在處置了齊泰、黃子澄、方孝孺等一眾建文舊臣之後，朱棣心中卻依舊覺得此事做得還不夠徹底。這些人過往的言行舉止，已然讓朱棣清醒地意識到，若要讓大明的黎民百姓真心承認自己乃是正統所在，那就必須徹底消除大哥朱標以及侄子朱允炆身上所承載的正統名分。
回想起此前自己曾下令以天子之禮安葬朱允炆，朱棣此刻不禁微微感到懊悔。而念及大哥朱標時，朱棣更是忍不住再次喟然長歎，他深知若大哥尚在人世，定然不會如朱允炆那般對待宗親，而自己恐怕也絕不會萌生出一絲一毫謀逆篡位的念頭。
雖說自己已然從大哥之子手中奪過了皇位，內心深處對大哥著實愧疚萬分，可朱棣經過深思熟慮後，還是毅然決定廢除大哥和侄子朱允炆的皇帝稱號，試圖以此來大力宣揚自己的正統地位，同時也期望能夠消除他們父子二人在大明百姓心中留下的影響。
就在二十六日這一日，南京城中處處彌漫著肅穆的氛圍。眾人皆依照旨意行事，將興宗孝康皇帝的牌位遷移至陵園之中，曾經的尊號不再繼續沿用，而是仍舊稱其為懿文太子。這看似僅僅隻是一個名號上的簡單更改，然而卻仿佛在無聲之間宣告著一個舊時代已然徹底落下了帷幕，而嶄新的秩序正有條不紊地逐步建立起來。
秋七月初一，明媚的陽光傾灑在南郊的廣袤大地上。朱棣身著莊重華貴的冕服，親自蒞臨主持那大祭天地的隆重儀式。在這莊嚴肅穆的場合之中，朱棣向著天地鄭重宣告自己已然成為大明的帝王，同時也順帶著祭奉明太祖。
待祭禮完畢之後，一道詔書頒布至天下各處：“今年以洪武三十五年作為紀年，明年則定為永樂元年。建文帝在位之時所更改的成文法製，全部恢複為舊有的製度。”
此詔令一經下達，意味著過往建文朝所留下的諸多施政痕跡都將要被一一抹去，一切都要重新回歸到太祖時期的舊模樣。這對於整個大明的官場以及民間而言，無疑是引發了一場不小的震動。
隨後的近半年，陸陸續續的旨意從京城發出，宣布著朱棣這位新皇對朝堂的一係列改革。
為恢複民生，朱棣還下達旨意：“山東、北平、河南這些遭受兵禍侵擾的州縣，免除徭役三年；未曾遭受兵禍的州縣以及鳳陽、淮安、徐、滁、揚三州，減免租稅一年；而餘下的全國其他州縣，則全部減免今年田租的一半。”
這道詔令，恰似給那些曆經戰亂之苦的百姓們送來了一絲難得的喘息之機。在那些飽受兵災折磨的地方，百姓們聽聞可以免除徭役，眼眸之中瞬間燃起了些許希望的火苗，仿佛已然看到了往後的日子能夠慢慢恢複生機的那一抹曙光。
而其他地區的人們，也因田租得到減免而暗自鬆了一口氣，內心對新皇的這一惠民舉措滿是感恩之情。
七月二日，朱棣下詔任命前北平按察使陳瑛為左副都禦使，並且做出了一項至關重要的決定，那就是將建文朝廢棄的官員全部予以恢複任用。這一舉措，一方麵是為了填補當下朝堂由於大肆誅殺建文舊臣而出現的諸多空缺，另一方麵也是在向天下人昭示，自己並非是那種一味排斥舊人的君主，隻要願意為新朝儘心儘力地效力，過往的一切皆可既往不咎。
七月三日，朝廷恢複太祖時期的官製，整個朝堂旋即開始緊鑼密鼓地重新梳理起官員體係，各方都在齊心協力地進行調整，盼望著能夠儘快讓朝堂恢複正常的運轉秩序。
同樣也是在這一天，朱棣下旨改封吳王允熥為廣澤王、衡王允熞為懷恩王、徐王允熙為敷惠王，讓他們隨同母妃呂氏一同居住在懿文太子的陵園之中。這幾位皇子，在這場靖難風雲的席卷之下，已然失去了曾經所擁有的尊貴地位，隻能在那陵園之中伴著往昔的回憶默默度日。他們望著那熟悉卻又透著幾分陌生的宮牆，心中滿是對命運無常的無儘感慨，可事已至此，也唯有默默接受這已然既定的安排了。
七月底，朱棣再次下旨，任命江陰侯吳高總督河南、陝西兩地的兵備事務，讓其肩負起安撫軍民的重要職責。尚書嚴震直、王純以及府尹薛正言等人紛紛領命，踏上了巡視山西、山東、河南、陝西等地的路途。他們一路巡查，目睹那些因戰亂而變得破敗不堪的村落，看到百姓們流離失所、麵容憔悴且麵黃肌瘦的淒慘模樣，不禁在心中暗暗發誓，定要竭儘全力讓這片飽經滄桑的土地重新回歸安寧，使百姓們能夠再次過上安穩祥和的日子。
在坐穩皇位之後，朱棣深切體會到了治理國家的千辛萬苦，也明白自己迫切需要一批賢能的肱股之臣來輔佐自己治理大明江山。
八月一日，侍讀解縉、編修黃淮進入文淵閣開始供職。沒過多久，又下令讓侍讀胡廣、修撰楊榮、編修楊士奇、檢討金幼孜、胡儼一同入朝為官，參與軍國大事的商討與決策。
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