韓暹逃奔楊奉，因護駕之功被獻帝特赦。
於是，曹操殺了侍中台崇、尚書馮碩、議郎侯祈，封董承等十三人為列侯，曹操本人亦領司隸校尉、錄尚書事。
隨後，曹操聽從董昭建議，於九月遷獻帝於許縣，他本人被封為大將軍，進封武平侯。
楊奉對遷許之舉非常不滿，打算攔路截擊，結果失敗。
十月，曹操討平楊奉。
十一月，曹操升任司空，行車騎將軍事，總攬朝政。
這一年，曹操聽從棗祗、韓浩等人的建議，開始實行屯田製。
劉備遭到呂布襲擊，投奔曹操。
程昱勸道：“依我看劉備有雄才大略，又深得民心，不會久居人下，不如趁早除掉他。”
曹操回答：“如今正是招攬賢才之時，為殺一人而失天下人心，不可。”
建安二年197年）正月，曹操討伐割據宛城的張繡，駐軍淯水。
張繡舉眾投降，旋即複叛，曹操長子曹昂、侄子曹安民、猛將典韋戰死。
曹操引兵退還舞陰，張繡派兵來攻，被曹操擊退。
張繡奔往穰城，與劉表聯合。
曹操對諸將說：“我收降張繡等人，卻犯了沒有立即扣押人質的錯誤，所以遭到了失敗。我明白了失敗的原因，請大家看著，從今以後我不會再失敗了。”
之後，回到許縣。
割據淮南的袁術僭號，呂布把他的使者送到許縣，袁術怒而進攻呂布，結果為呂布所破。
九月，袁術侵略陳國，曹操聞訊親自東征袁術。
袁術得知曹操親自來，便棄軍而逃，留橋蕤等四將鎮守。
曹操到後，斬殺橋蕤等將。
袁術渡淮而走，曹操也回到許縣。
十一月，曹操南征荊州，到達宛城。
劉表部將鄧濟據湖陽，曹操生擒鄧濟，湖陽也投降。
之後，曹操又攻下了舞陰。
建安三年198年）正月，曹操回到許縣。
三月，曹操再次南征，圍攻張繡於穰城。
四月，曹操所遣的謁者裴茂率中郎將段煨討李傕，夷三族。
五月，劉表派兵救援張繡，並打算截斷曹操後路。
曹操引軍退還，張繡追擊，曹操軍無法前行。
於是，結成連營，得以慢慢前進。
曹操寫信給荀彧說：“賊軍緊追我軍，雖然我軍日行數裡，但我算好了，到安眾縣時，一定能打敗張繡。”
到了安眾縣，張繡和劉表聯軍守在險要地方，曹操軍前後受敵。
於是，曹操派人趁天黑在險要處挖鑿一條地道，把輜重物資全部偷運過去，又設下伏兵。
天明時，張繡軍認為曹操已逃走，全軍追趕。
曹操便派出步兵、騎兵兩麵夾攻，把賊軍打得大敗。
七月，曹操回到許都。
荀彧問曹操：“之前您料定一定會打敗敵軍，這是為什麼？”
曹操回答：“敵人阻止我回歸的部隊，與我軍死地戰，我由此而知一定會勝利。”
九月，曹操東征徐州，進攻久與他為敵的呂布。
十月，曹操破彭城，擒獲呂布的彭城相侯諧。
曹操進軍下邳，呂布親自率騎兵逆擊，曹操大破呂布，擒獲他的部將成廉，並追擊到下邳城下。
呂布欲圖投降，陳宮等人勸阻呂布，又勸呂布出戰，呂布再次戰敗，退回城內固守。
曹操用荀攸、郭嘉之計，決泗、沂之水灌城。
十二月，呂布部將魏續、宋憲等生擒陳宮，歸降曹操。
呂布見大勢已去，下城投降。
曹操將呂布、陳宮、高順等人處死，收降呂布部將張遼以及泰山豪傑臧霸、孫觀等人，初步控製了徐州。
曹操將青、徐二州委托給臧霸等泰山諸將。
當初，曹操統領兗州時，任命東平人畢諶為彆駕。
後來張邈叛亂，劫走畢諶的母親、弟弟、妻小，曹操放任畢諶離去，對他說：“你的老母親在張邈那裡，你可以離開。”
畢諶叩頭表示不會懷有二心，曹操十分讚賞他，並感動地流下了眼淚。
但是畢諶出去後，還是選擇逃到張邈那裡。
呂布敗亡後，曹操生擒畢諶，眾人為他擔心。
曹操說：“作為人能孝順他的親人，不也會忠於他的君主嗎！這正是我所需要的人。”
於是，任命他為魯國相。
建安四年199年）二月，曹操到達昌邑。
張楊的部將楊醜殺死張楊響應曹操，眭固又殺楊醜，率眾屯射犬，聯合袁紹。
曹操把司空之位讓給太仆趙岐，朝廷不從。
朝廷因曹操討呂布有功，為他增邑三千戶，曹操固辭不受。
四月，曹操親征河內，並派史渙、曹仁擊殺眭固。
曹操渡河進圍射犬，河內太守繆尚與張楊手下長史薛洪率眾投降。
曹操取得河內郡，把勢力範圍擴張到黃河以北。
當初，曹操舉魏種為孝廉。
兗州叛亂時，曹操說：“唯獨魏種不會背叛我。”
結果，魏種叛逃。
曹操怒道：“你魏種隻要沒有南逃越地、北走胡地，我就一定不會放過你！”
取得射犬後，魏種被生擒。
曹操既往不咎，下令給魏種鬆綁，並任命他為河內太守，將河北之事委托給他。
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