攻打掖縣幾天，登州叛軍的傷亡不大，守城官兵傷亡不大死的都是山東百姓，而孔有德知道不能這麼耗下去了，得抓緊占領山東北部才能迎擊後續到來的官軍甚至還有關寧軍，他久在遼東知道他們戰力，一旦圍剿不順崇禎肯定會讓他們來的。
於是命令在登州的李九成調孫元化之前購買的紅夷大炮八門用牛車拉著到萊州前線支援。
同時讓隊伍裡麵的炮灰在掖縣附近修炮台準備等紅夷大炮來了就開炮轟裡麵的官軍。
就在這時遼東水師帶著一支川兵前來增援掖縣，本來這股川兵是打算去收複旅順的，因為陳有時，毛承祿叛亂占領了這裡，川兵的彭友謨到了旅順後發現這裡已經被黃龍還有尚可喜收複，於是又繼續南下萊州府城增援官軍。
川兵戰力強，到了以後發動衝鋒居然擊敗了孔有德部，毀掉了他修築不少日子的炮台。
城內徐從治和謝漣趁機出城修築了城外的防禦工事，就這麼和孔有德對峙了下來。
此後孔有德繼續驅趕炮灰進攻萊州府城掖縣，川兵善戰，守的滴水不漏，而炮灰們已經恨叛軍入骨了也沒有好好攻城，孔有德部連攻掖縣一月未下。
到了三月底，崇禎遣兵部侍郎劉宇烈率薊鎮總兵鄧杞和密雲副將牟文綬兩部共七千大軍南下，又大方的撥給了劉宇烈六門紅夷大炮，讓他增兵萊州一舉滅掉孔有德。
劉宇烈南下後先召集了在家混日子的劉澤清，任命他為雜號義勇總兵，募集鄉勇參戰，同時召集了天津總兵王洪和保定總兵劉國柱，湊齊了兩萬五千大軍，準備一鼓作氣滅掉登州叛軍。
劉宇烈坐鎮昌邑縣城，將兩萬五千大軍分為四路，安排他們在分兵四路於四月初六會師掖縣城下打一個大勝仗。
就這樣，登萊之亂孔有德部最大的勝仗沙河之戰爆發了。
孔有德還是老一套路，先讓一個軍官帶著炮灰衝擊官軍陣地，鄧杞等人很快便將他們打的大敗，官軍們也都開始快樂的割首級準備報功。
就在幾萬官兵忙著割炮灰首級時，孔有德率數百騎兵擊潰了官軍運糧部隊，將兩千石糧草燒的乾乾淨淨。
同時集結精銳繞開官軍主力，直撲總理山東兵事的兵部侍郎劉宇烈駐節之地昌邑。
孔有德先是安排人散布假消息說前線的鄧杞三總兵全軍覆沒被孔有德殺了，然後安排騎兵在昌邑城外耀武揚威。
劉宇烈從沒打過仗，沒有仔細甄彆這件事的真假，慌忙逃出了昌邑縣城。
孔有德根本沒打算攻城，又虛晃一槍殺回掖縣，再次散布流言說劉宇烈已經被孔有德砍了。
鄧杞先是收到兩千石糧草被毀，又聽說兵部侍郎被殺了的消息。
薊鎮兵頓時軍心大亂，又被東江騎兵衝入陣中，來了個三進三出，擊潰了薊鎮兵，同時王洪和劉國柱看到孔有德發威又一次大敗官軍，默契的帶著家丁跑路。
就這樣兩萬多大軍全軍覆沒，三總兵隻帶了家丁逃跑，孔有德繳獲火藥，鎧甲和其它輜重無數。
這時候劉澤清帶著的鄉勇部隊也來了，孔有德用了遼東經典的一二字陣，先是騎兵突襲劉澤清中軍，步兵兩翼包抄，再一次全殲義勇總兵劉澤清所部三千人，劉澤清被砍了兩個手指頭跑掉了。
除此之外，那六門紅夷大炮也被孔有德部所繳獲。
在官軍敗退後，孔有德以十四門紅夷大炮再次進攻掖縣，雖然還是沒有攻陷掖縣，不過卻一炮打死了新任山東巡撫徐從治。
此時謝漣知道再死守萊州早晚要淪陷，於是遣人出海去寧海州找登萊副總兵吳安邦讓他率領文登營和麾下部隊進攻登州以圍魏救趙解掖縣之圍。
吳安邦沒瞧得起耿仲明，就在蓬萊縣城外幾裡紮營，結果耿仲明帶著留守的一千人馬出城，先以火器攻擊隨後衝擊吳安邦大營，全殲這支部隊，吳安邦隻身逃回寧海州。
崇禎皇帝此時實在是奈何不了孔有德部了，又打起了招撫的主意可惜孔有德看都不看一眼。
就在這時天津巡撫鄭宗周又被耿仲明打敗了一次，耿仲明在打敗吳安邦後宣稱自己要招安，此時朝廷暫時調集不了兵力圍剿他們，鄭宗周就信了一把耿仲明，派孫應龍率軍兩千出海去蓬萊。
這兩千官兵一入蓬萊耿仲明就命令關閉城門來了和關門打狗逼降了這兩千人，孫應龍被殺，天津水師的船隊落入叛軍手中。
到現在崇禎暫時沒牌了，隻能讓之前戰敗的劉宇烈去招撫孔有德同時讓掖縣城裡的謝漣準備出城接受。
但孔有德依舊沒有回複，而是打算繼續耗著。
就這樣，崇禎皇帝怒了他真怒了，打算將手裡的大殺器丟出來了，那就是鎮守遼西的關寧軍，讓他們來山東鎮壓孔有德。
孔有德此時連戰連捷根本不害怕關寧軍了，但是故意偽裝成自己害怕，謝漣在遼東待過知道關寧軍戰力他表示這是真的，孔有德就是害怕，然後提議就現在招募孔有德，掖縣的包圍就能解除了。
楊禦蕃雖然被孔有德殺敗了，但還是想的多，他表示要招撫也得等關寧軍來了再說。
但是一旁的知府朱萬年表示孔有德就是個老實人，之前他來掖縣，自己一頓牛酒就打發了，現在一定是害怕了，招撫會成功的。
楊禦蕃勸不動這兩人，隻好不勸了但表示自己無論如何也不會出城的。
在謝漣和朱萬年一前一後出城時，突然謝漣的馬匹受驚衝進了叛軍大營，朱萬年被埋伏的騎兵捅死。
謝漣被俘後，孔有德押著他們來叫門，城裡的楊禦蕃和彭友謨直接朝著謝漣開炮，孔有德的計謀失敗帶著謝漣撤退了。
山東的局勢已經不可收拾時，關寧軍終於動了，以高起潛為監軍，金國奇為帥出兵一萬七千人來到了山東。
關寧軍來了，原來的敗將們都有膽子了，登州叛軍副都元帥陳有時南下進攻平度遭遇陳洪範和劉澤清，結果他居然沒打過這兩人，被擊敗自己還挨了鳥銃死在路上被人抬回了登州。
而關寧軍來了以後，崇禎重新安排了指揮人選，這次他讓監軍高起潛，山東巡按謝三賓，新任山東巡撫朱大典一起指揮，準備徹底滅掉孔有德。
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