於是，司馬睿命劉隗、戴淵、刁協、王導、周顗、郭逸和虞潭等率軍進攻石頭城，但都被王敦軍打敗。
太子—司馬紹知道諸軍兵敗後，打算親率將士決一死戰，但被太子中庶子—溫嶠諫止。
王敦在石頭城中擁兵，不入宮朝見司馬睿，更放縱士卒四處搶掠。
當地大亂，官員都逃走，隻餘下安東將軍—劉超率眾與兩名侍中侍奉司馬睿。
司馬睿隻好脫下戎服，派使者向王敦求和。
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同時，兵敗的刁協和劉隗回宮見司馬睿，司馬睿流著淚勸二人快點逃走避禍，更給予二人人馬讓他們逃走。
但刁協因年老而不能騎馬，亦對人無恩情，元帝召募刁協隨從時竟然全都推辭。
刁協行到江乘時被殺，首級被送到王敦那裡；劉隗則領家屬北逃至後趙。
不久，在吳興響應王敦的沈充攻破吳國，殺害吳國內史—張茂。
之後，司馬睿命令百宮到石頭城見王敦，然後任命王敦為丞相、都督中外諸軍、錄尚書事、江州牧、封武昌郡公。
王敦假意辭讓，知道攻破建康，王敦責備說：“不聽我的話，幾乎滅族。“
王導仍然不理睬，王敦沒辦法。
王敦見太子為人勇敢，而且有謀略，朝野中人都支持他。
於是，王敦打算以不孝為名廢了他，以免日後阻礙自己專政。
但遭到溫嶠的大力反對，其他人亦同意溫嶠，因此王敦無法得逞。
但王敦卻因為周顗和戴淵二人有很高的名聲和才能，從而十分忌憚，所以將二人殺害。
王敦亦更置百官及軍鎮，影響數百人，但決策朝令夕改，隻是隨心而作。
不久，王敦即回到武昌，並遙控朝政，後又自行加領寧、益二州都督。
甘卓知道王敦得勝並殺害周顗等人後，又得到王敦命台城所發的騶虞幡，聲言害怕他攻擊武昌會逼王敦劫持皇帝。
於是，決心撤回襄陽。
都尉—秦康和樂道融勸甘卓分兵截斷彭澤湖口，斷絕王敦在武昌和建康兩批軍隊的接觸支援，讓王敦士眾自動離散。
但甘卓十分堅決，斷然拒絕。
同時，攻打長沙的魏乂，其手下捕捉了司馬承派出求援的周該和周崎。
魏乂向周崎說：“王敦已擊敗朝廷軍隊，主掌建康朝政，而甘卓亦已回襄陽，援軍不會再來，要周崎去勸降，瓦解軍心。”
周崎假意答應但卻和城中人說援軍快到，鼓勵繼續堅守，最終遭到殺害，周該亦被拷問至死。
之後，魏乂攻擊轉猛，又將王敦送來的朝廷文章射入城內。
城內的人得知朝廷戰敗後，全都十分惆悵地感到惋惜。
兩軍攻守一百多日後，衡陽太守—劉翼戰死，士卒死傷枕藉。
最終都被攻破，捕擄司馬承等人，又殺害譙王長史虞悝。
魏乂又以檻車送司馬承和舂陵縣令—易雄到武昌，王廙受王敦之命在途中殺害司馬承。
易雄到武昌後仍然意誌高亢，沒有懼色。
王敦畏懼他言辭剛正，將他釋放，但王敦不久即派人將他暗殺。
甘卓到襄陽後，家人都勸他防備王敦，但甘卓不聽。
甘卓命手下士兵解甲耕作，每聽到防備王敦的諫言都會大怒。
襄陽太守—周慮受了王敦的密令，假稱湖中有很多魚，要甘卓將手下士兵都派去捕魚。
之久，周慮領兵在甘卓寢室襲擊甘卓，並將他殺死，斬下頭顱送交王敦，又殺害甘卓的幾名兒子。
之後，王敦任命周撫代替甘卓的位置。
王敦掌握朝政後，四方的朝貢大多都進了他的府第，同時將相州牧的任命皆由他掌握，所任用的都是他的親信或琅琊王氏的族人。
同時，又以沈充和錢鳳為謀主，二人的計謀都會聽從。
又任用諸葛瑤、鄧嶽、周撫、李恒、謝雍等人，更縱容沈充等人胡作非為。
王敦堂弟—王棱多次勸諫王敦，卻遭到王敦暗殺。
同年，司馬睿憂憤成疾，最終病死，由太子司馬紹繼位。
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