僥幸逃脫一難的洪旭和甘輝眼下恨不得把鄭芝龍抽筋剝皮呢，怎麼可能繼續效忠？其他人兔死狐悲同樣對鄭芝龍的作為強烈不滿，就這樣，鄭氏集團內部徹底分裂，再加上洪承疇在善後工作中並沒做任何牽連，甚至還以總督的名義安撫了諸人，這樣一來也沒人願意為了鄭芝龍的緣故反叛朝廷了。
就算是鄭氏集團內部也是如此，洪承疇順勢就以閩浙總督的名義讓鄭芝莞接管了福建水師，雖然名義上隻是暫領，可實際上鄭芝莞等於取代了鄭芝龍成為了福建水師一把手。
此外，鄭芝莞還拉攏了鄭聯和鄭彩等人，對他們許下了承諾，為了各自的利益，鄭聯和鄭彩作為鄭氏族人也認清了事實，直接拋棄了鄭芝龍、鄭芝豹兄弟，從而轉為支持鄭芝莞，聯手掌控福建水師。
但鄭芝莞的算盤雖然不錯，可惜他根本沒想到洪承疇從一開始就沒想過讓鄭芝莞徹底取代鄭芝龍的打算。解決鄭芝龍的主要原因是因為鄭氏集團的影響力和其強大的水師包括陸軍，再加上鄭芝龍對朝廷的陽奉陰違和擁兵自重。假如僅僅隻是換一個人上位，這根本就是治標不治本，如果這樣的話彆說洪承疇不願，就連朱慎錐也是絕對不想看到這個結果的。
洪承疇老謀深算，哪裡不明白皇帝真正的想法？既然動手了，就要徹底消除掉後續的隱患。
表麵上讓鄭芝莞取代鄭芝龍，可實際上在目前情況下鄭芝莞根本就成不了第二個鄭芝龍。
因為鄭芝龍的緣故，鄭氏集團內部已實際分裂了，不僅是那些鄭氏外族人在洪承疇的授意下轉投了朝廷，以同鄭芝龍劃清界限，就算是鄭氏族人內部同樣也是如此，比如鄭芝莞所拉攏的鄭聯、鄭彩他們難道就願意聽從鄭芝莞的命令？根本就不可能！大家都是自己人，誰也不比誰來得強，而且各自都握有一定的兵權，憑什麼你能當老大我們就不能當？表麵的合作隻是暫時的，內鬥也是一定的，未來就算是鄭芝莞真正當上了福建水師提督，他也不可能和鄭芝龍一樣把整個鄭氏集團牢牢掌控在手中。
還有個關鍵，那就是鄭芝龍和鄭芝豹。教堂事敗後，這兩人就被洪承疇給控製了起來，洪承疇並沒把他們關在大牢中，而是軟禁在鄭芝龍的府邸，就連他們的家眷也做了妥善安置，沒有怎麼樣。
雖然失去了自由，但待遇卻不差，洪承疇事後還親自去見了一趟鄭芝龍，關起門來和他做了一番長談。
外人並不知洪承疇和鄭芝龍究竟談了些什麼，但這一次談話之後鄭芝龍從一開始的抵觸開始轉變為了配合，不僅把他在鄭氏集團內部的其他一些隱藏力量交代了出來，轉移給了洪承疇，此外還以他本人的名義公開表態，給朝廷上了個謝罪折子，表示自己之所以做了這樣的錯事完全是因為鄭芝豹的挑唆，如今他後悔莫及，更知鑄下大錯無可挽回，為此上書朝廷，自請去職，閉門思過，以求得朝廷的原諒。
最終，朱慎錐同意了洪承疇的建議，以陳豹之死為罪名，革去了鄭芝龍福建水師提督之職，但考慮到鄭芝龍是受了小人蒙蔽，不是主謀，其龍虎將軍的軍銜和爵位依舊保留，令閩浙總督衙門送其來京，在京師擇地居住閉門思過。
至於鄭芝豹就沒那麼容易了，作為“主謀”鄭芝豹的下場可不像鄭芝龍這樣，不僅全部職務軍銜沒了，還因為犯了謀害朝廷命官，擅殺大臣的罪名判了個“斬監候”，押解至京師詔獄看管。
以後鄭芝豹是殺還是流放，這要看福建那邊的情況變化。
而隨著鄭芝龍和鄭芝豹兄弟此事的塵埃落定，鄭氏集團的勢力就此分崩離析，內部實力派各自為據，洪承疇也就有了機會直接從中下手，慢慢分化，最終在朝廷的旨意下用摻沙子、調任、重新整編等各種手段逐步拆散鄭氏集團的力量，等到那時候龐大的鄭氏集團就此煙消雲散，再也不足為患。
鄭芝龍的問題終於解決，這讓朱慎錐心中的一塊大石也算落了地。解決了此事後，東南就沒有了隱患，而洪承疇也能以閩浙總督的身份主持後續征討小琉球的荷蘭人，從而收複此地。
荷蘭人當初之所以能盤踞在小琉球，並在島上修築城池，奴役島上居民其根本原因就在於鄭芝龍的故意放縱。要知道憑借鄭芝龍的實力，小琉球就在他的眼皮子底下，離著廈門僅咫尺距離，沒有他的允許荷蘭人就算再強也不可能做到這個地步。
