五城兵馬司和巡捕營經過整肅，花名冊編製約2萬人，實際人數約1萬人。按照軍隊整肅整編整訓條例，約5000名違法犯罪人員被嚴厲懲處，以五城兵馬司提督張兆聖、巡捕營參將孫文亮、崔繼光、黃涪為首的約2000人被判處絞刑。
這些人官不大，膽子大，對普通老百姓敲詐勒索、巧取豪奪、栽贓嫁禍、草菅人命，讓很多老百姓賣兒賣女、家破人亡。
這些基層小官酷吏的違法犯罪行為，嚴重敗壞了朝廷的形象。讓普通老百姓直接體會到社會的黑暗，催生了對朝廷、對皇帝的仇恨，不殺不足以平民憤。對於五城兵馬司和巡捕營的違法犯罪人員，從重從嚴處理，可殺可不殺的堅決殺。
通過五城兵馬司和巡捕營的整肅，抄沒家產現銀約250萬銀元，房產、珠寶、古玩字畫等資產價值約120萬銀元，土地約50萬畝。
上直25衛、五軍都督府在京37衛和昌平通州團練經過整肅，花名冊編製約34萬人，實際人數約17萬人。
按照軍隊整肅整編整訓條例，約8500名違法犯罪人員被嚴厲懲處，其中金吾衛守備胡楫、忠順營遊擊平四知、通州衛遊擊楊應瑞、遊擊馬曠、汪登瑞、汪沽恩等約850人被判處絞刑。
抄沒家產現銀約400萬銀元，房產、珠寶、古玩字畫等資產價值約200萬銀元，土地約85萬畝。
五軍都督府和京營經過整肅，花名冊編製約18萬人，實際人數約9萬人。
按照軍隊整肅整編整訓條例，約4500名違法犯罪人員被嚴厲懲處。泰寧侯陳良弼、武安侯鄭惟孝、豐城侯李承祚、崇信伯費天澤、襄城伯李守錡、遂安伯陳瑋、寧晉伯劉天錫、武進伯朱自洪、廣寧伯劉嗣爵、彭城伯張嘉猷、南和伯方一元、成安伯郭祚永、靖遠伯王永恩、南寧伯毛茂龍、豐潤伯曹匡治以及京營參將遊擊千戶楊愈懋、鄭登雲、王繼、孫應奎、徐鎮都、楊茂都、陳正論、周複元、薛永壽、謝弘儀、郭威振、沈勳、郭欽、金汝佐、許世臣、張雄任、薛來胤、梁甫、王問、陳有繼，薛永壽、遊擊徐鎮都、張雄任等約450名官兵被判處絞刑。
抄沒家產現銀約1700萬銀元，房產、珠寶、古玩字畫等資產價值約800萬銀元，土地約60萬畝。勳貴們貢獻了絕大部分。
邊軍密雲鎮、昌平鎮經過整肅，花名冊編製約人，實際人數約4萬人。
按照軍隊整肅整編整訓條列，約4000名違法犯罪人員被嚴厲懲處，昌平鎮總兵達奇勳、副總兵白慎修、遊擊周尚斌、袁勳、孟吉、張萬壽、李同春、張鴻功，密雲遊擊白應、馬載道、袁應轂等約400人被判處絞刑。
抄沒家產現銀約200萬銀元，房產、珠寶、古玩字畫等資產價值約100萬銀元，土地約40萬畝。
天津海防營、天津團練和援遼駐軍經過整肅，花名冊編製約人，實際人數約人。
按照軍隊整肅整編整訓條例，約1500名違法犯罪人員被嚴厲懲處，天津總兵王學書、天津兵備賈之鳳、海防遊擊劉毓俊、苑攀龍、胡應武、援遼軍南京京營遊擊張超、張茂勳等約150人被判處絞刑。
抄沒家產現銀約30萬銀元，房產、珠寶、古玩字畫等資產價值約15萬銀元，土地約7萬畝。
順天巡撫李瑾、通州巡撫王國禎、順天府尹陳大道、府丞邵輔忠、劉蔚於等官員被秘密控製。
四衛營、勇士營、錦衣衛、東廠、五城兵馬司、巡捕營、上直25衛、五軍都督府在京37衛、昌平通州團練、京師三大營、密雲鎮、昌平鎮、天津海防營、天津團練和援遼駐軍花名冊編製總計約68萬人，實際人數約36萬人，其中約人涉及違法犯罪。
不僅吃空餉情況嚴重，違法犯罪率也非常高。如此軍隊怎能打勝仗。
按照軍隊整肅整編整訓條例，四衛營、勇士營、五城兵馬司、巡捕營、上直25衛、五軍都督府在京37衛、京師三大營、密雲鎮、昌平鎮、天津海防營、天津團練和援遼駐軍裁撤編製。軍產軍資由皇家衛隊接管，被挪用侵吞的軍產軍資進行追討。
剩下約31萬人，其中約9萬老弱病殘以及不願意繼續從軍的官兵，發放退伍費遣返原籍或就地安置為民。
甑選整編3個師名青壯，進行為期半年的封閉軍事訓練和文化學習。其它約18萬人整編為工程部隊加入中華建築民工大軍。
通過京城軍隊的整肅，天津海防遊擊賀虎臣、昌平鎮遊擊湯九州、京營參將孫應元、遊擊周遇吉、賀珍、徐文樸、薑應魁，以及毛維張、任之華、王忠、李忠、楊二虎、乙邦才、馬應魁、莊子固、樓挺、江雲龍、李豫、陶國祚、許謹、馮國用、陳光玉、李隆、徐純仁、李大忠、孫開忠、解學曾、高其勳、陳正、王承憲、翁之琪、朱旻如、劉世勳、魯之璵等一大批為大明儘忠殉國的忠臣良將被發現，這些人才全部送入皇家軍事大學進行半年的封閉進修學習。
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