秦良玉重建的，雖然聽從朝廷調遣，卻屬於秦良玉的私軍。
陝軍的戰鬥力原本就不弱，三秦之地曆來就是出精兵的地方，這也是各路流寇起事大多都是在陝西出現，而且屢剿不儘的緣故。
孫傳庭雖是文人出身，卻對軍事極有天賦，而且他還是一個天生的統帥。尤其是他上任之前手中就有了高傑這樣的人幫助，再加上握著一支完全聽從他指揮的軍隊，陝軍的組建很是順利。
僅僅不到兩個月，孫傳庭的軍隊基本就成了，整支軍隊共有五千餘人，其中核心的是高傑的部隊，再加上他的親衛，其餘都是從當地招募或整編而來的陝軍。
組成軍隊後孫傳庭抓緊時間進行訓練，並提拔了幾個他認為可用的將領，其中就有和高傑同樣從流寇投誠朝廷的白廣恩，此外還有左良玉的弟弟左光先等人。
因為陝西流寇猖獗，洪承疇多次向孫傳庭求援，要求孫傳庭配合共同圍剿流寇。孫傳庭沒太多的時間，隻能在對隊伍稍加訓練後就開始了他的剿匪計劃。
孫傳庭以戰代練，從巡撫衙門所在的西安為中心，逐步向四周開始清掃流寇，幾戰下來，孫傳庭指揮得當，再加他的部隊人數雖然不多，可戰鬥力卻是杠杠的，此外還有火器的優勢，打得幾股流寇根本無法招架，隻能抱頭鼠竄。
孫傳庭乘勝追擊，聯合洪承疇一舉先後蕩滅了蠍子塊、張妙手、混天星、過天星、大天王等流寇，殺敵數萬，使得陝西異常嚴重的流寇情況大為好轉，同時孫傳庭在掃蕩流寇的期間也沒忘記安撫地方，他以巡撫的名義下令地方儘快安置流民，恢複生產，減少地方矛盾，在這一係列的操作下，陝西的局勢以肉眼可見的速度恢複了秩序。
孫傳庭在陝西的清掃流寇的戰績傳到京師，崇禎皇帝很是高興，特意加封了孫傳庭兵部尚書銜，令其再接再厲，徹底蕩平陝西一地。
孫傳庭接到旨意後卻沒有太多的興奮，因為這時候在外人看起來孫傳庭很是風光，戰績輝煌，陝西局勢也大為好轉，可作為陝西巡撫孫傳庭卻明白這僅僅隻是表象，清掃流寇固然重要，可如何穩定地方更為重要，假如後者無法做到的話，前者做的再好也無濟於事。
這就和治病一樣，不能頭痛醫頭腳痛醫腳，要找到病源對症下藥，徹底拔除才能恢複健康。
可現在，整個陝西的問題重重，之所以會流寇四起，那是因為天災人禍嚴重，再加上朝廷的賦稅壓得百姓透不過氣來，百姓們實在是活不下去了，這才起事造反。
如果這個問題不解決，哪怕孫傳庭在陝西殺的流寇再多也改變不了根本，這讓孫傳庭憂心忡忡。