成都保衛戰的勝利，如同一道璀璨的曙光劃破了戰爭的陰霾，但這並未讓朱燮元有絲毫的懈怠與放鬆。他深知，戰鬥的結束僅僅隻是一個新征程的開始。於是，在短暫地讓疲憊不堪的大軍進行休整之後，朱燮元便迅速下達命令，派遣出三支勁旅：第一師杜文煥部、第二師秦佐明部以及第三師秦拱明部，三部統一交由經驗豐富且智勇雙全的杜文煥統領，以雷霆萬鈞之勢火速展開收複失地的行動。
這其中，由四萬守軍精心編練而成的第一師和第二師更是猶如浴火重生的鳳凰一般，早已褪去昔日的青澀與稚嫩，完成了一次華麗的蛻變。如今的他們裝備精良，士氣高昂，每個人的身上都背著足夠數日食用的乾糧，手中緊緊握著鋒利無比的兵器，腳下則踩著輕便耐用的草鞋。隻見他們步伐整齊，紀律嚴明，宛如一條鋼鐵巨龍般從成都東門有序地魚貫而出，義無反顧地向著那些逃竄的叛軍追擊而去。
除了這勇往直前的三萬精銳部隊之外，仍有三萬援川官兵堅守在成都城內，不敢有絲毫的大意。畢竟，城外尚有三萬剛剛投降的叛軍亟待處置。
儘管這些叛軍此刻已然放下了武器，而且其中的大部分人都身負輕重不一的傷勢，但他們身上所散發出的那股子精銳之氣卻依舊令人不可小覷。
因此，朱燮元不得不慎重對待此事，絕不容許任何意外情況的發生。一旦兵力過少導致叛軍降而複叛，那麼之前所有的努力都將前功儘棄，一切都可能會陷入萬劫不複之地。所以，留下這三萬援川官兵鎮守成都城就顯得尤為重要。
成都城內大部分士紳紛紛要求朱燮元將這三萬叛軍活埋，絞殺，以泄他們心頭之恨。可是，卻被朱燮元否決了。他通過羅象乾，向這投降的三萬叛軍傳達了皇帝朱由校的新政。
不管你是苗民，還是彝民，在大明新皇朱由校的眼中，通通都是他的子民。俗話說冤有頭債有主，發動叛亂的是土司奢崇明及其黨羽，而非普通的彝民。
所以，皇帝下了特旨，準許總督朱燮元不殺投降的叛軍，並將他們安置到其他省份。
聽到自己不會死，所有的叛軍士兵無不是鬆了一口氣，可又聽說要被安置到遠離家鄉的地方，三萬叛軍又開始騷動不安起來。在這個出村就是遠行的時代，被安置到離家數千公裡，那叫流放。而自古以來，四川各土司管轄的地區都是重要朝廷流放罪臣之地，那些被流放之人，十有七八都會死在路上。對此，投降的叛軍首領羅象乾懇請朱燮元從輕發落他們這些罪人。
見自己的意思被誤解，朱燮元繼續大聲的宣讀起朱由校的旨意。他說道：“皇帝陛下此時不會殺爾等，就更不會讓爾等客死他鄉。如今國朝正是用兵之時，你們也算是經曆過戰事，皇帝陛下更不會舍得殺了你們。所以，爾等有兩個選擇。其一，本都督會將爾等安置到山西省、陝西省，同時會給爾等應有的工具供你們種地所用。到了那邊，你們從此再也不是土民，而是地地道道的大明子民，因此，你們每人將獲得十畝田地，陛下還有恩旨，頭兩年免除你們的一切賦稅。其二，編入新軍，一年餉銀十八兩。當兵滿十年後，歸家分田十畝。”
三萬叛軍大驚，朝廷從來都是對叛亂之人毫不手軟的，如今不光不殺，居然還分田免稅，還有這等好事？如果不是實在活不下去，誰願意拿起刀槍與大明朝對抗啊。
經過許久的思索之後，三萬叛軍分成了兩撥，兩萬人願意參軍，一萬人願意務農。不過這時候羅象乾再次代表叛軍發聲道：“總督大人，弟兄們想知道，我等的家眷是否跟隨務農的弟兄前往其他省份？”
朱燮元點了點頭，表示肯定，雖然這點聖旨上並沒有說明，可事急從權的道理他還是懂得。隻有一家子一起落戶到一個地方，這些人才能安分守己的做一個良民。
成都這邊的局勢總算穩定了下來，後續隻需要些許時日對這些俘虜的叛軍進行消化即可。
......
重慶這邊，秦良玉接手了四萬大軍的指揮權，與圍困重慶的樊龍、張彤二人的兩萬精兵在重慶城外殺的是昏天暗地。
原本從軍的土兵是沒有什麼軍餉可言的，所以他們士氣低落，而大明本地官軍因為久疏戰陣，同樣是毫無戰力可言。使得剛開始接手大軍的秦良玉始終無法擊破兵力隻有自己一半的叛軍。
隨著沿長江而來的運輸糧餉的船隊抵達，秦良玉大手一揮，不管土兵還是官兵，一人二十兩銀子。同時，又斬殺了貪墨軍餉的參將三人，四萬明軍士氣大震，如出山的猛虎般朝著叛軍衝去，用時兩日就攻破了叛軍大營，逼得叛軍萬餘人跑回了佛圖關。
不是他們不想跑，而是他們的後路已經被四川總兵李維新、監軍副使李品仙、僉事監軍劉可訓率領的川軍八千餘人堵住了退路。
經過一番苦戰，天啟二年元月，四萬多名明軍終於攻破了佛圖關的城牆，叛軍首領樊龍、張彤以下四千餘人戰死，五千餘人投降。不待休整的明軍，沿長江快速進軍。
元月末，明軍光複了瀘州城，徹底堵住了從成都逃難而來的奢崇明父子及其三萬餘殘兵的歸路。
當二月中旬，逃難而來的奢崇明父子發現瀘州城已經被明軍攻占，已經是驚弓之鳥的父子二人二話不說，帶著大軍往西邊的敘州府逃去。
而此時的瀘州城內隻有秦良玉率領的五千酉陽土司兵駐守，其餘的數萬大軍早已經分兵多路光複其他州府去了，所以她並沒有第一時間派兵追擊奢崇明父子。
二月末，杜文煥率領著三萬川軍精銳抵達瀘州，在稍作休整，補充了糧草之後，大軍往敘州府趕去，沿途繼續光複被叛軍攻占的城池。
得到捷報的朱燮元剛想鬆口氣，沒成想，西南局勢變得更加糜爛了。
被奢崇明蠱惑的貴州水西土司同知安邦彥在天啟二年二月份起兵犯黔，隨後的數月間，與之交好的數個宣慰司、宣撫司紛紛起兵造反。
剛消滅了將近十萬叛軍的朱燮元發現，如今的叛軍兵力直達二十萬餘。兵勢更強於之前，呈越剿越多的趨勢了。
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