再說皇太極率領八萬大軍，進入關內後，接連攻克了保安州、應州、靈丘、渾源州、蔚州、赤城、龍門所、萬全、懷安，長城沿線官兵的糧餉還能有所保證，進到關內的衛所軍，本來生存的依仗是田地，明代中後期，宗室、勳貴、官僚通過“奏討”“投獻”等方式大規模兼並軍屯土地。如嘉靖年間，順天等八府軍屯被占達40，萬曆年間大同鎮屯地“十去其五”，士兵失去土地後淪為佃農，甚至逃亡成為流民。如宣府鎮在正德年間，軍屯戶數從十二萬銳減至三萬，“田歸豪右，軍無恒產”。官府把軍屯視同民田征稅，甚至加派“遼餉”“剿餉”等苛捐。如萬曆年間，軍屯每畝賦稅從明初的零點三石增至一點二石，士兵“耕不得食，徒為地主佃作”。軍官強迫士兵私墾荒地，收獲物大部分被克扣，導致“屯卒困於誅求，往往棄屯而逃”。軍官通過“虛冒兵額”“扣克月糧”牟利。如崇禎年間，大同駐軍賬麵十萬，實際僅兩萬，軍餉被將領私分，士兵“日給米不過半升，尚不足充饑”，高級將領將士兵充作家奴、工匠，從事商業經營或勞役。如薊鎮總兵戚繼光曾奏報：“邊軍三分之一為將官私役，修宅、抬轎、貿易，無暇訓練。”正統年間，全國衛所缺額已達六成；至明末，京營“額兵十萬，實存者僅萬餘”，邊鎮“士馬半耗，器械朽鈍”。
士兵逃亡率高達七成，如萬曆年間，寧夏衛“原額軍一點七萬，存者僅三千”，逃亡者多因“饑寒交迫，不堪虐待”。
衛所軍器局生產效率低下，劣質兵器泛濫。如嘉靖年間，士兵所用刀“柄易脫落，刃多鏽鈍”，弓箭“筋膠不固，射不過三十步”。
馬匹管理混亂，邊鎮戰馬“瘦損者十之六七”，甚至出現“以羊代馬”充數的荒唐現象。
明初“衛所月操三次”的製度，至成化年間已“十年不閱”。士兵平日“耕田負薪，與農夫無異”，戰時“執械而立，兩股戰栗”。
將領疏於訓練，甚至以“科斂錢財”替代操練。如萬曆年間，薊鎮士兵“惟知納銀免操，不知武藝為何物”。
衛所軍戶被列為“賤籍”，與民戶、匠戶隔離，社會歧視嚴重。士兵“視同奴隸，婚姻不通，生計日蹙”，缺乏職業榮譽感。
軍戶子弟被迫世襲為兵，有才者不得科舉，有力者不得從商，導致“豪傑之士恥為軍伍”。
軍戶為逃避兵役，或自殘肢體，或買人頂替。如正德年間，廣東衛所“市無賴子代役，名為‘幫丁’，實則冒領糧餉”。頂替者多為地痞流氓，無作戰能力，甚至“臨陣脫逃，反劫民財”，加劇軍隊劣化。
明中期後，文官集團主導軍事決策，武將地位低下。如薊遼總督袁崇煥殺毛文龍，反映出“以文製武”對軍隊指揮的破壞。
衛所軍的調遣需經兵部、督撫、總兵多重審批，“事權分散，動輒掣肘”，無法應對突發戰事。嘉靖後，明朝將軍事重心轉向“九邊”重鎮，內地衛所被邊緣化。如南直隸衛所“兵不習戰，城不設防”。
萬曆三大征後，明朝財政枯竭，衛所軍“糧餉拖欠達三年以上”，士兵“鬻子賣妻，逃亡相繼”。
小冰期引發的饑荒加劇士兵嘩變，如崇禎元年年陝西邊軍因缺餉嘩變，成為明末農民起義的導火索之一。明中期後，募兵製逐漸取代衛所製，但衛所軍未及時裁汰，形成“兩套體係並行”的混亂局麵。募兵待遇月餉一點五兩，而衛所軍僅零點三兩，導致衛所士兵“心向募兵，厭棄衛籍”。
衛所軍未能融入火器化軍事改革，仍以冷兵器為主，麵對後金的“鐵騎+火炮”組合，戰鬥力差距懸殊。
正當皇太極在大明複地燒殺擄掠，如入無人之境，他的部下蒙古旗就收到老窩被端消息，蒙古旗的人再也無心戀戰，紛紛向皇太極提出要求回援漠東蒙古，皇太極看看這次入關已經收獲滿滿，也就同意撤兵。
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