夏至前夜，八歲的小夏在閣樓發現一個布滿銅綠的懷表。表蓋內側刻著朵褪色的蒲公英，秒針停止在十一點五十九分。當她用衣角擦去灰塵，懷表突然發出清脆的嗡鳴，表盤裡鑽出個拇指大小的銀發小人。
“我是時間精靈鐘擺，”小人抖開綴滿齒輪的披風，“你的曾祖母偷走了我的時間花種，現在整片時光花園即將枯萎！”小夏望向窗外，發現街道上的一切都變得模糊，行人的腳步像被放慢的膠片，連飄落的樹葉都懸停在空中。
鐘擺解釋，時間花種能讓時光正常流淌。百年前人類為了留住青春，偷走花種釀成永生藥水，導致時間失衡。如今最後一株時間花即將凋謝，若不及時補種，世界會永遠定格在這一刻。小夏握緊懷表：“我該怎麼幫你？”
他們循著微弱的花香味，來到被藤蔓纏繞的廢棄溫室。月光透過破碎的玻璃，照亮架子上擺滿的舊試管，其中一支殘留著銀白色的粉末。鐘擺突然顫抖：“這是用時間花粉提煉的藥水！”話音未落，陰影中竄出三隻長著齒輪翅膀的機械烏鴉，尖銳的喙閃著寒光。
小夏抓起試管當武器，機械烏鴉卻靈巧地避開攻擊。危急時刻，她將粉末灑向烏鴉，粉末遇光化作金色絲線，纏住了金屬翅膀。鐘擺趁機打開懷表，將烏鴉吸入表盤的齒輪迷宮。
在鐘擺指引下，小夏踏上尋找時間花種的旅程。第一站是記憶湖，湖底沉睡著存放花種的水晶瓶。當她潛入水中，無數記憶泡泡將她包圍：曾祖母在花田勞作的溫馨畫麵，富商們貪婪爭奪花種的醜惡嘴臉，還有時間花園逐漸荒蕪的景象。
“小心記憶漩渦！”鐘擺的提醒晚了一步，小夏被卷入最深處的漩渦。在無儘的黑暗中，她聽見曾祖母的歎息：“我隻是想讓美好的時光停留......”淚水模糊了視線，小夏突然明白，真正的美好不是凝固時光，而是珍惜當下。她鼓起勇氣掙脫漩渦，發現水晶瓶就在觸手可及的地方。
帶著第一顆花種，他們來到鏽蝕鎮。這裡的一切都被鐵鏽覆蓋，居民們像提線木偶般重複著相同的動作。鎮長是個渾身齒輪的鐵皮人，他擋住去路：“交出花種，我就能永遠統治這裡！”
小夏注意到鎮長胸前的裂縫裡，藏著枚褪色的蝴蝶結。“這是你女兒的吧？”她輕聲問。鐵皮人猛地僵住，齒輪發出痛苦的吱呀聲。記憶畫麵浮現：鎮長為了讓病逝的女兒複活，與黑暗煉金術師做了交易，用時間花種換取永生機械軀體，卻永遠失去了感情。
“時間不該被用來製造永恒的痛苦。”小夏將花種埋進鎮中心的枯井。金色藤蔓破土而出，鐵鏽紛紛剝落，居民們恢複了笑容，鐵皮鎮長也變回普通人，捧著蝴蝶結泣不成聲。
隨著收集的花種增多，小夏發現每顆種子都承載著不同的遺憾：被戰爭摧毀的玫瑰花園，因貪婪消失的精靈村落，還有被遺忘的童年樂園。在最後一片沙漠，他們遇到了守護最後花種的沙巨人。
“人類奪走了太多，我不會再讓你們破壞！”沙巨人揚起的沙塵暴遮天蔽日。小夏卻張開雙臂，任由沙子打在臉上：“我們不是來奪取，是來彌補！”她將收集的花種拋向空中，種子化作金色雨滴，滋潤著乾涸的土地。
沙巨人漸漸縮小，露出裡麵被困的時間精靈。原來她就是鐘擺失蹤的妹妹沙漏，三百年前為了保護花種，自願與沙巨人融為一體。“對不起，我來晚了。”鐘擺緊緊抱住妹妹。
時間花園在黎明中重生，小夏將最後一顆花種埋進土壤。七種顏色的時間花同時綻放，花瓣上流轉著過去、現在和未來的光影。鐘擺將蒲公英形狀的懷表送給她：“這是時間的禮物，當你需要回憶，就打開它。”
世界重新開始流動，小夏回到家中，發現桌上多了朵永不凋謝的蒲公英。每當夜晚來臨，她就會打開懷表，聽著齒輪轉動的聲音，看著表盤裡綻放的時間花——那些被修複的記憶，永遠綻放在時光的長河裡。