七萬川軍、兩萬黔軍、兩萬滇軍，在平定奢安之亂後，內閣隻是下令拆撤掉了大部不再適合征戰的農夫，留下了十一萬精銳部隊，雖然這個舉動增加了朝廷軍費開支，他們也不是非常理解朱由校的這個舉動意圖是什麼。
為什麼在西南留下十幾萬大軍？要知道這些軍隊都是以正規軍的形式，一年需要支出二百二十萬兩軍餉，算上雜七雜八的費用，三百五十萬兩白銀的開銷是包不住的。
朱由校的意圖非常簡單，一來是為改土歸流政策保駕護航；二來也是為了防備抗拒這條政策的土司發起的另一場叛亂；三來，也是意指後世的烏思藏、青海二地。
一三七零年，大明大軍進攻甘肅，所到之處，摧枯拉朽，烏思藏各界見狀，紛紛表示投誠，明朝順理成章地繼承了烏思藏地區。
事實上，一個地區是否真正被管轄，應該遵循幾個評判標準，首先是是否駐紮軍隊，其次是是否受到直接管轄，元朝時期，烏思藏是直接被派兵打下來的，這裡的人口，戶籍，稅收，宗廟等等，都受到了元朝中央政府的嚴格掌控。
而明朝時期，既沒有向這裡派遣一兵一卒，也沒有派官員直接管理，那就更談不上稅收了，由此，與其說這裡是大明的疆土，倒更不如說這裡像是一些對大明俯首稱臣的番邦小國。
當年，太祖朱元璋認為，烏思藏地區地小民寡，而且環境很差，派遣軍隊駐守，除了徒耗民財之外，毫無意義。
一直到了永樂年間，成祖皇帝曾經想動用軍隊將烏思藏地區納入中原，但卻受到了烏思藏大寶法王的反對，駐兵之事也就不了了之。若是他們也知道，烏思藏後來會丟失，當時無論如何也不會貿然下這個決定。
在明朝相對繁榮的時期，本著薄來厚往的態度，對於烏思藏地區朝貢的團隊，都給予大量賞賜，但隨著明朝的逐步衰落，與烏思藏地區的聯係也日益減少，一五七二年，烏思藏最後一次朝貢結束，此後，烏思藏與中原再無聯係。
明朝對於烏思藏的管理疏於形式，很快就造成了烏思藏當地與明朝的離心離德，隨著明朝勢力的逐漸衰微，蒙古人再次越過甘肅地區，重新占據了青藏高原。
一五三二年，蒙古軍隊攻入青海，標誌著，青海重新進入蒙古的手中，並在隨後幾十年時間內，蒙古人多次遠征青藏高原。一五六九年，蒙古軍隊攻入烏思藏，一直到一六零三年，烏思藏的政教界徹底被蒙古控製。
自此，二百五十萬平方公裡的青藏高原，就脫離了大明的管轄，徹底地被蒙古人所吞並。
而朱由校屯兵十一萬，目的就是為了徹底的從蒙古人手中收回青藏高原，作為後世來人，他自然是不會如此輕易的放棄青藏高原。國土麵積就這麼大，他可是一點都不會放棄的。為此，他更是在平息奢安之亂前就已經派出了軍事情報局、經濟情報局的番子，進入青藏高原，去尋找親明的領主，並刺探敵情。
......
除了開始在烏思藏布局之外，海軍都督府政委、前鴻臚寺少卿熊明遇奉旨在天啟二年十二月出使琉球，因為這個時期的琉球已經被日本薩摩藩控製，這是朱由校絕對不允許的事情，彆看這個群島國隻有五千平方公裡不到的麵積，人口不過二十萬，但是它地處明日兩國之間，是控製日本出海的一個關鍵點，掐住這裡，就能遏製日本人的野心，隻要是能讓日本人不痛快的事情，朱由校都會去試著嘗試一下。
萬曆四十八年九月十九日，尚寧王去世。當時的世子尚恭隻有九歲，在三司官毛鳳朝的倡議下，群臣遂奉尚恭之父尚豐為王，隨後得到薩摩藩主島津光久認可。尚豐繼位後的頭等大事就是獲得宗主國明朝的冊封。他在天啟元年就以琉球國王世子的名義請封，但因為沒有“通國結狀”而被拒絕。
且不論其他因素如何，尚恭身為琉球世子這一事實不容置疑。儘管他年紀尚幼，尚豐更是其親父，但國家理法不可廢，國之根本豈容廢棄？又怎能聽任私人擅自立王呢？此番熊明遇奉命出使琉球，便是要調查此事的來龍去脈。而朱由校之所以做出這樣的安排，其目的正是要挑起琉球群島內部的混亂局勢，進而借此機會一舉鏟除盤踞在琉球的薩摩藩以及他們身後德川幕府的勢力。
為確保此次行動能夠順利無礙地開展，由提督顏思齊，總兵戚興國統率的東洋艦隊傾巢而出。整整三百艘大小戰艦浩浩蕩蕩地駛向大海，其所攜帶的兵員更是多達一萬餘人之眾！這般規模宏大的艦隊和雄厚的兵力配置，即便是應對一場強度較低的局部戰爭也足以應付自如、遊刃有餘。單就這二百艘主力戰艦而言，它們已然具備了在日本沿海地區橫行無忌的實力。
日本在豐臣秀吉統治時期，兵力達到了恐怖的五十萬，大小戰船將近萬餘艘，火繩槍更是裝備了三十萬支，火炮千門。明日朝鮮戰爭之後，日本兵力銳減至三十萬，戰船數量更是減少了六成。到了德川秀忠繼位之後，更是采取了閉關鎖國的政策，日本空有兩千萬人口，而海軍卻還是以小型戰船為主。彆說歐羅巴的風帆戰艦，就是明朝的中式帆船都是日本人不敢直視的存在。
趁你虛弱之時，要你命，這就是朱由校信奉的教條。他為什麼要組建三支擁有一千艘戰艦的艦隊呢？女真人雖然有沿海領土，可他根本不需要明朝組建如此龐大的艦隊，畢竟戰艦是不可能上岸的。
自然，這麼多戰艦就是為了日本與歐羅巴人準備的，經過兩年的修繕以及新造，如今的東洋艦隊煥然一新，除了艦載火炮的數量和口徑還無法與歐羅巴風帆戰艦相媲美，士兵的鬥誌，戰鬥素養是不輸任何國家的。
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