沒了赫爾曼，雅各布繼續勸說起了卡隆，這讓原本就有意投降的卡隆更傾向於這個選擇。
但是卡隆最為關心的還是明軍方麵的承諾，而且他需要一個強力的保證，那就是希望如果要自己投降，交出手中的熱蘭遮城的話，必須要拿到大明方麵書麵的承諾。
為此雅各布也無法確保明軍是否會答應這件事，隻能表態他會返回城外把卡隆閣下的意思帶給明軍統帥，詢問對方的要求。既然是這樣，卡隆就催促雅各布儘快出城詢問此事，就此雅各布從入城後短短幾個小時，連飯都沒吃就匆匆離開，返回了城外施大瑄的大營。
見到施大瑄後，雅各布轉達了卡隆的要求，並希望施大瑄能夠以大明將領的身份給他們一個書麵保證，以確保卡隆提出的條件。
聽到這番轉達，施大瑄表麵神色不動，心中卻對洪承疇暗暗佩服，雅各布包括卡隆在內並不清楚，早在施大瑄出兵之前洪承疇就對他進行了交代，其中就有一點在適當的時候可以給出對方承諾，甚至以閩浙總督授權和對方簽署協議，確保收複小琉球，驅逐所有荷蘭人。
但這個承諾是建立在明軍無法輕易拿下對方駐守的城堡前提之下的，假如小琉球的荷蘭人不堪一擊，那麼這個承諾根本就不需要。施大瑄完全可以以雷霆萬鈞之勢直接攻下熱蘭遮城和安東尼堡，然後俘虜所有荷蘭人，強行驅逐對方。
但現在雖然明軍占據了很大優勢，可僅僅拿下一個安東尼堡就費了不少力氣。而熱蘭遮城無論城池堅固程度還是兵力、人口包括城內的補給都比安東尼堡要強不少，而且現在距離施大瑄登陸開戰後已過去半個多月了，一旦時間拖的過久，等荷蘭人從巴達維亞的援軍抵達，那麼這場戰爭要打到什麼時候就很難說了。
此外就是明軍的補給問題，雖然洪承疇提前做好了準備，確保戰爭的順利，可渡海作戰補給卻是非常重要的一環。小琉球距離福建足足七百裡的海路，艦隊不僅要顧及現在的戰爭，還要防備隨時可能前來的荷蘭援軍。
在這種情況下，補給隻能從海上而來，而兩萬五千多人的補給每天都是一個天文數字，戰爭持續越久對明軍越不利，所以現在在占據優勢的情況下，按照洪承疇之前的安排，簽署協議確保對方要求並不為過。
在略微考慮之後，施大瑄沒有馬上給出答複，畢竟太容易得到的東西往往是不被人珍惜的。所以當天施大瑄讓雅各布先下去休息，說自己需要好好想想，就這樣拖延了一日，等到翌日下午時分，施大瑄這才讓人把雅各布帶來，告訴他如果熱蘭遮城能夠馬上投降的話，大明方麵可以同卡隆簽署協議，確保他的條件，結束這場戰爭。
得到了施大瑄的承諾後，雅各布欣喜若狂，在他看來有了這個承諾一切就沒問題了。就這樣，雅各布當天傍晚就進了熱蘭遮城，並帶去了施大瑄的答複，而早就在城中翹首以盼的卡隆聞訊後大喜，決定投降。
雖然之後的投降過程略有波折，主要是因為作為軍事長官的赫爾曼少校的反對緣故，可作為最高行政長官的卡隆直接就剝奪了赫爾曼的職務，並讓人把這位軍官給看守了起來。
彆看卡隆沒什麼本事，更是膽小如鼠，可作為貴族搞這樣的手段卻駕輕就熟。沒花多少力氣，僅僅隻是一道命令招赫爾曼來開會，就輕易用衛兵控製了對方，然後解除了對方一切職務並把他關押。到這一步時，赫爾曼再想反抗已晚了，何況卡隆作為最高行政長官本就是他的上級，麵對上級的命令他就算不願也無可奈何。
等解決了赫爾曼這個刺頭，卡隆就讓雅各布再出城通知施大瑄熱蘭遮城準備投降，但前提必須先簽署協議，確保自己的利益。
就這樣雅各布成了兩邊臨時的溝通使者，忙忙碌碌來往於城內城外，三日後雙方對協議的內容經過幾番修改最終成型，並選了一天在熱蘭遮城門口，由雙方各派出十人的代表進行正式簽署。
這一日施大瑄以明軍統帥的身份帶著親兵在熱蘭遮城外同卡隆會晤，會晤進行的很是順利，雙方在友好氣氛下正式簽署了協議，等協議簽署完畢後，施大瑄笑眯眯地站起身來，朝著卡隆伸出手，而卡隆也徹底放下了心，笑容滿麵地和施大瑄伸手相握，完成了各自的使命。
協議簽署第二日清晨，熱蘭遮城大開城門，荷蘭人正式投降，明軍正式開進了城內，標誌著這場戰爭終於結束了。
