隨著案件的審理工作不斷推進，耶穌會更多的陰謀詭計逐漸浮出水麵。
包括使用鉛箱護送鮮魚的陰謀嚇得朱由校出了一身的汗，這條毒計不光想製造他這位皇帝死於非命的假象，同樣的，也影響到了他的後宮安危。
不敢有絲毫懈怠的朱由校心急如焚地趕忙傳旨，請來了皇家醫學院德高望重的祭酒武之望。接到旨意後的武之望深知事情緊急，片刻也不敢耽誤，迅速召集了張介賓、萬機、吳有性、李中梓。‘藥聖’李時珍的眾多兒子，戶部主事李樹初，醫者李樹本、李樹宗、李樹聲、李樹勳這些精通藥理之人也一同被邀請而來，共同為皇帝陛下以及後宮的諸位嬪妃、乳娘還有皇子公主們進行全麵而細致的會診。
經過一番緊張忙碌的診斷之後，眾多醫者終於得出了一個令人稍感寬慰的好消息：原來，那看似可怕的金屬鉛僅僅是作為一種載體存在而已，宮廷中的貴人們並未真正將鉛吞入腹中，因此中毒狀況尚不算太過嚴重。聽到這個結論，一直提心吊膽的朱由校長舒了一口氣，心中暗自慶幸道：“還好，隻要有得救便好！”然而，還沒等他完全放下心來，醫者們緊接著卻又給他潑了一盆冷水——當頭一棒般的壞消息傳來。
原來，問題出在了乳娘們身上。由於乳娘所提供的乳汁乃是四位幼小皇嗣的主要食物來源，再加上孩子們年齡實在太小，身體各項機能都尚未發育完善，對於毒素的抵抗力極為脆弱。恐怕這些小生命的身體健康會受到極大的損害，甚至可能會對他們未來的整個人生造成難以挽回的影響，也就是說這些脆弱的生命很有可能會夭折。
這個結論讓朱由校怒火中燒，為了保住這幾個子嗣，他是花費了無數的心血，服侍他們的內侍、宮女、乳娘無不是他親手精挑細選而出的。
沒想到最終還是遭了這些人的毒手。讓他更加生氣的是，這些人妄想著通過絕了他的子嗣，來推信王朱由檢為帝，這擺明著是想借自己的手徹底斷絕大明王朝正統。
朱由校沒有比這一刻更加的擁有殺心，吩咐了武之望儘力挽救皇嗣們的生命之後，他離開了後宮，來到了上書房，並屏退了所有侍者，並下旨關閉宮門，今夜他誰也不想見，特彆是可能涉案的幾位朝廷重臣。
這才有了前文朱由校徹夜未眠的查看卷宗，也才有了第二日下旨召見葉向高、徐光啟、李之藻以及艾儒略的場麵。
艾儒略雖然並非猶太人，然而他卻是不折不扣的耶穌會傳教士，更是在華的耶穌會分支的首腦，當這真憑實據擺在眼前，艾儒略縱使巧舌如簧也毫無辯駁之機，緊接著便被朱由校下令打入了陰森恐怖的詔獄之中。
而徐光啟和李之藻乃是首批皈依天主教的忠實信徒，葉向高則屬於第二批加入該教派的教徒。當三人閱畢那份詳實的供詞後，他們麵色凝重，沉默不語，繼而齊刷刷地跪倒在地，向著朱由校叩頭，隻求一死以謝罪，以此來表達內心深深的懺悔之意。
於朱由校而言，令其倍感欣慰與慶幸的是，此三人並未牽涉進這起案件當中。當然，這份幸運同樣眷顧著遠在山東的孫元化。若暫且撇開徐光啟仨師徒不談，實際上，葉向高打從一開始之所以選擇對朱由校俯首稱臣，僅僅是為了守護東林黨那至關重要的根基罷了。隨著時間的推移，他心中那顆富強大明王朝的理想終於戰勝了內心的貪婪，使得他最終與守舊的東林黨劃清了界限，徹底的站在了朱由校這一邊。所以，已經被守舊東林黨拋棄的他也屬於被清理的對象。
天啟四年十月十九日早朝，由工科都給事中宋應星與禮科都給事中陳奇瑜發起的彈劾案徹底將耶穌會打入了曆史的塵埃，隨著一樁樁一件件證據確鑿的證詞被公之於眾，那些參與了推翻朱由校，顛覆大明王朝陰謀的官紳階級這次再也沒有那麼好運，可以逃脫被審判的下場。
這次朱由校沒有再心慈手軟，他大開殺戒。隻要是參與了顛覆大明王朝統治的歐羅巴人，沒有一人能夠得以幸免，那一座座精美威嚴的教堂全部被推倒。至於涉案的明朝人，不管是官紳階級，還是皇家勳貴，通通被處以極刑。
據後世統計，天啟四年發動的倒耶穌會行動，導致了六百餘歐洲傳教士的死亡，一千多名跟隨傳教士來明朝淘金的歐洲人連帶被處決。除此之外，六萬多名明朝官紳，皇室勳貴及其家屬被牽連，同樣死於這場陰謀之中。
對於士紳，朱由校尚且還保留了理智，沒有學習老祖朱棣那般株連十族，但是，也使出了株連三族的大棒子。但是，對於涉案的皇室勳貴們，他可就沒客氣了。湖南的岷王朱禋洪家族、湖北的楚王朱華奎家族數千人通通被削爵關進了鳳陽，兩位親王直接被刺死。要知道這兩位親王可都是太祖朱元璋時期的親王，朱由校也是毫不眨眼的說殺就殺，說廢就廢。就彆提同屬主謀的新建伯王先通王守仁的後裔）、應城伯孫廷勳、興安伯徐汝孝、安鄉伯張光燦、隆平侯張國彥、陽武侯薛濂、西寧侯宋裕德等勳貴家族都被關入了鳳陽。而勳貴本人自然同樣是被賜死。
朝中大臣、前官員被處死的那就更多了，幾乎朝中所有的東林黨官員全被處以極刑或者流放五千裡等手段。
內閣閣臣老臣王象乾、吏部尚書王在晉、刑部左侍郎喬允升、右侍郎孫鼎相、大理寺右少卿惠世揚等朝中要員全部致仕。
江蘇巡撫蔡複一、安徽巡撫孫居相、翰林院庶吉士侯恪、工部主事陸之祺、陸懷玉、刑部主事應朝玉等被削職為民，永不錄用。
國子監這座大明最高學府，同樣也是重災區，將近一千多名學子受長輩牽連而被削籍、處死。大明讀書人十去其三，官場十去其四。
這場謀逆案直到天啟六年才徹底平息。至此，頑固的江南士紳階級幾乎為之一空，再也沒有人能阻止朱由校一係列的改革和稱霸天下的決心。
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