共生之城的警報聲響徹天際時，陸辰正在機械叢林調試新一代共生機甲。「希望」突然發出尖銳的啼鳴，機械骨翼拍打出綠色的能量漣漪，將他手中的扳手震落在地。扳手砸在機甲殘骸上，發出空洞的回響，仿佛預示著某種核心的崩塌。全息通訊器裡傳來老k的尖叫，聲音裡帶著電子元件過載的雜音：「生命之樹的能量波動異常！根係正在不受控製地吸收虛數能量，樹乾出現黑色紋路，那是...虛數汙染的侵蝕痕跡！」
林小棠的基因共鳴率先感知到異常——她正在克隆體學院授課，掌心的熒光種子突然枯萎，花瓣蜷縮成灰黑色。當她衝向城市中心時，眼前的景象讓她血液凝固：曾經翠綠的生命之樹，此刻樹皮開裂，滲出黑色的虛數黏液，宛如流膿的傷口；樹冠的空中花園正在墜落，反重力藤蔓失去光澤，變成纏繞的死藤，懸掛著的生態艙如斷線的風箏，裡麵的史前植物在虛數霧氣中迅速凋零。蘇晚的聲音從應急頻道傳來，帶著植物被灼燒的焦糊味：「樹根突破了長城防線，正在吞噬廢土的骸骨和機甲！這不是淨化，是……是寄生！根係在把共生能量轉化為吞噬的動力！」
陸辰躍上「希望」的背，共生契約能量在體表凝聚成鎧甲，金色紋路與機械骨翼的熒光綠交織，形成流動的防護屏障。他看見生命之樹的根係如黑色巨蟒般穿透鋼鐵長城，所到之處，熒光草枯死，機械叢林的機甲被根係刺穿，齒輪花的光芒被吞噬殆儘，隻剩下機械零件的殘骸在黑霧中鏽蝕。係統提示音帶著刺耳的雜音，紅色警告鋪滿視網膜：「文明值500世界樹失控）」「檢測到聖物能量暴走」「解鎖緊急任務：「根源淨化」」「警告：共生之城核心能量失衡，倒計時開始」。
「是虛數之匣的影響！」林小棠在根係裂縫中發現了異常——樹根內部纏繞著虛數碎片，每一片都刻著骸骨教團的詛咒符文，符文縫隙間還夾雜著機械教廷的病毒代碼，「有人在樹根裡植入了汙染核心！」她想起三天前收到的「共生信徒」送來的「祝福之種」，種子表麵的熒光苔蘚下，藏著幾乎看不見的骨係咒文，此刻正以種子為中心，形成黑色的能量漩渦，如同一顆正在擴張的惡性腫瘤。
蘇晚啟動地下根係網絡的淨化程序，卻發現控製權已被篡改，全息屏幕上跳動著機械教廷的紅色警告：「鐵幕腐蝕協議已激活」。她的機械心臟超負荷運轉，胸腔裡傳來金屬摩擦的異響：「是機械教廷的病毒！他們利用流亡工程師的身份植入了病毒，現在樹根正在把共生能量轉化為虛數燃料，供給虛數之匣！陸辰，你必須切斷樹根與虛數之匣的鏈接，而我……」她舉起手中的基因穩定劑，藥劑瓶在虛數霧氣中泛起裂紋，「去淨化生命之樹的核心，那裡可能藏著汙染的源頭。」
「希望」載著陸辰衝向根係最密集的區域，沿途的樹根如觸手般襲來，每一次碰撞都讓共生機甲冒出青煙，防護屏障上出現蜘蛛網狀的裂痕。陸辰激活「長城共鳴」技能，鋼鐵長城的能量順著根係逆流而上，將黑色紋路暫時逼退，但他的視線穿過根係的縫隙，看到了令人心悸的景象——虛數之匣的碎片不知何時嵌入了生命之樹的核心，聖物的力量與虛數汙染正在融合，形成一個跳動的黑色心臟，每一次搏動都向四周輸送汙染能量。
