當江南的“三王之亂”隨著杭州城的兵不血刃而迅速平定之後，崇禎皇帝並未如眾人所料那般，立刻班師回朝。
他依舊坐鎮於南都金陵，並在此地，頒下了一道道足以讓整個大明王朝的政治版圖，都為之徹底改變的、石破天驚的聖旨！
——自即日起，永久廢除自永樂朝以來，已實施了長達二百餘年的“兩京並製”！
——南京六部及其下屬所有衙門，以及南京都察院、國子監、大理寺、翰林院、通政司等所有與京師重複設置的部院，儘數……裁撤！永不再設！
伴隨著這道廢黜聖旨而來的，一場更大規模、血腥的政治大清洗由此徹底拉開！
由西廠提督曹化淳、神武軍指揮使周經武、以及南京守備兵馬聯合組成的“清剿”大軍，如同梳子一般，將整個南直隸地區，來來回回，梳理了數遍！
短短三日之內，僅在南京一地，便有數百名五品以上的、與之前“三王之亂”或“錢謙益謀逆案”有所牽連的舊官僚，被從家中逮捕！罪重者，或被抄家滅門，或被充軍發配，甚至……有數十人，在未經任何審訊的情況下，便被以“負隅頑抗、意圖不軌”的罪名，直接處決於街頭！
一時間，整個南京城，再次陷入了一片血色的恐怖之中！那些曾經高高在上、作威作福的舊官僚階層，幾乎……被連根拔除！
在將舊有的官僚體係，以一種近乎於“推倒重建”的方式，徹底砸碎之後，崇禎皇帝朱銘）又立刻著手，建立起了一套全新的、也更為高效的南京政體！
他下旨，在原先的南京鎮守太監府邸，成立一個新的機構——“南都留守司”！用以取代舊六部的所有職能！
這“南都留守司”，下設三個最為核心的分部，分彆管理：
軍政負責整個南直隸地區的城防、治安、以及軍務協調）；
民政負責地方行政、民生、教育、以及司法等所有社會事務）；
稅收負責整個江南地區的財政、賦役、商稅、鹽務等所有經濟事宜）。
同時，又根據實際需要，增設了各類更為細化的、也更為務實的功能性衙門，如：負責為軍民提供免費醫療的“惠民藥局”、負責賑濟災民的“施粥廠”、以及隸屬於京師工仗局的“工事分局”和“火器分局”等等。這些新的機構，其目的隻有一個——服務於民生與軍工！
對於這些新機構的官員提拔，崇禎皇帝也製定了全新的機製：優先錄用那些在之前的動亂之中，表現尚可、且有實績的舊官僚；若有不足，則一律由京師吏部，統一從北方各省，調派那些經過了嚴格考核、且忠誠度更高的官員，前來補缺！
而這新設立的“南都留守司”，其管轄範圍，也被嚴格限定於南京城之內！絕不得乾涉應天府之外，其餘州縣的任何政務！
緊接著，崇禎皇帝又下達了一道更為激進、也更為徹底的旨意——撤銷“南直隸”這一沿襲了二百餘年的行政建製！
他將原南直隸下屬的十四個府，儘數拆分、降格！
曾作為“建武”偽朝首都的杭州府，直接降為散州，並入京師順天府，由北京朝廷直接管轄！
位於江北的徐州府和淮安府，則被降為直隸州，統一劃入山東布政使司！
位於長江西岸的廬州府和安慶府，同樣被降為直隸州，劃入湖廣布政使司！
而那曾作為太祖龍興之地的鳳陽府，則被改為“中都府”，其“中都”的特殊建製，亦被徹底撤銷！
在兵權方麵，南京城及其周邊的所有防務，則被儘數交由神武軍負責！周經武，不僅擔任神武軍指揮使，更兼任了“南都留守司”軍務分部的最高主事！
在這場大刀闊斧的、近乎於“外科手術”般的政治與行政改革之中，西廠的權勢，也得到了空前的膨脹！
曹化淳借著此次“清剿江南”的大好時機，在皇帝的默許之下，於江南各處重要的州府，皆設立了西廠的分署和秘密據點！
他更是建立起了一套名為“天令”的、由信鴿和快馬組成的、高效的獨立情報係統！無數身著青衣的西廠番子，如同幽靈般，行走於江南的各個角落，監視著所有官員的言行舉止。他們所到之處，地方官員無不聞風喪膽，人人自危！
然而，就在所有人都以為，這位鐵血帝王，將要用這股肅殺之氣，將整個江南徹底“淨化”之時，他卻又……做出了一個讓所有人都意想不到的舉動。
他竟在行宮之內，親自接見了那位因著《國榷》一書而名滿天下的布衣史學家——談遷。
崇禎皇帝在見到這位因戰亂流離而顯得有些清瘦、但眼神卻異常明亮的老者之時，竟沒有半分帝王的架子，言辭溫和，禮遇有加，表現出了與其平日裡酷烈形象截然不同的、“文治皇帝”的一麵。
他先是溫言安慰了談遷，對其那部嘔心瀝血數十年寫成、卻因躲避戰亂而被盜賊丟失的《國榷》原稿，表示了深切的惋含。他笑著說道：“談先生不必過於傷心。所謂‘舊的不去，新的不來’。朕以為，先生之才，足以……寫出一部比之前那部，更為詳儘、也更為……真實可信的信史！”
隨即，他當即便下達了一道讓談遷本人都感到難以置信的旨意：
他不僅要以皇帝的名義，親自為談遷重修《國榷》之事“正名”，更要賜予他“主修官”的身份！
他甚至還給予了談遷可以隨意調閱宮中所有典籍檔案、包括那些最為機密的內閣、司禮監、乃至廠衛密檔的無上特權！並下旨，命欽天監監正李天經，在曆局之中，為談遷安排一處專門的官署，用以著書立說！
最後，他更是鄭重承諾：待《國榷》修成之後，將由皇家報社，親自為其刊印！發行天下！並全額資助其所有開銷！務必……要讓先生之名，與此信史一道，青史留名，永垂不朽！
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