而事實也是如此，前幾年朱慎錐就讓福建巡撫和鄭芝龍儘快想辦法攻打小琉球，以武力驅逐島上的荷蘭人了。可鄭芝龍一直陽奉陰違出工不出力，從而導致這些荷蘭人依舊在小琉球盤踞，其勢力不僅沒有減弱，反而越來越大。
現在既然解決了鄭芝龍，初步掌控了福建水師，那麼小琉球一事就必須要解決。隻有把荷蘭人驅逐出去，甚至徹底剿滅，那麼小琉球才能被朝廷所收複。而且小琉球的地理位置極其重要，這個地方遏製住了大明南海要地，是南北來往的重要海上通道。
如果小琉球繼續在荷蘭人手中，那麼這顆釘子就死死遏製住了大明的海上要道，這對於大明掌控周邊海域是極為不利的。
朱慎錐已經給洪承疇下了旨意，讓他儘快以福建水師為基謀劃進攻小琉球的軍事行動，驅逐島上的荷蘭人。此外，對於鄭芝龍之前在南海的一番作為，也就是以控製南海大肆收取海上過路費的舉動，朱慎錐暗中也派人給洪承疇帶去了話，讓他直接接管此事，並讓錦衣衛進行配合，繼續收取海上費用，以確保這條財源穩定。
大明用錢的地方實在太多了，雖然大明的財政已經逐步好轉，可朝廷手中依舊緊巴巴的。鄭芝龍既然依靠掌控南海每年獲利巨大，這部分財源可不是小數，絕對不能放棄。
正是因為有了這巨大的財富來源，鄭芝龍才能養得起這麼多船這麼多兵，如果斷了這個財源，那麼福建水師和陸軍的所有軍費開支都得由朝廷來承擔，而以朝廷目前的財政情況就算拿得出這麼多銀子，也必然會影響到其他。
所以不管這件事後續利弊如何，目前繼續維持鄭芝龍的做法是最為合適的。先解決這財源的問題，穩住福建水師內部各派，等以後慢慢再進行轉變。或者未來專門成立一個海關衙門，以海關來正式取代之前鄭芝龍私下的行為也是一個辦法，不過這是以後的事了，目前依舊按照原來的方式繼續是最為穩妥也最為便利的。
福建的事情基本告一段落，鄭芝龍也因為此事徹底退出了大明政治舞台，而強盛一時的鄭氏集團在接下來的日子裡也會逐步在洪承疇的手下陸續拆分，最終由私人武裝轉為真正的朝廷軍隊。
按照朱慎錐的計劃，未來大明的水師將是大明除陸軍外重要的軍力，他會以山東水師和福建水師為基礎著手建立真正的海軍。大明的疆域遼闊，海岸線同樣漫長，大明的未來不在於陸地而更在海洋，在這方麵西方國家已經走在了大明前頭，大明如不奮起直追就為時晚了，眼下還有機會，朱慎錐是絕對不會放棄這個良機的。
至於海軍的問題已在朱慎錐的計劃之中了，未來朝廷中樞會專門設置一個海軍部門，以主導海軍的建設和後續發展。這個部門級彆會和五軍都督府等同，未來海軍和陸軍一樣都屬於大明軍事力量重要的一支，除此之外，就連海軍的稱呼朱慎錐也已起好了，以山東水師為基礎組建的北方海軍將來可以叫“北洋海軍”，而以福建水師為基礎組建的南方海軍可以叫“南洋海軍”，等這兩支海軍正式建成，那麼就是大明向外擴張，重歸海洋的時刻。
按照朱慎錐的計劃，北洋海軍的建設已經開始了，隻不過還沒更換名字罷了。而南洋海軍要稍晚些，畢竟剛剛解決了鄭芝龍的問題，福建水師的整合還沒完成，另外針對小琉球的荷蘭人軍事行動也在準備之中，等收複小琉球後，朝廷才會著手整編福建水師，再由水師朝真正的南洋海軍轉變。
解決鄭芝龍問題雖然有些波折，但最終還是很順利地完成，就在洪承疇已開始著手整合福建水師各部，謀劃對小琉球的軍事行動時，遠在歐羅巴的鄭鴻逵還對此一無所知呢。
鄭鴻逵作為大明出使歐羅巴使團的副使，抵達歐羅巴已有半年有餘了，在葡萄牙上岸後，一行人先在裡斯本呆了些日子，隨後啟程就從葡萄牙前往西班牙，然後穿過西班牙的領土從東北方向進入法蘭西王國，再由法蘭西向東進入德意誌地區然後抵達波蘭。
這一路可不怎麼好走，當初在葡萄牙的時候若昂四世就提醒過王夫之，由於歐羅巴戰爭的緣故以哈布斯堡王朝和羅馬教廷還有德意誌天主教成員國為主的天主教聯盟和信仰新教的聯盟之間水火不容，爆發了一場近三十年的戰爭。
這場戰爭雖然已打到了尾聲，雙方都打得筋疲力儘有些難以支撐了。而且隨著英國國內的巨變，查理一世被送上了斷頭台，英國政權被克倫威爾所掌控，並自號“護國主”，查理一世的繼承者查理二世就此流亡，英國提前退出了這場波及了全歐羅巴的戰爭，使得雙方的平衡被打破。