因為證據確鑿，涉案的官員與勳貴沒有一個是乾淨的，隻不過之前沒有人去深究他們而已，倒黴的是，他們碰到了嫉惡如仇的朱由校。案件審理很快，半個月不到，所有案犯全部伏法，其中就包括了南京的一幫勳貴。
在此期間，朱由校與內閣幾位閣臣商談之後，他從善如流，將韓爌提到的幾名乾吏都做了相應的提拔。徐光啟並沒有被抬入內閣，而是擔任了北直隸、登萊總督，全稱為“總督北直隸、登萊等處軍務，組建登萊水師，兼理米餉，節製北直隸、登州、萊州三撫”。又讓其兼任了兵部右侍郎、都察院右都副禦史。全麵負責兩道的民政、軍事工作，可謂是獨攬兩道大權。其弟子舉人孫元化就任登州巡撫，具體負責組建水師、鑄炮，並負責遼東、東江兩鎮之物資運輸工作。
吏部尚書周嘉謨，卸任尚書銜，抬入內閣，工部右侍郎、都察院右僉都禦史王在晉升為吏部尚書。劉一燝卸任兼任的吏部尚書銜，專任內閣閣臣。孫承宗同理，他也卸任掉了剛履新不久的兵部尚書，而這位置留給了已經賦閒在家許久的原吏部尚書王象乾。戶部左侍郎袁可立則兼任了都察院左都副禦史，並下令其徹查曆年來各道所欠之稅款並清繳。
太仆寺寺卿畢自嚴兼任了京師京營總辦，令他兼任的原因則是，朱由校抽空接見了此人，發現此人將國家馬政處理的井井有條之外，對於金融也有自己的一番見解。這讓苦於無人可用的朱由校大喜過望，不過他也知道，金融改革涉及到很多方麵，一著不慎容易造成舉國震蕩，這無疑是便宜了女真人。所以他下令讓其兼任京師京營總辦，替他打理京營的軍餉、糧草、武器裝備、訓練以及兵員等方方麵麵的工作。讓其有整體協辦的工作經驗，未來也好再重用此人。
太常寺寺卿畢自良是畢自嚴的親哥哥，太常寺主要負責祭祀等文禮工作，同樣，此人工作能力極強，是個不可多得的乾吏。朱由校接見此人之後，心中已然有所想法，勉勵幾句之後就放其回家了。
隨後一道經過司禮監、內閣、通政司三處審核無誤的聖旨就向天下公布了。內容很簡單，主要講內閣作為國家處理政務的最高機構，內閣首輔為正一品，次輔為從一品，其他閣臣為正二品。級彆略高於六部尚書，且天啟元年始由葉向高、孫承宗兩人同時組閣，任期為五年，最多連任兩屆。目前已經定下的閣臣人員還有劉一燝和周嘉謨。也就是說不到月餘時間就要到來的天啟元年，將還會誕生兩名閣臣。
原內閣首輔方從哲以年老體弱為名義，提交了辭呈，朱由校直接禦筆一揮，封其為太師，準其離休，榮歸故裡。特此聖旨中又規定了，內閣閣臣離休時相應的都會被封為三公、三孤等級彆榮譽，但是不再享有田稅方麵的優惠政策。
也就是說自方從哲開始，未來享受離休待遇的官員，都不再享受原有的稅收方麵的待遇。這道聖旨一下，滿朝皆驚，但是經過了朱由校登基以來三大案之後的大明文官集團低調了很多，不再動不動就拿死柬來道德綁架皇帝，這也為後麵朱由校開始的係列改革打下了良好的基礎。但是想要和朱由校講道理的奏章都被司禮監留中了，
聖旨中最引人注目的是，朱由校成立了一個名叫軍機處的秘書機構，看上去是取代了原先內閣的職能，軍機處的官員級彆並不高，甚至部分人還是無官之人。如果是後世來人，肯定會非常驚訝其中一些人竟然都是後世聞名遐邇的大咖。
太常寺寺卿畢自良、新任登州知府孫元化、戶部金部司郎中茅元儀、刑部郎中洪承疇、江西道奉新縣知縣宋應星、河南道洛陽知縣陳奇瑜、河南道商丘知縣孫傳庭、進士李之藻、舉人劉理順。令人意外的是名單中出現了一位非明朝人，那就是意大利耶穌會傳教士艾儒略。
論級彆畢自良最高，除他之外就是進士李之藻，兩人皆為‘60後’，茅元儀、孫傳庭、洪承疇、陳奇渝更是‘90後’可以說是軍機處歲數最小，可塑性最強的四人，其餘四人皆為妥妥的‘80後’屬於年富力強，在後世都享有一定美譽的乾吏。
第一屆軍機處可謂是將老中青三代人一網打儘。其中非官員的兩人中，李之藻名氣很大，他可是親自參與了《坤輿萬國全圖》的翻譯工作，精通西人語言，可以說是明朝不多見的翻譯家的鼻祖。此人是徐光啟的好友，也是其強烈推薦的人才之一，經過一番交談與接觸，被朱由校網羅至了軍機處，成為了第一個非官員出身的軍機大臣。
另一人舉人劉理順，是這次被帶來京師作為政委種子選手的東林書院學生，在這次南城調研時，在三百舉人中脫穎而出，此人提交的報告上，很多內容雖然是略顯稚嫩，但想法非常契合朱由校的理念。所以朱由校提拔其進入了軍機處，想以此來鍛煉此人。
最令人意外的就是西人艾儒略的入選，此舉令滿朝掀起了軒然大波，包括內閣四位閣臣在內的朝中所有大臣都紛紛上書請皇帝慎重考慮，要知道，商周以來還沒有一個西人在漢人的政權中擔任過如此重要的官職。
不過即使這麼多人的反對也沒打消朱由校的決心，這人雖是西方傳教士，但其精通文理兩科，文能替朱由校翻譯西方著作，武能指導工匠製造攻城利器。更難能可貴的是，此人帶著西直門安民廠的幾名泥瓦匠臣，攻克難關，讓水泥提早二百年出現在華夏大地上。且還是通過華人自己的雙手製造出了初版水泥，這怎麼能不讓朱由校大喜過望呢？
加上古來今往千金買馬骨的案例，這人可是朱由校的金字招牌，是吸引更多西人不遠萬裡來中華大地一展心中抱負的最佳廣告，如果不是實在沒什麼好官位適合，他都感覺軍機處過小了。
這些人可都是他心中未來替他征服世界的良臣，當然也不是說就這幾人他就滿足了，這隻是千裡之行始於足下的第一步，未來將會有更多人才會被收羅至他的周圍，為他所用，為國所用。
這封聖旨被後世人稱之為天啟新政的開始。
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