五萬明軍抵達並會師於昌都，以及青海明軍抵達孫波如也就是後世的玉樹地區。
自此，朵乾都司數十萬平方公裡土地被大明收複。
王三善並未等待青海軍的到來，便起五萬大軍朝著拉薩進軍。因為他要趕在藏巴汗反應過來之前，直接神兵天降，出現在他的麵前。
隨後的三個月時間裡，明軍遇水搭橋，逢山開路，其中的艱險自然是無法與外人道也。即便是有熟悉路況的向導在軍前引路，光行軍的路上，明軍就丟了三百餘士兵的性命，牲畜更是不計其數。
天啟十四年1634年）正月，四萬多明軍抵達了烏斯藏的工布，也就是後世的林芝地區。
月底，青海明軍兩萬騎兵終於抵達此地，六萬多明軍正式合體。這股明軍以欽差王三善為主，顧肇跡為輔，開始了明軍在藏區的征伐戰。
此時，明軍進入烏斯藏的消息才被人傳回日喀則的藏巴汗處。
隨後，明軍沿著雅魯藏布江沿岸攻下了藏巴汗的一個又一個宗城。
於四月，抵達拉薩城。此時，藏巴汗的三萬大軍已經在此集結。
養精蓄銳已久的藏巴汗大軍，對勞師遠征的明軍發動了猛烈的進攻。
令藏巴汗丹津旺布沒想到的是，明軍居然帶來了兩萬騎著蒙古馬的騎兵，加上火器犀利的明步兵根本就不是藏巴汗軍能夠抵抗的，剛一交手，藏巴汗軍便被打的潰不成軍。
藏巴汗丹津旺布被打得大敗，直接一路敗退回了日喀則。
明軍也沒有慣著他，兩萬騎軍跟著丹津旺布的屁股後麵一路追殺到了日喀則，並將日喀則團團包圍。
喪城失地的丹津旺布此時才後悔沒有積極和盟友們配合，如今敵人兵臨城下，取勝的希望已經微乎其微。隻不過他預料不到的是，作為他的盟友，白利土司頓月多爾濟自己都不知道，明軍的突然來犯，又如何談得上給他報警呢？
為了能苟延殘喘，丹津旺布向紮什倫布寺的法台崔吉堅讚等高僧求告，希望他們從中斡旋，使明軍罷兵。
崔吉堅讚本著不忍生靈塗炭的慈悲心親赴明軍大營進行調解。顧肇跡雖對崔吉堅讚極為尊重，同意講和，但提出，藏巴汗必須交出政權和軍隊，明廷可以給他保留一個莊園讓他安度晚年。至於劃疆而治之類的條件，明廷根本不予考慮。
開什麼玩笑，明軍勞師遠征，曆經千辛萬苦好不容易就要徹底鏟除你了，還會和你劃疆而治？想屁吃呢！
畢竟也是一方之雄，麵對這樣苛刻的條件，藏巴汗丹津旺布憤而再戰。雙方在日喀則城下激戰數場，藏巴汗軍仍然連連失利。沒有了強硬的本錢，藏巴汗隻得答應了顧肇跡的條件，宣布無條件投降。
天啟十四年1634年）六月末，藏巴汗丹津旺布交出都城日喀則以及茶葉、酥油、糌粑、金銀珠寶一千餘馱，在顧肇跡麵前認罪，噶瑪政權滅亡。從彭措南傑稱“第悉藏巴”到丹津旺布亡國，其國祚僅持續了兩代，十六年。
自此，烏斯藏回歸中原王朝懷抱。
八月，大明欽差大臣王三善在拉薩布達拉宮，廣場上，宣讀了大明皇帝的聖旨。
正式確立了格魯派黃教）為朝廷唯一承認的正宗藏傳佛教教派。
敕封阿旺羅桑嘉措為藏傳佛教格魯派大活佛，為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”。
敕封羅桑曲結為“班禪”。
兩人共同成為為藏區最高宗教領袖。
明朝的這一舉措，對時局的影響極其深遠。兩位活佛的確立，得到了內外蒙古部落的極度認可，使得蒙古人首次在內心中將朱由校尊稱為“天啟汗”，也更加認可了大明王朝的統治，蒙古人的忠誠度直線上升。
除此之外，明廷廢除了烏斯藏都司和朵乾都司的世俗政權，宣布在拉薩成立西藏自治領。首任總督為鎮遠侯顧肇跡，正式開啟了漢人政權統治西藏的曆史。
在占領日喀則地區之後，明軍並未停下腳步，直到天啟十六年1636年）六月，明軍占領阿裡地區，這才使得西藏二百多萬土地全部歸入了自治領的管轄之下。
隨後，明廷正式開啟了在自治領的統治。
首先，將金沙河以東的康區劃歸了四川省。兩省以金沙江為界。隨後，以唐古拉山脈為界，以北的劃歸青海，以南的歸屬西藏。最後，將原有的十三個萬戶府，變更為十三個府，並分彆任命了各級官員。
在解決了領土問題以及建設地方官府之後，自治領衙門在西藏確立了無上的威望，畢竟七萬駐軍可不是吃素的。
為了在佛教信徒心目中種下大明王朝為尊的目的，得到朱由校密信的顧肇跡開始在自治領進行了改革。
首先，自然是廢除了數千來年的農奴製度，解放了自治領的生產力，此舉一出，獲得了自治領無數農奴的熱烈歡迎，也極大的加強了中央在自治領的聲威。
其次，對土地進行了有限改革。
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此時的自治領，大約有著三百萬畝耕地。其中滅亡的藏巴汗家族占30．9％，貴族占29．6％，寺廟和上層僧侶占39．5％。
也就是說，人口僅占不到20的上層人士占據了自治領100的土地，而餘下的80均為農奴身份。
天啟十七年1637年）正月，為了明廷在自治領的統治能夠穩固，政令能夠得到有效的執行。總督顧肇跡召見了阿旺羅桑嘉措和羅桑曲結兩位活佛，並向兩人宣讀了明廷的旨意。
兩位活佛深明大義，自然無有不肯。
自治領土改正式開啟。
首先，自治領將收繳自藏巴汗家族的九十多萬畝耕地均無償分給了所有的藏民，也就是原先的農奴，並給予了三年免稅的優惠政策。
其次，按照寺廟規模大小，嚴格限製他們的廟產，廢除並收回所有上層僧侶的私產，還產於民。
最後，按照貴族家族人口的多寡，同樣嚴格限製了他們的耕地所有數量。
一番連削帶打之下，有將近二百四十萬畝耕地被自治領分配給了藏民手中。
當然，任何時期的改革都不可能一帆風順，直至天啟二十年1640年）土改結束，數萬貴族、僧侶不服王化，拒不執行中央指令，被自治領政府處以極刑。
至此，自治領徹底歸心，成為大明王朝不可分割的一部分。
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