對於已經失去了逃生機會的，在澎湖群島上的九百荷蘭士兵，明朝人自然不會給他們機會。
隨著海戰的獲勝消息傳入福建省巡撫南居益耳中，四月初七，他親自乘船到金門，下令明軍渡海出擊收複澎湖。
抗倭名將俞大猷之子福建提督俞谘皋中將、守備王夢熊上校，率領兵船二百艘，總兵力一萬人至澎湖，登陸白沙島，與荷軍接戰。但兩百餘名荷蘭軍人在將領高文律的率領下，依仗堅固的工事與犀利的火炮進行頑抗，死戰不降。
依靠紅木建造的要塞炮樓堅致如鐵，福建官兵的十二磅炮射程遠遠短於對方。最終在四月十二日，明軍依靠繳獲的蓋倫船側翼主炮的幫襯下，終於攻下了這座要塞，俘虜了荷蘭官兵九十餘人，擊斃一百餘人，荷蘭將領高文律隻身逃離。
四月下旬，南居益親自督造的兩門嶄新的二十四磅重炮終於完工，並被迅速支援到了前線部隊。這兩門威力巨大的火炮宛如戰神手中的利器，讓明軍士氣大振。
隨著這兩門火炮的到來，明軍如虎添翼，立刻發動了氣勢磅礴的總攻。他們排山倒海般地衝向敵人，一路上奮勇殺敵，銳不可當。很快，明軍就成功地殺到了夷城下。然而，敵軍也並非等閒之輩，他們憑借堅固的城牆和頑強的抵抗意誌，與明軍展開了激烈的拉鋸戰。一時間，雙方陷入了僵持不下的局麵。
五月初，又有一門二十四磅炮增援而至，這無疑給明軍注入了一針強心劑。此時的明軍毫不遲疑地對夷城發起了更猛烈的圍攻。城內的荷蘭人雖然拚死抵抗，但無奈彈藥耗儘，糧草短缺，兵力也越來越少。最終，在走投無路之下，高文律率四百餘名荷蘭軍人隻得選擇出城投降。
至此，這座曾經被荷蘭侵略者占據長達三個多月之久的澎湖島，終於重新回到了大明王朝的溫暖懷抱。勝利的喜悅洋溢在每一個明軍將士的臉上，而這場來之不易的勝利，離不開南居益的英明指揮以及全體官兵的浴血奮戰。
獲勝之後，巡撫南居益不敢有絲毫懈怠，第一時間就以八百裡加急的速度向京師送去了捷報。
與此同時，南居益並未滿足於眼前的勝利，而是趁熱打鐵，果斷派出了以守備王夢熊為首的四千名精銳明軍登上了台員島。這支軍隊與從琉球火速趕來的袁承煥所率領的隊伍相互配合，共同肩負起了攻略台員島的艱巨任務，為下階段福建百姓移民台員做前期的準備工作。
七月，王夢熊率領的四千名明軍自澎湖島出發，登陸台員島南部。以袁承煥為主的琉球兩千明軍自琉球群島出發，登陸台員島北部。
一人自南向北，一人自北向南，開始了收複台員島的行動。
占領澎湖島的荷蘭人壓根就沒有時間繼續攻略台員島，使得這座大島並沒有受到任何侵略，保持著他原有的神秘麵紗。
在台島北部，袁承煥抓住了一名逃難至此的福建百姓作為向導，逢山開路遇水搭橋，朝著台島中部行去。
此時的台員島幅員遼闊，正處於非常原始的時期。島中不時的散落著古村落，這裡的原住民甚少與沿海的逃難者接觸，所以更多時候，語言不通的兩族人一言不合就直接開火。
在明軍先進的火繩槍的攻勢下，僅裝備了竹製弓箭的土著哪裡會是對手。短短數日，兩千明軍憑借著犀利的火槍接連征服了三十餘個村落，並將這些村落進行了登記造冊。
八月，這夥明軍終於在中部馬芝遴地區碰到了有建製的抵抗。在台員中部廣域的地區，散布著百餘個村落，這些古村落生活著巴布拉人與貓霧捒人、巴則海人組成的一個跨族部落，部落首領自稱為大肚番王。將部落稱之為大肚王國。
敢在天朝上國的眼皮子底下自稱國王，急於建功立業的袁承煥哪能容忍。
對於土著而言，不管你是荷蘭人還是明朝人，都是侵略者。對於侵略者，土著百姓向來是不會客氣的。於是語言不通的兩族人爆發了激烈的對抗。
明軍依仗著火器不斷射殺膽敢反抗的土著，兵器、軍力不占優勢的大肚王國，在前期遭受了巨大損失之後，果斷的采取了退入深山老林，與侵略者展開了遊擊戰。
這一下子就徹底讓初出茅廬的袁承煥頭疼不已，粗通武略的他哪見過這陣仗啊。
白日間，土著往深山老林裡一躲，明軍壓根連人毛都找不到。夜晚，當明軍休息時，土著人就從老林中出來，投毒的投毒，敲鑼打鼓騷擾明軍的騷擾明軍，各村落分工明確，搞得明軍疲憊不堪，士氣逐漸低落。
無可奈何的袁承煥隻得燒了村落，撤兵回台島北部沿海地區，派人前去台島南部和琉球尋求增援。
而抗擊侵略得勝的大肚王國僅是收複了失去的村落，並沒有跨出中部地區去追擊。於是雙方平靜的度過了兩個月時間。
十月份，在得到台島南部兩千士兵，琉球一千士兵的增援之後，袁承煥領兵五千人馬，直衝大肚王國而來。
這次他是有備而來，臨近冬季，中部山區雜草樹木乾枯易燃，他采取了這個放火燒山的缺德辦法，逼迫土著出山決戰。
這一戰法雖然缺德，但是效果明顯，被逼無奈的大肚王國在一個夜深人靜的深夜，率領著部落最後的一千餘土著士兵，夜襲明軍大營。
沒成想，正中袁承煥的下懷，失去了有利地形保護的土著士兵哪裡會是武裝到了牙齒的明軍的對手。當第二天太陽初升的時候，一千名土著兵除去幾十人趁亂逃回身上，其餘人連同大肚王國一起戰死在了明軍大營。
失去了保護的大肚王國百姓，終於在天啟五年正月，集體出山向袁承煥的明軍投降。
建國八十餘年的大肚王國覆滅。
自此，台員島土著大規模反抗明軍的暴動徹底平息。天啟五年四月，最後一個土著部落向明軍投降，自此，台員島正式並入了福建省，成為了該省的又一個府。
通過對全島少數民族登記造冊，全島共有一萬多男女老少土著，共有良田五萬畝。
很快，朱由校兌現了自己的承諾，將台員島命名為台灣府，由袁承煥出任第一任知府。
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