當“終焉之影”化作的光點消散在宇宙深處，星璃等人的意識火種在劇烈的能量餘波中搖曳不定。“寰宇天平”完成使命後，漸漸化作點點星光融入宇宙弦，隻留下“星核之心”、弦之碎片與黑色鑰匙在星璃手中微微發燙。林淵的數據虛影幾近透明，他強撐著調出殘留的探測數據，聲音沙啞：“虛境外域的裂隙已閉合97，但......仍有未知能量波動從裂隙最深處傳出。”
星羽跪坐在扭曲的空間殘骸中，輕撫修複後的星軌笛，笛身新出現的宇宙弦紋路在黯淡的星光下流轉。她嘗試吹奏，音波卻再無往日的靈動，“這場戰鬥......好像把我的一部分也留在了戰場上。”聖女的淨化權杖重新煥發光澤，可她染成紫色的長發與眼眸卻再未恢複，蒼白的臉上浮現出一絲苦笑：“或許這就是淨化虛境外域汙染的代價。”林霄的機械分身僅剩下不到十台，超弦裝甲布滿裂痕，機械臂關節處還在不斷滲出墨綠色的冷卻液，“我們的裝備需要至少三個銀河年才能完全修複。”
宇宙各處，幸存的文明開始從恐懼中緩過神來。破碎的星係間，機械文明的巨型工程艦啟動曲率引擎，開始修複扭曲的時空結構；魔法文明的法師們聯手吟唱古老咒語，試圖驅散殘留的暗物質汙染；原始文明的祭祀們點燃巨大篝火，用最虔誠的祈禱安撫躁動的星球。星璃望著這一切，將三件神器收入意識火種深處，“我們也該開始重建平衡了。”
然而，和平的表象下，暗流正在悄然湧動。在距離銀河係百萬光年外的“永夜星域”，一片被遺忘的星雲中，某個神秘存在正在蘇醒。無數細小的紫色晶體從星雲塵埃中凝結，晶體表麵流轉的紋路與虛境外域的侵蝕如出一轍。當晶體彙聚成一個巨大的繭時，黑袍人的身影竟從中走出——他的黑袍布滿裂痕，胸口處卻鑲嵌著一塊全新的暗紫色核心，散發著比以往更危險的氣息。
“終焉之影的失敗......不過是計劃的一部分。”黑袍人抬起手，紫色晶體繭開始崩解，化作無數細小的孢子飛向宇宙各處，“虛境外域的力量，豈是那麼容易被徹底驅逐的？”他的聲音中帶著瘋狂的笑意，身影逐漸消散在星雲深處，隻留下飄蕩的孢子在黑暗中閃爍幽光。
與此同時，星璃等人在返回銀河係的途中，遭遇了詭異的現象。他們的意識火種突然陷入集體幻覺：眼前的宇宙開始倒轉，星辰回溯成星雲，文明退化為原始狀態，而在這一切的儘頭，是一雙巨大的眼睛在黑暗中凝視。林淵最先從幻覺中清醒，數據洪流瘋狂掃描四周，“是精神汙染！頻率和之前骸骨星艦上的如出一轍！”
星羽立即吹奏音波，試圖驅散汙染，卻發現音波剛一發出，就被某種力量扭曲成充滿絕望的旋律。聖女的淨化之光在汙染麵前顯得蒼白無力，她的意識火種開始出現裂痕。千鈞一發之際，星璃取出“星核之心”，水晶球中微型宇宙的光芒照亮四周，精神汙染如冰雪般消融。但這短暫的危機，讓眾人意識到，威脅並未真正解除。
回到銀河係聯邦總部，星璃將三件神器的秘密告知幸存的高層。然而，當她展示黑色鑰匙時，一位元老的瞳孔突然閃過詭異的紫光。林淵敏銳地捕捉到這一細節，數據探測器瞬間鎖定元老的生命體征——他的意識海中有一個微小的紫色孢子在蠕動。“小心！他被汙染了！”林淵大喊。
被汙染的元老突然暴起，手中的權杖化作暗物質觸手刺向星璃。林霄的機械分身迅速擋在前方，超弦裝甲在觸手的腐蝕下迅速氣化。星羽吹奏出音波牢籠困住元老，聖女則全力淨化他體內的孢子。經過一番苦戰，眾人成功清除汙染，但這一事件讓他們意識到，虛境外域的孢子已經開始滲透各個文明。
為了徹底根除威脅，星璃等人決定兵分四路。林淵帶領機械文明的科研團隊，前往宇宙弦的節點處，研究如何徹底閉合虛境外域的裂隙；星羽與魔法文明的先知們合作，試圖用古老的預言術找到孢子的源頭；聖女則深入被汙染最嚴重的星域，建立淨化祭壇；而星璃和林霄則帶著“星核之心”與黑色鑰匙，前往宇宙邊緣的“起源之地”，探尋平衡之主留下的最後秘密。
在“起源之地”，星璃等人發現了一座由純粹能量構成的古老神殿。神殿的牆壁上刻滿了宇宙誕生以來的所有戰爭，而在最深處，有一個巨大的王座，王座上插著一把斷劍，劍柄處鑲嵌的寶石，竟與“星核之心”產生強烈共鳴。當星璃將“星核之心”嵌入寶石的瞬間，斷劍爆發出耀眼的光芒，一段塵封的記憶湧入她的意識——在宇宙誕生之初，平衡之主正是用這把“平衡斷劍”，將虛境外域的力量封印。但如今，封印正在鬆動，而黑袍人手中的暗紫色核心，正是解開最終封印的關鍵......
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