在現代，有些人懷疑李旦和顏思齊都是被鄭芝龍謀害的。
必須承認這種懷疑是有一定依據，並且是建立在符合邏輯的推理之上的。
疑點一，是李旦和顏思齊的死，使鄭芝龍成了最大的受益者。
而且這兩人隻要有一個不死，鄭芝龍都不可能有機會成為福建商幫的領袖。
至少是不可能在年僅21歲的時候，就成為那樣的大人物。
疑點二，是李旦和顏思齊的死期太過於相近，都是在1625年先後死去的。
李旦當時已是六旬老人，又經過海上的長途顛簸，病死倒還能說的過去。
可顏思齊當時卻隻有37歲，正值壯年，死的確實是有些離奇。
如果他當年不死，還能得享天年的話，肯定是李旦的順位繼承人。
如此一來，福建商幫怎麼都不可能落在鄭芝龍手裡。
所以推測鄭芝龍謀殺了顏思齊也是符合邏輯的。
疑點三，是鄭芝龍上位以後，李魁奇、許心素、李國助等李旦的親友都紛紛與他作對。
這背後的原因除了利益之爭，最大的可能便是這些人掌握了鄭芝龍謀害李旦和顏思齊的證據。
但另一方麵，也存在對這些推斷不利的線索，
便是楊天生、陣衷紀、洪升等顏思齊的鐵杆兄弟，在顏思齊死後，都跟隨了鄭芝龍。
如果他們懷疑，或者是掌握了鄭芝龍謀害顏思齊的證據，又怎麼可能追隨他呢？
此外，鄭芝龍第一次接受明朝詔安的時候，因為發現明政府企圖分化他的勢力，便決定返回台灣。
但又怕所有人同時走容易打草驚蛇，便決定分批次潛逃。
於是楊天生、陳衷紀等人就先返回了台灣。
等到鄭芝龍從福建逃出來時，楊天生、陣衷紀等人前去接應，卻在澎湖遭遇了李魁奇。
當時楊天生、陳衷紀等人碰巧全都在台灣染了瘟疫，自然不是李魁奇的對手，全都被其所殺。
這就說明，當時年輕人在台灣感染瘟疫的概率還是很大的。
所以在李國助看來，鄭芝龍的崛起完全就是一個曆史的巧合，
與被其謀殺相比，李旦和顏思齊的死因更可能是在台灣染上了致命的熱帶病。
正因如此，李國助把顏思齊拐到南海邊地來，就是為了避免他去台灣。
這樣至少可以極大減少他因為染病而英年早逝的幾率。
隻要能救下顏思齊，楊天生和陳衷紀自然也不會有性命之虞。
至於便宜老爹，等到了1625年，李國助自有彆的辦法阻止他去台灣。
說完疾病對開發台灣的不利影響後，李國助停下來思考了片刻，又繼續說道：
“除此之外，大員也是一個是非之地，盯著它的勢力實在是太多了。”
“首先倭寇就曾長期占據大員。”
“雖然萬曆三十年，沈有容將軍已將其收複，但日本未必就會死心。”
“薩摩藩既然敢侵略琉球，難保不會野心膨脹，進一步去侵略大員。”
“其次荷蘭、西班牙等泰西諸國一直都想與大明自由通商，卻一直被拒之門外。”
“所以他們隻好退而求其次，始終都想在大明沿海找一處合適的島嶼做貿易據點，以便進行走私貿易。”
“萬曆三十二年，荷蘭就曾占領過一次澎湖，結果又是沈有容將軍趕走了他們。”
“但我認為，荷蘭人不會就此死心，還可能再次嘗試占領澎湖。”
“可如果他們最終無法得逞，便極有可能把目標轉向大員。”