隨著赫爾曼的命令下達，熱蘭遮城和安東尼堡在經過短暫的慌亂後做好戰爭準備，城門緊閉，城中所有人動員，軍隊嚴陣以待，準備借助堅固的城池和堡壘同明軍抗衡。
此外派出去送信的人也及時離開了，至於能不能抵達巴達維亞，或者巴達維亞那邊得知消息後究竟需要多久才能援軍趕到，這個赫爾曼就無法保證了。
可作為軍人，他已經做了應該做的一切，而且接下來的時候他也沒閒著，不僅把最信任的兩位軍官——菲利普上尉和貝德爾上尉分彆安排在熱蘭遮城和安東尼堡，以確保兩城的防禦，還親自坐鎮熱蘭遮城，等待著後續大戰的到來。
兵貴神速，作為明軍總指揮的施大瑄當然明白這個道理，可是戰爭進行到這一步，之前的突襲戰法已完全沒有作用了。
如果說拿下澎湖和台江靠的是大明打了荷蘭人一個出其不意，但在拿下台江之後接下來就不可能再有這樣的好事了，麵對已經得知大明進攻小琉球並且登陸消息的荷蘭人已做好了準備，再加上熱蘭遮城和安東尼堡為依托，荷蘭人是絕對不會輕易投降的。
對於這點施大瑄心裡非常清楚，所以在登陸之後他並沒有忙著馬上發起進攻，畢竟軍隊還需要修整和戰前準備。等到翌日，完成了整軍的施大瑄這才下達了命令，讓施琅繼續率領水師控製港口並駐守澎湖，防備荷蘭人的援軍從海上而來，而陸軍方麵洪旭和甘輝各領一部，分彆進攻熱蘭遮城和安東尼堡，意圖正麵擊破兩城，徹底解決島上的荷蘭人軍力。
洪旭負責的是熱蘭遮城，甘輝進攻安東尼堡，施大瑄坐鎮中居中指揮，大戰終於爆發。
第一日的戰爭異常激烈，無論是熱蘭遮城還是安東尼堡，兩城的荷蘭人都表現出了頑強抵達的意誌，而且借著城牆和工事的優勢，利用火器優勢和進攻的明軍打的有來有回。
雖然明軍在人數上占據了絕對優勢，可畢竟荷蘭人的城池修築的非常堅固，再加上城池的堡壘結構又有著獨到之處，火器也極為先進，依靠正常攻城手段根本不是那麼容易拿下的。
在起初的嘗試進攻中，明軍吃了點虧，見情況不對明軍立即調整了戰術，利用所攜帶的火器和荷蘭人對轟，同時以兵力優勢包圍住兩城，一方麵給城中的荷蘭人施加壓力，另一方麵也是用這方式找尋對方防禦的薄弱之處，以點破麵，攻進城中。
這樣一打就是好幾日，雙方互有傷亡，可明軍卻始終沒能拿下兩城。見戰況進展不利，施大瑄考慮後再一次調整戰術，讓進攻熱蘭遮城的洪旭暫緩進攻，用幾千兵力對其進行圍困，而其餘部隊先全部調至安東尼堡，先集中全力拿下安東尼堡再說。
相比熱蘭遮城，安東尼堡的位置更近台江港，而且它對明軍的威脅也更大些。如果不能先解決安東尼堡，一旦時間拖久了荷蘭人萬一援軍抵達，明軍就要麵臨兩麵夾擊，這對於明軍是極其不利的。
哪怕明軍的軍隊數量遠大於荷蘭人，可荷蘭人也不是吃素的，依仗城市和火器的便利始終和明軍打的有來有回，荷蘭人躲在城裡，城防尤其堅固，而且城中糧食水源也不缺，隻要牢牢守住，時間越久越不利明軍。
鑒於這個實際情況，施大瑄決定對安東尼堡采取重點進攻，不僅調集了主要兵力繼續圍攻安東尼堡，還把全軍八成的火器全部調到了這邊。這樣一來，安東尼堡所承受的壓力一下子大了數倍，原本以安東尼堡的荷蘭軍力就很難支撐了，如果不是指揮官貝德爾上尉應付得當，率部拚死抵抗的話，安東尼堡早就守不住了。
這樣又打了兩日，安東尼堡的荷蘭軍隊死傷慘重，在開戰前安東尼堡荷蘭人有兩千人不到，但開戰後為確保兵力不多的熱蘭遮城防禦，赫爾曼對兩地的兵力進行了調整，所以安東尼堡此時的軍隊數量隻有一千三百人左右，此外就是居住在安東尼堡的普通荷蘭人還有投靠荷蘭人的當地人和被裹挾的一些明人了。
近十日的戰爭中，安東尼堡在明軍的進攻下已傷亡了三百多人，這個數字從一千三百人的總數來說雖然不算太多，可要知道在戰爭中一般來說傷亡數額達到百分之二十部隊就有失去戰鬥力的危險，而達到百分之三十的話，基本部隊就麵臨崩潰了。
幸好荷蘭人是依城而守，不是和明軍進行野戰，這樣的傷亡目前荷蘭人還承受得住。可問題在於傷亡數字每天都在增加，如果繼續下去安東尼堡的荷蘭軍隊必然崩潰，等到那時候安東尼堡就徹底守不住了。