而隨著卡隆的投降和戰爭結束，明軍也遵守承諾，沒有對島上的荷蘭人進行秋後算賬，更沒有進行任何報複行為。同時，明軍還交還了被俘虜的荷蘭人兩艘戰艦，讓卡隆和雅各布等人同他們的部下攜帶自己的財物登上這兩艘戰艦離開小琉球。
當然，這兩艘戰艦的艦炮什麼的基本都被施大瑄拆除了，除留下兩門自衛炮外，其餘的艦炮都成了明軍的戰利品。至於熱蘭遮城儲備的大量糧食和其他軍械補給也全歸明軍所有，至於財富方麵，除去荷蘭人帶走的自己私人財物，其餘部分也都是明軍的繳獲。
收複小琉球一戰，從廈門出兵到戰爭全部結束僅僅隻有一個月的時間，甚至等卡隆他們離開小琉球的時候，巴達維亞的東印度公司才剛剛接到求援消息，還在討論如何增援小琉球呢。
相比曆史上鄭成功收複此地，動用了幾乎相同的兵力卻花了前後足足八個多月的時間而言，施大瑄所用的時間不僅少了許多，而且明軍的戰損和消耗也是天差地彆。
其中關鍵的原因有幾點，一來現在的荷蘭總督不是揆一而是卡隆，相比能力不弱，出身普通的揆一，卡隆隻是一個誇誇其談的貴族，從一開始就沒堅定的守城信念，他考慮的隻是自己的安全。
二來，無論是熱蘭遮城還是安東尼堡，由於戰爭爆發提前了十年左右，兩處的堅固程度不是後來能比的。
三來，這一次明軍是打了對方一個措手不及，洪承疇雖是讀書人，也是正牌子進士出身，但他卻不迂腐，很明白兵貴神速的道理。所以開戰之前並沒有和鄭成功那樣搞得大張旗鼓，更沒有先通知對方自己要開戰了，給了荷蘭人做好準備的機會，而是直接從廈門出兵，攻其不備出其不意，一舉拿下了澎湖和台江，而不是像鄭成功那樣失了先機，明知道台江更為合適但因為荷蘭人已有防備沒辦法正麵攻打，隻能選擇水域複雜危險的鹿兒門，假如不是運氣好，說不定鄭成功連登島的機會都沒呢。
至於其四，就是這場戰爭的靈活運用了。洪承疇作為總指揮在開戰前就考慮了諸多問題，並向施大瑄做了交代和安排。而施大瑄因為第一次受如此重用，再加上他的謹慎和執行力，很好地貫徹了洪承疇的意誌，這才有現在的結果。
反觀鄭成功，鄭成功不僅失了先手，不僅在攻打澎湖列島的戰鬥中就和荷蘭人硬碰硬先打了一場海戰，雖然戰勝可自身也遭受了損失。然後因為沒辦法從台江登陸，隻能選擇鹿兒門，雖然很幸運碰上了鹿兒門漲潮完成了登陸，可其中也耽擱了些時間。
等到鄭成功登陸之後，熱蘭遮城和安東尼堡兩處的荷蘭人已經做好了完全準備，嚴陣以待等著他到來了。
在之後的攻城戰中，缺乏火器火力的鄭成功雖然兵力占優，可卻始終沒能達到壓製性的優勢。隨著時間的推移，鄭成功的部隊不僅損失不小，還因為後勤的緣故遇到了許多麻煩，再加上之後巴達維亞的荷蘭援軍趕到，雙方又在海上展開大戰，最終鄭成功費了九牛二虎之力才擊退荷蘭援軍，重新集中力量繼續進攻熱蘭遮城和安東尼堡。
在之後的戰爭中，鄭成功越打越是心急，最終用人命填出了一道缺口，拿下安東尼堡。雖然拿下一城，可當時的鄭成功的戰損極大，麵對這樣的戰損鄭成功大怒，根本不顧部下的勸說否決了借這個機會勸降荷蘭人的意見，一意孤行要乘勝追擊徹底打破熱蘭遮城，叫囂著要殺光所有的荷蘭人。
原本能通過外交手段就能逼迫荷蘭人投降的，可因為他的這個決定逼的熱蘭遮城的荷蘭人為了自保隻能和鄭成功拚命。就這樣，前前後後打了大半年，熱蘭遮城始終拿不下來，鄭成功的損失越來越大，也越發煩躁。
在這種情況下，漸漸冷靜下來的鄭成功也反應過來自己的錯誤，明白依靠武力強行攻破熱蘭遮城短時間是不可能了，就算最終打下來自己也是損失慘重，從而得不償失。
鑒於這個情況，無奈的鄭成功隻能和熱蘭遮的荷蘭人展開談判，而這時候筋疲力儘的荷蘭人包括最高行政長官揆一也清楚知道繼續戰下去就是全軍覆沒的下場，既然鄭成功願意網開一麵，那麼他也不會拒絕這個機會，就此雙方在進行了一番談判後最終達成協議，確保荷蘭人的生命財產安全，禮送他們離開小琉球，揆一下令放下武器投降。