九月初八，明艦抵達加裡曼丹島北部，蘇祿國的吉達城，在放下第67師之後，艦隊重新起航，於初九清晨抵達文萊帝國首都，文萊城外的海灣。
文萊皇帝阿都賈裡魯阿巴，自睡夢中被驚醒。範文程采取了先禮後兵的策略，派遣了幾名使者進入了文萊城。使者對阿都賈裡魯阿巴下了最後通牒，要麼舉國投向明朝，要麼拿起手中的武器試著抵抗下大明王師。
很快，兩天過後，南洋艦隊主力艦上的炮手們，迅速為大炮褪去炮衣，給大炮填充彈藥，隨後將大炮推入到了炮位，做好了炮擊文萊城的準備。
正當顏思齊下令開炮時，從文萊城中出來了一群高舉白旗的人。
九月十一日，文萊帝國皇帝阿都賈裡魯阿巴宣布投降明朝。
當天，明軍68師在文萊灣登陸，並進入了文萊城，在解除了文萊軍隊的武裝之後，範文程這才施施然緩步進入文萊首都。
三天後，也就是九月十四日，101師、102師在文萊官員的陪同下，逐步接手文萊帝國其餘城市。
十月初一，範文程代表明廷正式與文萊皇帝阿都賈裡魯阿巴簽署《大明文萊條約》。
條約內容為：一、廢除文萊帝國名號，更國名為文萊蘇丹國。阿都賈裡魯阿巴也於天啟二十一年1641年）被朱由校冊封為文萊郡王。
二、大明握有蘇丹王位繼承決定權和外交權，並規定未經大明同意，文萊不得擁有軍隊。
三、大明將派駐官員掌管文萊的一切政務。
四、文萊保留除文萊城周邊六千平方公裡土地，作為文萊蘇丹國的固有領土。除此之外的所有領土將成立由漢人管理的沙拉越和沙巴兩個府。
自此，文萊的一切內政、外交和國防大權都落入大明人手中。名義上文萊仍是一個蘇丹國，但實質上其徹底淪為了大明的殖民地。
十一月，沙拉越府和沙巴府正式成立，範文程親自奔赴兩地，並召集了當地的馬來族酋長舉行了一場閉門會議。十二月，十個菲律賓民團與數萬漢人隨著船隊抵達兩府。
天啟二十一年1641年）正月，婆羅洲三發蘇丹國、南巴瓦蘇丹國、坤甸蘇丹國遣使向範文程表示願意臣服明朝。
二月，明67、101師，102師正式出兵南加裡曼丹，三發、南巴瓦、坤甸、蘇祿以及被明國收編的文萊蘇丹軍合計六萬餘人馬隨同明軍開始在加裡曼丹島的征伐戰。
首先，以明67師為首的第一路軍，配合著蘇祿軍，部分文萊軍，合計四萬人，以67師師長黃得功為指揮使，這股明軍越過伊蘭山脈，沿著海岸線，行軍十餘日後，抵達貝勞蘇丹國。
不甘失去權利的貝勞蘇丹在都城貝勞集結了全國所有兵力，準備與來犯的明國人展開殊死搏鬥。
黃得功並不是孤軍深入，在蘇拉威西海，也就是貝勞城外海，還有一支由二十餘艘軍艦組成的輔助軍團。
這支小型艦隊擁有著三艘五百噸級戰艦，艦隻上四門三十二磅炮與十門二十四磅炮在南洋群島絕對稱得上龐然大物。
在一分艦隊司令鄭芝龍的一聲令下，二十艘軍艦上，數百門火炮瘋狂的傾瀉著炮彈。瞬間，貝勞城陷入了一片火海之中。
這座依托海港修建的土石城堡，從來沒有經曆過如此猛烈的熱兵器洗禮，一天不到的時間，靠海的那一麵城牆便消失在了眾人的目光中。
城池中，四分之一的木製建築被炮彈摧毀，軍民死傷無數。
還沒等陸軍正式發動攻城戰，城中便舉起了白旗。
二月底，六萬明軍不費吹灰之力徹底拿下了貝勞蘇丹國全境。
同月，一支由明101師為主力，融合了文萊蘇丹國投降軍隊的三萬明軍，如同一股洶湧的洪流，翻過伊蘭山脈，踏入了馬來族達雅克蘇丹國的領土。
然而，101師師長鄭維城並沒有像黃得功那樣幸運。當他率領著大軍進入這片陌生的土地時，數萬達雅克人民在蘇丹的號召下，毅然決然地與明國人展開了一場驚心動魄的叢林戰。
這些達雅克人展現出了驚人的智慧和勇氣。他們巧妙地利用了伊蘭山脈的地形優勢，無數的叢林和河流成為了他們天然的掩護。他們手持簡陋的弓弩，卻能在茂密的植被中如魚得水，與武裝到牙齒的明軍展開了一場你來我往的激烈對抗。
這些土著並不在乎一城一地的得失，他們深知在這片廣袤的山林中，有著無儘的資源等待他們去發掘。他們根本不懼怕茂密的叢林和高山峻嶺會讓他們找不到食物。相反，正因為他們的武器簡陋，山林中無數的竹林便成為了他們取之不儘、用之不竭的彈藥來源地。
儘管明軍在裝備和訓練上占據優勢，但麵對達雅克人的頑強抵抗，他們也逐漸陷入了被動。這場戰爭變得異常膠著，雙方互有勝負。
最終，即使這路明軍成功地攻占了達雅克蘇丹國的所有城鎮，但此起彼伏的襲擊卻從未停歇。達雅克人如同幽靈一般，在山林中穿梭，給明軍帶來了無儘的困擾和威脅。
消息很快傳入了範文程的耳中，作為一名毫無縛雞之力的文官，他最終選擇了不顧自身的安危，果斷的親臨達雅克城。
在詳細的詢問了鄭維城以及底下的軍官之後，範文程將自己關在了蘇丹王宮內三天。
三天後，他走出王宮，並給明軍下達了一條未來備受爭議的絕戶計。
將101師拆分成以連為單位，配合一千文萊軍，組成二十七路剿匪軍。並限期三個月時間，肅清達雅克境內所有抵抗力量。
範文程指出，這抵抗力量的意思為，但凡手中拿有木棍、鏟子、菜刀，身上服裝有異於其他土著百姓的，皆可當做敵人。
自此，明軍在加裡曼丹島開始了為期三個月，被後世稱之為達雅克大屠殺的剿匪行動。
短短三個月時間裡，原本有著五萬餘人口的達雅克蘇丹國，在這場轟轟烈烈的剿匪行動中，死亡了超過兩萬人，還有兩萬人要麼鑽入了深山老林，要麼改頭換麵逃入了其他蘇丹國成為了難民。同樣的，這場激烈的剿匪行動，給101師帶來了千餘人的傷亡，同行的文萊軍也死傷了五千左右。
這一仗，徹底讓明軍警醒過來，他們可是侵略軍，他們的友好隻能夠給予那些願意服從明國統治的百姓，而不是那些冷不丁給你來上一箭的抵抗軍。
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