二月十一日淩晨，白蓮教徒，連同不堪忍受壓迫的農民百姓，齊集鄆城六家屯，一時旌旗招展，刀槍如林，呼聲震天，群情激昂。起義將士以紅巾為頭帕，手持大刀、長矛，首先發兵包圍魏家莊，又攻戰梁家樓。為減輕將士的後顧之憂，徐鴻儒把起義軍家屬安置到當年宋末農民起義的根據地水泊梁山，這裡山高水闊，易守難攻，很大程度上緩解了義軍的後顧之憂。
二月中旬，徐鴻儒揮軍進攻鄆城，知縣餘子翼聞風喪膽，倉皇逃遁。義軍迅速占領鄆城，並向巨野發起進攻，鋒芒所指，所向披靡。義軍所到之處，開倉放糧，救濟百姓，農民百姓紛紛“子報父仇，妻銜夫恨”。義軍秋毫無犯，紀律嚴明，短短幾天，便發展到五萬餘人，各地官僚地主驚恐萬狀，紛紛逃亡。
三月初，徐鴻儒派出沈智、夏仲進、張柬白、侯五、周念庵、孟先漢等將領，領叛軍三萬揮師東進，渡過運河，攻克鄒縣，署印通判鄭一傑攜家而逃。接著，義軍揮師滕縣，知縣姚之胤望風而遁，義軍聲威大振，隊伍發展到幾十萬人。值得一提的是，孟子六十代孫孟承光也帶領鄉勇協助官軍攻城，被義軍打退。義軍攻破孟府時，將孟承光及其長子孟宏略等家眷殺死，差點絕了亞聖孟子一係。
鄒、滕二縣北鄰濟寧，南接徐州，是運河漕運的重要地段，為明朝統治者經濟命脈上的要點，鄒滕二縣失守對大明王朝是個很大的威脅，義軍大有乘機占領山東整個兗州府輻射蘇豫二省之勢。
由於朝廷一直在遼東用兵，幾乎是抽調了內陸十幾個省所有的精兵強將，導致剛發生叛亂時，山東省根本一時無力剿滅這股叛軍。
封在兗州的魯王朱壽鋐和曲阜的孔氏家族嚇了個半死，他們一邊嚴令兩地官府緊閉城門，一邊又向巡撫衙門、朝廷求救。魯王朱壽鋐更是提出，想要去濟南躲避戰亂，結果自然是被山東巡撫何士晉給婉拒了。
笑話不是，你作為朱家親王，敵人剛到你就想跑路，那讓兗州的官兵和百姓如何看待朝廷？他們還會奮力守城以擊退來犯之敵？何士晉嚴令朱壽鋐死也要死在兗州城，不得踏出府城半步。無奈的魯王隻得開庫房拿出一千兩銀子來激勵兗州守軍，希望他們能抵擋住叛軍的攻城。
守軍將領也很無奈，要不是自己家眷都在城中，誰特麼的想要你這區區一千兩銀子啊，打發乞丐呢？
......
很多人不明白了，你朱由校不是早有準備嗎？怎麼還能讓叛軍隊伍擴大到了幾十萬呢？因為這次叛亂逃難到臨近諸省的難民、商賈、士紳更是數不勝數，你這不是自掘墳墓嗎？
實際上，翻開地圖，諸位就能看到，這白蓮教起義的地區正是孔孟兩位聖人照耀下的魯南地區。這裡的士紳、大地主無不是與這兩家有著千絲萬縷的聯係，太平歲月，朱由校要想對這些人動手，那是千難萬難。可現在好了，被義軍洗劫一遍，那些不義之財就成了剿滅叛軍時繳獲的戰利品。那些惡劣士紳的良田、地契同樣會成為戰利品。這些都會在戰後以皇帝恩賞的形式真正發給黎民百姓。
這事還沒完呢，不等起義軍攻占孔子老家曲阜，朱由校的新軍，以及登萊援軍是不會輕易踏足該地的。否則一個小小的景州縣，不至於需要新軍兩個師一萬六千人花費三個月去徹查白蓮教餘孽了。
當然，平叛工作還是要做的，畢竟運河山東段被截斷，也影響了漕糧運輸。為此，除了讓山東巡撫趙彥召募兵丁，彙集鄉勇，加緊訓練。同時，命‘歸家養病’的山東沂州人，大同鎮總兵楊肇基為山東省提督，集結濟南府周邊幾個州府的官兵八千人與濟南府泰安州；山東都司楊國盛、廖棟集結青州府衛所兵五千餘集結於青州府蒙陰縣，兩路兵馬隨時準備進入兗州府。
同時，江蘇省精簡過後的京軍兩萬餘在後軍都督魏國公徐弘基、前軍都督懷遠侯常胤緒等勳貴的率領下，沿運河揮師北進，進駐徐州府。防止義軍向南進入江蘇地界。
三月末，準備就緒的南京京軍進入山東地界，四月初，京軍攻下藤縣，殲敵五千餘，俘虜六萬。誅叛軍首領周念庵、孟先漢二人。
義軍南進之路被堵，於是徐鴻儒派沈智率領萬餘義軍西進濟寧州、金鄉縣等地，逼近河南地域，準備到河南再拉一支義軍起來。
被駐守二地的官兵擊敗，無奈退回巨野、鄆城二地。西南道路被堵，加上義軍中部分將領的慫恿，徐鴻儒在四月中旬領兵三十萬北上進攻兗州府、曲阜縣。幾乎可以說是傾巢而出，不給自己留退路。
義軍一路北上，沿途再次吸納了數萬百姓，使得義軍兵力達到了三十五萬之多。兗州的參將張榜，曲阜知縣孔聞禮，紛紛封死城門，據城固守待援。
攻占藤縣的江南京軍並沒有第一時間北上，而是在藤縣開始了剿匪行動，勢必要將當地的每一寸土地上的白蓮教都連根拔起。氣的困守兗州府和曲阜縣的魯王和孔家火冒三丈，又無可奈何。
守城戰持續到了六月，曲阜縣率先告破，孔府遭到了滅頂之災。全府上下連同投降義軍的家眷共計一千餘被叛軍全部處決，縣令孔聞禮以下數十名官吏全被斬首，嫡係繼承人孔胤植亦死於亂軍之中。
七月初，在兗州城堪堪將破之時，援軍終於姍姍來遲。總兵楊肇基領都司楊國盛、廖棟率魯軍三萬一日便解了兗州之圍；江南京軍攻破鄒縣，新軍一、二師，聯手奪回了巨野、鄆城二縣，三路大軍在八月份將二十餘萬叛軍包圍在了曲阜。
與此同時，為了響應徐鴻儒的起義，澤縣的康傅夫率眾起事；河南汝寧府固始縣李恩賢起義，聲援徐鴻儒，四川白蓮教徒也紛紛起義。可惜都在早有準備的朝廷手上沒有討到好處，第一時間就被官軍給鎮壓了下來。
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