八月二十二日正午，唐王朱聿鍵以監國身份宣布實施戒嚴令，南京的十三座城門儘數關閉，嚴禁人員進出，城中開始實行宵禁。
魏國公徐弘基再次被委以南京守備，全權總督京營，負責全城的防務，忻城伯趙之龍則繼續擔任京營提督一職，輔佐徐弘基共同鎮守南京。
因為馬士英叛變隻是猜想，沒有證據，便派遣兵部侍郎朱繼祚，攜監國令前往滁州督軍，劉良佐抵達之後，立即出兵揚州。
同時令鎮守廬州的靖南侯黃得功回援南京，新任操江提督黃蜚，統禦二百戰船巡防江麵，並在江麵設置攔江索。
黃蜚從守備升到都督同知、援剿水師總兵、提督關遼通津淮海江鎮水師，南昌人，本姓塗，是東江鎮總兵黃龍外甥，年少時便跟隨舅舅黃龍在遼東對抗後金軍，作戰經驗豐富。
袁崇煥擅殺毛文龍之後，黃龍任新的東江鎮總兵，崇禎六年，黃龍與後金軍在旅順口激戰中陣亡，黃龍無子，黃蜚得以承襲，遂跟母姓。
至崇禎十七年，黃蜚一路躥升，從守備升到都督同知、援剿水師總兵、一直到提督關遼通津淮海江鎮水師，駐守廟灣。
朱聿鍵就任監國之後，免去了劉孔昭操江提督的職務，南堂兵部想到這個名義上統禦五路水師的總兵，並將其調來了南京。
黃蜚手下原本有近加上家眷，近兩萬水兵，戰船百餘艘，整個長江水師戰船和兵力之後，手下兵力達到四萬多人，戰船兩百餘艘。
原本曆史上，左良玉在武昌以“清君側”的名義，率領千餘艘戰船幾十萬人，順江東下，矛頭直指南京城。
黃蜚帶領東江鎮水師骨乾，在銅陵大敗左軍水師，擊沉戰船幾百艘，斬殺四五千人，江麵被鮮血染紅，幾天不退。
但很快，揚州被清軍攻破，南京也很快失守，黃蜚便帶餘部退到太湖，堅持抗清，憑借威望被周圍義軍推舉為盟主。
接下來的時間裡，義軍在清軍的圍攻下，節節敗退，黃蜚燒毀營寨和大部分戰船，退到鬆江府。
在鬆江迎來人生中的最後一戰，在幾十萬清軍的包圍中，岸上部隊被儘數殲滅，在清軍水陸的追擊下，無數火箭向江中的戰船射擊。
艦隊被大火吞噬，黃蜚殺到勸降的親兵，全家十三口推入江中，自己則是脫去鎧甲，在座船沉沒之時，跳上清軍戰船斬殺數人。
之後想跳入江中自儘，卻被清軍鉤起俘虜，清軍將領勸降他不肯，問話也不答，被砍去左臂之後，押往了南京。
在南京時，清軍為了震懾江南抵抗義軍，迫其投降，派人前往他的老家，掘其祖墳，並殺害親族三十餘人。
黃蜚依舊不屈服，在監獄中遭遇了非人的折磨，清廷南京最高官員洪承疇親自前來勸降，洪曾算是黃蜚的頂頭上司。
黃蜚見到洪承疇之後，怒罵不止，清軍大怒，割其舌頭，又斷其右臂，他依舊不停，啞血罵賊，最後當所有人以為黃蜚會屈服或者死去之時。
黃蜚用儘最後的力氣，將嘴裡的一口鮮血狠狠吐在洪承疇臉上，最終被清軍與薛去疾、唐世榮都在水西門被處以極刑。
而如今，這一切還沒有發生，或者因為朱慈烺穿越帶給大明的改變，將來也不會發生，黃蜚扔在長江之上準備抵禦叛軍。
朱聿鍵就任監國之後，將附近的衛所全部整合為京營，又招募了一部分新兵，現在南京守軍不算水師都有六萬之多。
就算劉良佐和劉澤清合兵一處，憑借長江防線和南京高大的城牆，幾乎不可能攻破南京城，所以南堂中氣氛也不算緊張。
何新已經派人嚴密監視馬士英的府邸，同時向朱慈炯闡明現在事情的嚴重性，將其秘密轉移到皇城內的羽林右衛營舍之中。
此刻有異動的官員實在是太多，東廠的人手已經應顧不暇了，何新又不信任南堂錦衣衛指揮使馮可宗，隻能安排自己人。
二十四日，滁州終於傳來消息，江北總督馬士英協同劉良佐，稱太子在山東被流賊協助，行逆行倒施之舉，然國不可一日無君。
願效仿正統朝時，先立定王朱慈炯為帝，主持大局，以穩固江南，唐王朱聿鍵貪戀權勢，不願讓出監國之位，以武討之。
消息傳來之後，南堂眾官員勳貴竟然反應平平，沒人上前彈劾，也沒人怒斥馬士英，一切仿佛理所當然一般。
朱聿鍵急於改革，追繳怠賦，徹查官田一事，已經得罪了江南的廣大士紳，而朝中的文官勳貴又是士紳集團的代表。
史可法站出來，當堂怒斥百官，唐王監國，乃是遵從先帝遺詔，東宮鈞令，何來謀權之說？國本尚存，卻在此妄立新君，實則是謀反。
除了內閣幾人和陳子龍等人，附議者卻寥寥無幾，滿城文武勳貴竟然選擇默不作聲，不主持也不反對。
見眾官這個態度，朱聿鍵大為惱火，令京營一定要守住南京，等待靖南候的援軍到來，同時趕緊向山東傳信。
劉良佐部進軍之前，已經攻破了鳳陽城，並自封靖國大將軍，殺了唐王委任的鳳陽知府李允雲，將鳳陽城掠奪一空。
一路燒殺到了滁州，同馬士英彙合，兩部加上招募的新兵和裹挾的百姓，其兵力已經達到十萬人，在長江北岸連營一片，聲勢浩大。
當天馬士英就出麵，站在江頭之上，欲勸降黃蜚同其一起擁立新君，穩固江南，拯救萬民，黃蜚一點沒廢話，直接用大炮還擊。
馬士英差點沒被大炮擊中，狼狽逃回了大營之中，劉良佐大怒，組織士兵同江上的水師對射，因叛軍的火炮還未抵達。
一直沒占了上風，被水師船隻壓製住，但叛軍是有備而來，劉亮佐在鳳陽時就訓練了許多水鬼，準備趁夜，鑿穿明軍戰船。
卻沒想到黃蜚早有防備，乘坐小船的哨兵日夜巡邏，很快就發現了這些水鬼，於是發出警報，在船上將這些人射殺無數。
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