此外，熱蘭遮城那邊的情況也不好，雖說明軍目前已不再和之前那樣猛攻熱蘭遮城，讓城中的荷蘭守軍有了喘息之機。但親自駐守熱蘭遮城的赫爾曼卻不傻，他判斷出明軍戰術的改變最大的可能就是在集中兵力猛攻安東尼堡。
一旦明軍拿下了安東尼堡，那麼接下來就輪到熱蘭遮城了，等到那時候孤掌難鳴的熱蘭遮城怎麼可能擋得住這樣強大的進攻，到時候失守是必然的。此外赫爾曼一直期待的援軍也始終沒有消息，按照時間來計算他派出去救援的人恐怕還沒抵達巴達維亞呢。
就算到了巴達維亞，按照他對巴達維亞議會高層和東印度公司的那些決策者的了解，就算決定增援自己起碼也需要開會討論的時間，然後再調集軍隊和戰艦，等到援軍到來，最快也是一個半月後了。
想到這赫爾曼心中一片哇涼，他覺得能守到援軍到來的可能性極小，兩個月的時間，明軍會給他這麼久的時間機會麼？而安東尼堡能守這麼久麼？赫爾曼半點把握都沒。
可就算這樣，作為最高軍事指揮官，赫爾曼卻不能顯露出自己的擔憂，反而要在所有人麵前表現出堅定的信念。尤其是那位最高行政長官卡隆，這個廢物貴族這幾天已被戰爭嚇破了膽，甚至已暗中試探詢問自己如果開城投降的話明軍是否會保證不殺自己，並放他安全離開的話。
一旦讓卡隆徹底沒了抵抗的念頭，甚至為了保全性命下令投降的話，那麼一切全都完了。為了荷蘭，為了東印度公司，也為了自己作為軍人的尊嚴，赫爾曼絕對不想這種情況發生。
可惜許多事不是因為個人的意誌而轉移，更不可能因為自己的信念而改變。就在明軍加強對安東尼堡的進攻烈度之後，安東尼堡的情況越來越糟，又過了幾日後，在一次戰爭中作為安東尼堡最高軍事指揮官的貝德爾上尉意外被明軍的火炮擊中，當場陣亡。
隨著貝德爾上尉的陣亡，原本已快喪失鬥誌的荷蘭軍隊一片大亂，徹底沒了繼續抵抗下去的念頭。而此時作為安東尼堡行政長官的雅各布也承受不住了壓力，主動打出了白旗投降，就此安東尼堡被明軍占領，城中的荷蘭人全部投降。
拿下了安東尼堡，施大瑄終於鬆了口氣，在對兩座城堡發起進攻開始，施大瑄的精神一直繃的緊緊的，畢竟這一次進攻小琉球可不是普通的戰爭，這場戰爭不僅是總督洪承疇發動，而且還是皇帝所關注的。
尤其是施大瑄是在正式投靠朝廷，不再作為鄭芝龍的部下領兵第一次作為主將指揮的戰爭。這場仗如果打好了也就罷了，假如打的結果不儘人意，那麼他在朝廷那邊根本沒辦法交代，不僅未來不再會被朝廷重用，更會影響到自己兩個兒子的前途。
所以為了兒子，也為了自己，施大瑄怎麼都要把這場仗打的漂漂亮亮，可是島上的荷蘭人不是弱雞，他們不僅擁有銳利的火器和堅固的城池，戰鬥意誌也頗為頑強，近半個月來以十倍兵力攻打兩城，可始終拿不下對方，施大瑄心中也是焦急萬分。
當安東尼堡終於掛出白旗，雅各布投降後，施大瑄懸著的一顆心終於落地了，臉上也露出了久違的笑容。
對於俘虜的荷蘭人，施大瑄遵守了承諾，對其妥善安置，就連受傷的戰俘也派了醫師進行救治。畢竟他們現在可不是之前的海盜，是堂堂大明的水師，而施大瑄也不是什麼海盜頭子，是大明的將領。
殺俘這種舉動施大瑄不會乾，何況開戰之前洪承疇已經對他有了交代，這場戰爭關鍵在於拿下小琉球，驅逐島上的荷蘭人。隻要達到這個目的即可，沒必要做其他無謂的事。假如用激烈手段處死島上的荷蘭人，固然可以出一口惡氣，可這樣做的後果卻是極其嚴重的，雖然大明不弱，鄭芝龍留下的水師和陸軍也能打，可畢竟荷蘭是歐羅巴的強國之一，而且荷蘭人在亞洲擁有巴達維亞作為殖民地總部，手中的軍艦和兵力並不少，假如因為這個原因徹底激怒荷蘭人，一旦荷蘭人和大明拚命，那麼南海這邊戰火再起，就算最終大明贏了可同樣損失慘重。
更何況如今的大明正在朝著外向型發展，朝廷已有意在各地進一步推廣對外海貿，在這種時候和荷蘭人徹底翻臉是不明智的。在這個情況下，施大瑄自然不會大開殺戒，何況眼下僅僅隻是拿下了安東尼堡，還有一個熱蘭遮城在荷蘭人手中呢，一旦荷蘭人沒了退路，拚死不降，那麼這場仗打到什麼時候誰都無法保證了。