不久後，母親章氏病故，父親為了照顧五個孩子又續娶了一位妻子。諸葛亮兄弟姐妹對繼母也十分孝敬，但是好景不長，父親於幾年後也去世了，一家人孤苦無依，幸虧叔父諸葛玄照顧著他們。
再後來，曹操起兵攻打徐州四處屠城，琅琊郡同樣戰火紛飛。叔父為了避難做了安排，自己帶領諸葛亮的兩個姐姐以及諸葛亮、諸葛均前往與自己有交情的袁術處，留諸葛瑾服侍繼母在鄉守護家園。後來諸葛瑾帶著繼母前往江東為官，後來就定居於江東。
諸葛玄帶著一家老小來到袁術處，袁術委任他為豫章郡太守，前往南昌赴任。沒多久，漢朝政府命一個叫朱皓的人來代替諸葛玄做豫章太守，朱皓是帶著軍隊來的，諸葛玄打不過他隻好出逃。好在他朋友比較多，又投奔到荊州牧劉表處，劉表對他也不錯。
不過諸葛玄不再出仕，他將家安在襄陽城西二十裡處的南陽郡鄧縣，這就是隆中。雖然劉表也不時給予接濟，但諸葛玄還是以躬耕為業。眼看著自己的侄子、侄女們慢慢長大，諸葛玄身子骨卻越來越不濟，為了自己的家族，諸葛玄做了非常周到的安排。
通過他的努力，他和荊州的幾個世家大族聯姻。他將大侄女許配給了襄陽本地第一豪門蒯家的公子蒯祺；他將二侄女許配給了襄陽另一個豪族龐家的公子龐山民；自己的侄子諸葛亮也因此師事龐家的大名士龐德公，並且結交了諸多名士以及朋友比如著名的水鏡先生司馬徽以及龐統、徐庶、石廣元、崔州平等青年才俊。這一切主要都是諸葛玄的安排，他想讓諸葛家族成為當地一個至少不差的家族，他希望他的侄子、侄女至少能不愁吃喝的活著。
在做完這些事情後，諸葛玄終於一病不起，撒手人寰。對於諸葛玄這個曆史人物我們應當肅然起敬，他為諸葛亮以及諸葛家族做出了巨大貢獻。可惜曆史對這個偉大人物的記載過少，評價也幾乎沒有，實在是遺憾。
待諸葛亮平複了心情，馬謖這才上前將他扶起勸慰道：“逝者已矣，相國大人不要過於傷感，還請保重身體。”
諸葛亮點了點頭，默然不語，沉默著去看了看自己曾經居住過的房間和哥哥、姐姐們的房間。
老屋中一待就待了將近一個時辰，這才走出房門，卻見許許多多的百姓聚集在大門口。一見諸葛亮連忙跪下行禮道：“拜見相國大人！”
諸葛亮連忙作揖還禮道：“亮的故居能保持原來的模樣一定都是因為鄉親們儘心保護，亮在此感謝諸位鄉親了。”
說完，也跪下行禮。然後又和百姓們聊了許多，這才回到館驛休息。
次日清晨，諸葛亮和馬謖以及隨從步行來到東門外諸葛氏的墓園，隻見園中有兩座墳一看就新修過，想必是當地官員知道自己要來祭祖這才抓緊趕修的，這兩座墳墓一定是諸葛亮父母的墳。
諸葛亮也不點穿，徑直走到父母墳前，哽咽著不語。
馬謖連忙安排隨從將祭品擺上。
諸葛亮這才跪下大哭道：“爹爹，娘親，你們不孝的兒子諸葛亮來看你們了。”放聲大哭不止，哭的趕來圍觀的群眾們都傷心不已，紛紛讚歎諸葛亮的孝道。
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