接著，維爾茨堡大學授予他榮譽醫學博士學位，他的誕生地授予他倫內普榮譽市民的稱號，柏林科學院和慕尼黑科學院選他為通訊院士。
1896年11月30日，倫敦皇家學會授予他朗福德勳章；1900年，哥倫比亞大學授予他巴納德勳章；柏林的波茨坦橋上樹起了他的塑像；1901年授予他首屆諾貝爾物理學獎金。
倫琴品德高尚，對榮譽和金錢極為冷漠。
1901年12月10日去瑞典領取諾貝爾獎金時，他謝絕了在授獎典禮上做演講和許多邀請，很快便回到了德國。
回到德國乒，把5萬瑞典克朗的全部獎金送給了維爾茨堡大學，用於發展科學研究，自己分文未留。
一些商人對製造x光機也發生很大興趣，認為是發財的好機會。
德國最有名的aeg電業公司派人拜訪倫琴，請求倫琴把專利權讓給該公司，並答應付給相當高的代價。
但是，倫琴自己既不申請專利，也不求經濟報酬，毫無保留地把x射線技術公之於世。
幾個月之後，x光機即陸續問世，為現代科學提供了一種新的研究手段，廣泛用於光電效應研究、晶體結構分析、金屬組織檢驗、光譜頻段開拓、材料無損探傷及人體疾病的透視與治療等方麵。
1905年4月30日，為了紀念倫琴發現x射線十周年，一批科學家在柏林舉行一次“倫琴大會”，邀請倫琴為大會的榮譽來賓。
但他不高興用他的名字命名大會，因而沒有出席。這個大會在5月2日通過了成立倫琴學會的決議。
x射線的正式名字是維爾茨堡大學提議的，叫“倫琴射線”，以表示對倫琴的尊敬和紀念。
自1900年之後，倫琴接受德國政府的敦請，離開維爾茨堡大學，去慕尼黑物理研究所擔任所長和教授。
由於行政事務繁忙，從1900年到1921年，他隻發表了7篇論文，主要是研究晶體的物理性質的。
倫琴的朋友寫到他時說：“他的傑出性格是絕對的誠實和無私的廉潔；他無論從何種意義上說都或許是十九世紀偉大理想的體現；他投身於科學而從未懷疑科學的價值；他敞開思想準備接受任何新的觀念和事實……”
倫琴的晚年是不幸的，一方麵，第一次世界大戰帶給他貧困的陰影，另一方麵，妻子安娜在長期患病後於1919年先他而死去。他在給朋友的一封信中寫道：“龐大無邊的孤獨沉重地壓倒了我……”
1920年，他辭去職務，在靠近慕尼黑的魏爾海姆度過晚年生活。在短期患病後，倫琴於1923年2月10日在德國慕尼黑去世。
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