為了徹底掌控這座大明王朝的“留都”，也為了確保自己推行的新政能夠在江南這片財賦重地順利推行，崇禎皇帝立刻下旨，對南京的軍政人事，進行了大刀闊斧的調整。
他命神武軍指揮使周經武，暫代南京守備勳臣之職，總攬南京城內外所有兵馬，全權負責城防及彈壓地方不法之責！
他又命東廠南京分署主官李有成，會同剛剛率部抵達南京的西廠掌刑千戶許強，繼續深挖“錢謙益謀逆案”及“登萊私鹽案”，務必將所有與此案有所牽連的東林、複社餘孽，以及那些在背後為其提供資金支持的士紳商賈，一網打儘，絕不姑息！
同時，他又任命了一位出人意料、卻也深思熟慮之後的人選——原山東濰縣知縣郭尚友，破格擢升為南京戶部侍郎，命其即刻赴任，負責整頓江南財稅、安撫地方民生、以及……協助推行即將到來的新政！
原先南京城內的那些六部九卿官員，除了少數幾個平日裡謹小慎微、從未與東林黨有所瓜葛的“邊緣人物”被暫時留任，以維持衙門的日常運轉之外，其餘人等，皆被以各種名義，或遣散，或貶黜，或……直接投入了詔獄之中，聽候發落。
崇禎皇帝的這番鐵腕布局，其核心，便是要將整個南京城的“政”、“兵”、“錢”，都牢牢地掌控在自己最信任的人手中！
然而，這場在南京城內掀起的、針對東林黨殘餘勢力的清洗風暴，其慘烈程度，卻也遠超所有人的想象！東廠、西廠、錦衣衛這三大特務機構，在皇帝的默許和授意之下，仿佛展開了一場“殺人競賽”一般！他們互相攀比，互相競爭，都想在這場“清剿逆黨”的行動中，為自家衙門、也為自己，立下更大的“功勞”！
一時間，整個南京城，血流成河！每日裡，都有數十甚至上百名被定性為“東林餘孽”或“複社亂黨”的士子、官員、商賈，被從家中拖出，或直接斬殺於街頭，或押入那如同人間地獄般的廠衛詔獄，遭受酷刑，求生不得，求死不能！
然而，讓崇禎皇帝感到憤怒和……一絲無奈的是，即便他采取了如此酷烈的鎮壓手段，那些東林、複社的“餘孽”，卻依舊是……野火燒不儘，春風吹又生！
許多年輕的、深受東林思想影響的士子們，在看到自己的師長、同窗慘遭屠戮之後，非但沒有被嚇倒，反而……被激起了更為強烈的“殉道”之心！他們前仆後繼，或撰寫文章，痛斥朝廷之暴行；或奔走串聯，試圖組織更大規模的“請願”和“抗爭”……這種如同後世“傳銷”組織一般頑固而又極具煽動性的組織性，讓崇禎皇帝對東林黨這個看似“鬆散”的政治集團，產生了前所未有的痛恨和……警惕！
也正是在這種背景之下，那個被他破格提拔的“新任南京高官”郭尚友，其價值和意義，便顯得尤為重要！
崇禎皇帝之所以會選擇郭尚友，便是因為，此人……是一個真正的、也是碩果僅存的“真清流”！
在決定啟用此人之前，崇禎早已命東廠提督王承恩，對郭尚友的家世背景和過往政績，進行了最為詳儘的、深入骨髓的調查！
調查結果顯示：郭尚友此人，雖然也曾受過東林名士的教誨，但他卻對東林黨人那種隻知空談心性、不務實政、結黨營私的作風，極其反感！同時，他也對天啟年間魏忠賢等閹黨的專權跋扈、殘害忠良，同樣是深惡痛絕！他是一個真正意義上的、不屬於任何派係的“孤臣”！
而他在山東濰縣擔任知縣期間的政績，更是……卓著得令人驚歎！他曾多次在災年，開倉放糧，救濟災民；也曾親自率領縣中丁壯，登上城樓，擊退過小股流寇的襲擾；更曾散儘自己的俸祿，組織百姓，修繕城池，興修水利，安撫流民……其在地方上的政聲，極好！深受當地百姓的愛戴！
“如此忠良之臣！如此實乾之才！竟因其不願依附東林、亦不屑與閹黨為伍，而被埋沒於一小小縣令之位上，長達十餘年之久！”崇禎皇帝在看到這份密報之時，心中充滿了無儘的感慨和……對這個時代官場劣幣驅逐良幣的憤怒！
他知道，郭尚友，才是他心目中，那個能夠真正為國為民、澄清吏治的“真清流”！也正是他要在江南，為所有官員，樹立起的一個全新的“榜樣”！
就這樣，在經曆了一場血腥的、傷筋動骨的大清洗之後，南都金陵的權力格局，終於被崇禎皇帝徹底重塑！
雖然，名義上的南京兵部尚書之位，尚且虛懸，但整個南京城的實際權力，已然被牢牢地集中在了神武軍指揮使周經武、新任戶部侍郎郭尚友、以及南京吏部尚書馬士英這三人的手中！
這三人，共同構成了崇禎皇帝安插在江南的、最為核心的“皇黨南京班底”！他們的首要任務，便是要徹底肅清東林、複社在江南的所有殘餘勢力，確保皇帝推行的新政，能夠在此地，得到不打折扣的執行！
當然，崇禎皇帝對於這個由他親手打造的“南京三人核心”，也並非完全沒有提防。他知道，權力，最是容易腐蝕人心。但他相信，在自己那無處不在的廠衛監控、以及他本人那不容置疑的皇威震懾之下，這三人……暫時，還不敢有任何異心。至少，在徹底解決掉流寇和建奴這兩大心腹之患前，他們……會是他最為可靠的臂助！
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