【最終，杜文秀成為了大元帥，遙尊太平天國，然後高舉：“聯回漢為一體，豎立義旗，驅除韃虜，恢複中華，剪除貪汙，出民水火、救民除暴”口號，並恢複明朝衣冠，開始了十年的反清事業。
杜文秀非常注重團結，強調各民族一體，積極啟用各族的人才，嚴肅軍紀，輕徭薄賦，激勵生產，維護經濟秩序，使得義軍規模迅速壯大，獲得了當地無數百姓的支持。
其勢力最大時期，占領了雲南53個縣，並且多次擊敗了清軍的大規模圍剿行動。
1858年時，義軍將領馬如龍叛變，歸順清朝，還到處遊說義軍將領投降，致使雲南義軍遭到重創。
不過，此時太平天國尚在，雲南義軍的形勢還不算太糟糕。
後來，太平天國覆滅了，清廷得以組織了大規模的軍隊攻打雲南義軍。
1867年，雲南義軍為了對付馬如龍，組織了20萬兵力進攻昆明，剛開始，義軍攻陷了幾十城，但後來遭到失敗。
1872年，清軍圍攻大理，杜文秀為了避免清軍屠城，服毒後出城和清軍談判，被清雲南巡撫岑毓英所殺。
事後清軍立馬違背了承諾，對大理城進行了屠城。
至此，雲南回民起義徹底宣告失敗。
時至今日，去大理旅遊，還可以參觀曾經的大元帥府。
這裡原本是清朝的提督府，被杜文秀改為了總統兵馬大元帥府，後來又被清朝拆除了很大部分，在光緒時期，又改建為雲南提督府。
在國府時期，這裡也做過軍事司令部的駐地。
在新華夏建立之後，公元1987年，對這裡按照曾經大元帥府的布局進行了恢複，如今的大堂之上，還貼著杜文秀手書的對聯。
“天生英雄奪回漢朝世界，地出豪傑戳破胡兒乾坤。”
不過，現在關於杜文秀的評價也是呈現出了兩極分化的態度，一部分認為他是反抗清朝暴政的農民起義軍英雄，一部分則認為他是分裂國家的叛賊。
這大概也是杜文秀及其政權本身的矛盾性所導致的。
就像他在大廳裡同時供奉著孔子以及伊斯蘭的經卷一樣！
他雖然說要三教合一，可卻是以回教為主，想要建立伊斯蘭政權，而曆史已經證明宗教國家的落後性，特彆是伊斯蘭。
他一方麵舉起恢複漢家天下的旗號，卻又在陷入困境之時，想要尋求陰雞痢的幫助。
因此對於他的評價，在不同的曆史階段，變化很大！】
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“宗教國家的落後性？”
洪秀全臉色微變，陷入了沉思！
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【李永和、藍朝鼎起義
1859年，因為清朝為了籌措對付太平天國和撚軍的軍費，加大了對四川雲南等地百姓的壓榨。
於是，被逼到了極致的雲南昭通百姓發動了起義，推舉了有一定識字能力的農民李永和為首領，起義反清！
在李永和起義之後，藍朝鼎、藍朝柱兩兄弟也帶領著販鹽和鴉片的腳夫們起義，然後加入了李永和大軍。
義軍舉起順天大旗，號順天軍，紛紛割掉老鼠辮，以表達反清的決心。
而後義軍攻入四川，一度占領了很多的地盤，兵力最鼎盛時期，一度超過了30萬，勢力範圍延伸到了滇、川、鄂、陝、甘五省，在客觀上支援了太平天國義軍。
並且，他們還打死了清朝名將多隆阿！
1861年，清廷派湖南巡撫駱秉章率軍入川鎮壓義軍，藍朝鼎於當年戰死，
1862年，李永和戰死。
此後，殘餘義軍在藍朝柱的帶領下，北上進入陝西，和太平軍陳得才部會師。
1864年，在盩厔zhouzhi，西安周至縣）兵敗，在退回陝南的路上被當地民團襲擊，被害。
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宋景詩黑旗軍起義
1860年時，山東西的百姓為了抵製向官府交沉重的稅糧，便擁戴喜歡耍棍棒的宋景詩為領頭人去縣衙抗議，但最後抗議活動失敗。
1861年，宋景詩舉旗了。
因為他們的旗幟用的是黑色的，他的隊伍被稱為黑旗軍。
黑旗軍轉戰於直隸和山東的交界地帶，後來被清軍打敗，投降了清軍，而後先跟著清軍鎮壓撚軍，後跟隨清軍進入陝西鎮壓陝甘回民義軍。
1862年，回到山東的宋景詩等人再次舉旗，隊伍發展到萬餘人。
但是緊接著，清廷就派了僧格林沁來鎮壓，並且僧格林沁還帶來了著名的外國雇傭兵，洋槍隊，也可以叫做常勝軍或者戈登洋槍隊。
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這個洋槍隊的成立，是因為太平天國攻占南京之後，已經取代了廣州成為最大的港口和貿易城市以及洋人租界聚集地的魔都的地主豪商們為了避免被太平天國給劫富濟貧，於是紛紛向洋人求救。
當時洋人們則是想要隔岸觀火，坐收漁翁之利，所以沒人鳥他們的。
但有一個叫做華爾的美利奸人看到了商機，於是糾集了200個外國地痞流氓組成了軍隊，由魔都的地主豪商出錢購買裝備。
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這個時候，這隻隊伍叫做華爾洋槍隊。
這隻洋槍隊成立之後，戰鬥力很強，比那已經爛到稀泥一樣的八旗和綠營強大不知道多少。
1860年，洋槍隊接受了清朝的委派，添了十幾個外國人和幾百個清朝人，然後改名為常勝軍。
1862年，太平軍忠王李秀成在慈溪大戰清朝淮軍和英法聯軍，華爾也在作戰過程中被太平軍打死了。
於是，另外一個美國人白齊文接替成為了第二任隊長。
但這個白齊文看不起清朝和清朝的官員，有一次帶人將負責統領他的道台楊坊給打傷了。
清廷就讓李鴻章撤了他的職位。
白齊文很不爽，跑到北京鬨，要求官複原職，但沒有成功，
於是，憤怒的白齊文一怒之下跑到了太平天國這邊，投靠了太平天國。
然後白齊文就回去招募了以前的一些部下，帶來了太平天國，太平天國給了他一千人讓他訓練，但因為太平天國不太相信洋人，所以最終這白齊文隻能統領他自己帶來的那一點人。