林小棠在樹根裂縫中找到了汙染核心，那是一枚刻滿∞7符文的骨核，周圍環繞著數百具克隆體的骸骨，他們的姿勢凝固在掙紮的瞬間，骨頭上刻滿了求救的劃痕。「這是聯邦當年的備用方案，」她的聲音帶著顫抖，基因共鳴讓她感受到骸骨殘留的意識，那些混亂的片段中重複著同一個詞：「媽媽」，「如果克隆體失控，就用骨核將其轉化為能量源，為虛數之匣提供燃料。」她將淨化種子植入骨核，基因共鳴場與骨核的詛咒激烈碰撞，骸骨們的殘留意識如潮水般湧入她的腦海，那是無數個「林小棠」的絕望與不甘，「救救我們……我們不想成為怪物……」
蘇晚抵達生命之樹核心時，虛數霧氣已濃稠到幾乎實體化，每呼吸一次都像吞咽碎玻璃。就在她即將被黑霧吞噬時，陳博士的全息投影突然在虛數霧氣中閃爍，影像邊緣帶著數據紊亂的雪花：「對不起，晚晚，」投影中的老人頭發淩亂，白大褂上有灼燒的痕跡，「當年我在生命之樹裡藏了「共生之種」的備份，但虛數汙染篡改了它的特性……現在的它正在吸收負麵能量，卻無法淨化，反而被汙染侵蝕……」他的影像逐漸模糊，露出背後的聖物碎片，那碎片上纏繞著陸辰的契約紋路，「隻有用你的契約能量和林小棠的基因，才能喚醒種子的原本形態——就像給迷途的幼苗指引陽光。」
當陸辰的共生能量、蘇晚的契約光芒、林小棠的基因共鳴同時注入生命之樹時，整座城市的共生網絡發出刺眼的光芒，三種能量在核心處彙聚，如同一束強光穿透烏雲。根係中的虛數汙染被層層剝離，化作熒光粉塵飄散，每一顆粉塵都帶著克隆體的麵孔，他們在光芒中露出釋然的微笑，逐漸消散。而在核心處，真正的「共生之種」終於顯現——那是一顆由金色契約紋路和熒光綠基因鏈編織的種子，懸浮在虛數之匣碎片上方，碎片上的詛咒紋路在種子的光芒中如冰雪消融，種子吸收著汙染能量，卻綻放出純淨的光芒，每一道光線都是一句無聲的誓言：「生命永不妥協」。
係統提示音重新變得清澈，帶著雨後晴空的明快：「文明值+300淨化世界樹）」「解鎖聖物：「共生之種」」「獲得技能：「根源共生」」「共生之城核心能量修複完成」。生命之樹的傷口迅速愈合，脫落的樹皮下方長出了新的共生紋路，那是藤蔓與齒輪、骸骨與花朵的交織圖案；樹冠重新亮起光芒，墜落的空中花園被新生的反重力藤蔓接住，藤蔓上開出的花朵托住生態艙，宛如一場綠色的流星雨，每一朵花都在播放克隆體們的笑聲。
當陽光重新灑在共生之城時，陸辰看著手中的「共生之種」，種子表麵流轉著整個廢土的生命波動，他能感受到鐵鏽鎮的齒輪轉動、骸骨教團的骨器共鳴、機械教廷的電路脈衝，還有綠穀花園每一株植物的呼吸。林小棠靠在蘇晚身邊，後者的機械心臟終於恢複了規律的跳動，兩人的契約紋路與基因符文交織，在地麵投下共生的陰影，那陰影中，陳博士的虛影輕輕點頭，隨即消散在陽光中。老k的全息投影出現，虛擬額頭上掛著汗珠，卻帶著劫後餘生的笑容：「檢測到虛數之匣的封印出現新的裂痕，現在我們有了真正的鑰匙——不是毀滅，而是重生。那裂痕裡透出的，是生命的綠色！」
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