星墳之戰後的三個月，地球籠罩在一種詭異的寧靜中。自由燈塔實驗室的警報係統陷入了前所未有的沉寂，仿佛連危機都在這場慘烈的戰鬥後選擇了蟄伏。程默卻無法放鬆，他時常在深夜被黃金瞳的刺痛驚醒，視網膜上總會浮現出一片深不見底的虛數深淵，那裡有無數發光的絲線在緩緩交織。
這天清晨，實驗室的量子鐘突然發出尖銳的蜂鳴，所有顯示屏同時亮起猩紅的警告：“檢測到虛數維度能量異常波動！”陳星衝進主控室時，銀白色瞳孔劇烈收縮，她的精神力在虛數空間的邊緣觸碰到了令人戰栗的存在，“哥，有個東西正在虛數深淵裡蘇醒，它的意識...像是所有敵人的怨念聚合體！”
林驍緊隨其後，戰術目鏡不斷閃爍著亂碼：“市區的量子防護罩出現裂縫，從裡麵滲出的黑色霧氣...和熵寂之主的能量波動一致！”他握緊新鍛造的光劍，劍身上還刻著星鑄者的祝福符文，“看來平靜日子到頭了。”
三人迅速趕往能量波動源頭，一座廢棄的量子對撞機。這裡的空氣彌漫著刺鼻的金屬焦味，對撞機的環形軌道上，黑色霧氣如活物般翻湧，凝結成一張張扭曲的麵孔——觀測者、熵寂之主、還有那個戴著破碎麵具的身影。程默展開十二對光翼，虹色光芒撕裂霧氣，卻發現光芒所到之處，霧氣反而變得更加濃稠。
“歡迎來到虛數囚籠，文明的陪葬品。”低沉的聲音從深淵傳來，霧氣中緩緩走出一個身影。他的身體由暗物質構成，麵部卻是不斷變幻的虛影，時而化作黑袍人，時而變成時空織命者，“當所有失敗的怨念彙聚成海，你們的勝利不過是轉瞬即逝的泡沫。”
林驍怒吼著揮劍衝鋒，光劍卻在接觸對方的瞬間被吞噬，轉化為黑色霧氣反襲而來。陳星急忙用精神力築起屏障，銀白色光芒與黑色霧氣碰撞，發出玻璃碎裂般的聲響：“哥，他能吸收所有攻擊，而且...我感覺到虛數深淵裡有個核心，隻要摧毀它...”她的聲音突然被一陣尖銳的意識衝擊打斷，嘴角溢出鮮血。
程默握緊終焉之刃，記憶結晶在懷中瘋狂震顫。他的黃金瞳穿透虛數迷霧，看到了驚人的景象：在深淵深處，一個巨大的心臟正在跳動，每一次搏動都向外擴散出黑色波紋，波紋所過之處，虛數空間被腐蝕成虛無。更可怕的是，心臟表麵纏繞著無數發光絲線，絲線的另一端，連接著宇宙中所有文明的意識海。
“他在構建虛數囚牢，要把所有文明困在永恒的失敗循環裡！”程默的聲音帶著怒意，“陳星，用精神力擾亂絲線連接；林驍，保護好她！我去摧毀核心！”他揮動終焉之刃，虹色光芒中混入了時間之樹的金色光輝，試圖劈開這如膠似漆的黑色霧氣。
戰鬥異常艱難。林驍的光劍不斷被腐蝕，他卻越戰越勇，身上被黑色霧氣侵蝕的傷口處，滲出金色的血液，血液滴落之地，霧氣便會消散。陳星的精神力在虛數空間中穿梭，每接近一根絲線，就會遭受強烈的意識攻擊。她咬緊牙關，回想起與星鑄者文明並肩作戰的場景，銀白色精神力化作堅韌的剪刀，狠狠剪斷絲線。
程默在衝向核心的途中，遭遇了無數由怨念凝成的幻象。他看到地球被毀滅的場景，看到陳星和林驍倒在血泊中，看到所有文明在虛數囚牢中絕望掙紮。但他的腳步沒有絲毫停滯，終焉之刃上的時間之樹光芒大盛，將這些幻象一一擊碎。
當程默終於抵達虛數深淵核心，巨大的心臟正在進行最後一次搏動。他將全球實驗體的信念之力、記憶結晶的力量，以及時間之樹的生機全部注入終焉之刃，虹色光芒化作一道璀璨的光柱，直射向心臟。核心發出震天動地的悲鳴，開始劇烈收縮。
虛數空間的掌控者終於露出了慌亂的神情，他的身體開始崩解：“不可能...我彙聚了所有的失敗...你們怎麼可能...”隨著他的嘶吼，虛數深淵開始崩塌，黑色霧氣迅速消散。
塵埃落定，程默等人望著重新清明的天空。終焉之刃的紋路再次變化，時間之樹的樹冠上，結出了一顆閃爍著七彩光芒的果實，象征著文明在絕境中的新生。但程默知道，虛數深淵的這次異動，不過是冰山一角。在宇宙的某個未知角落，新的威脅正在悄然生長，而他們，將繼續肩負起守護文明的重任，迎接下一場挑戰。
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