經過兩天的籌備，六十七師在登萊水師的協助下，從文登縣登陸，迅速向登州內部推進，展開剿匪行動。
與此同時，吳三桂也從萊州出發，徑直前往招遠和棲霞，在不到七天的短時間內，在兩路明軍前後夾擊下。
將盤踞在登州縣城的大大小小義軍勢力悉數收編或殲滅，隻剩下少數不願屈服的頑固分子逃入山林。
自此，明軍成功掌控登萊兩府，徹底平定了山東，捷報傳到濟寧後，眾官員都表現的習以為常，要是連山東都未能平定，又怎能征戰天下？
於是，命令吳三桂和六十七師撤軍，直接趕往濟寧，由於登萊兩州地廣人稀，朱慈烺決定將北直隸等地接收的難民都安置在這兩州落戶。
在這個時代，儘管無人願意遷往海邊，但朱慈烺深諳未來一旦開放海貿，沿海地區將迅速崛起，膠州以東便是未來的青島。
在這樣的形勢下，必須保留登萊巡撫一職，且須由能臣乾吏擔任，經深思熟慮，決定派遣原天津巡撫馮元颶擔任新的登萊巡撫。
原巡撫曾化龍則調任登州知府，萊州知府一職由大順降官楊玉休擔任，原青州守備將軍李士元因剿匪有功，被吳三桂納入京營。
顧麻子正式升任登萊水師提督，率領三百艘戰船和兩萬名士兵，駐紮在威海衛，成為朱慈烺目前唯一的海上力量。
如今，朱慈烺已著手準備軍改事宜，往昔明軍的編製過於臃腫，權力重疊，各部之間時常各自為政，協同能力很低。
而六十七師在登州展現出的強大戰鬥力，充分證明了其編製在當下時代的適用，所以堅定了朱慈烺全麵軍改的決心。
此外，他還計劃成立專門處理軍務的軍機處，讓內閣主要負責各地政務，而軍機處則專注於軍事戰略的最高決策。
未來的軍事戰略行動將全部由軍機處內部討論決定，不再公開議論。軍機大臣可以是內閣成員，也可以不。
初步擬定的人員包括李岩、堵胤錫和方嶽貢三，。朱慈烺原本打算讓吳三桂加入軍機處，但後來又否決了這一想法。
吳三桂可以帶兵出征，可以授予高位，但絕不能進入最高決策層，也不能給予其割據一方的機會。
根據曆史上的表現，他是一個極度利己主義者和機會主義者，隻要條件允許，他什麼事都做得出來，因此必須防範於未然。
與此同時，朱慈烺擴大了招兵計劃，命令各州府張貼公告，宣布參軍的優待條件，家屬亦可獲得相應待遇。
並指陳名夏示大明月刊撰寫文章讚揚軍隊，提升軍人的社會地，這些舉措無疑吸引更多人才加入軍，為平定天下做好準備。
在內政方麵，朱慈烺除了免除賦稅外，並未進行大規模的改革，因為這時的基礎尚不穩固，時機也未成熟。如果貿然推行攤丁入畝和一體納糧，可能會引發不必要的麻煩。
在不算水師和地方守軍的情況下，朱慈烺京營的可戰之兵大約有七萬人，他計劃按照未來軍製的“三三製”進行整編。
將三大營混編成兩個軍團和七個野戰師，每師一萬人，分為步兵團、騎兵團和炮兵團，每團三千人，師部一千人。
新編製為：大明中央第一軍團，由吳三桂擔任軍團長，下設有第一、第三和第五野戰師，而中央第二軍團則由高第擔任軍團長，下轄第二、第四和第六野戰師。
原本的六十七師由大元帥府直管，另外又將原本民夫組成輔兵營進行簡單的軍事訓練，每個師又分了三千輔兵，用於搬運物資和後勤保障。
一師長為原禁軍指揮使曹友義，他有統兵之能，當保鏢太可惜了，三師長為楊坤，原本關寧軍的副將，五師長為原神機營主將李順。
第二軍團這邊，二師長是原三千營主將郭雲龍，四師長是原奔雷營主將鄭泰，六師長為原三千營副將李牟，六十七師長依舊是劉肇基。
朱慈烺打算未來組建三個軍團十萬人，為中央軍團，替代曾經的京營，為大明軍隊的戰略機動軍團，精銳中的精銳。
為紀念曆史上威名赫赫京師三大營，第一軍團號“神機”，第二軍團號“三千”，第三軍團號“五軍”，以增加將士們的榮譽感。
同時為加強軍隊的指揮、管理、保障和協同和激勵榮譽感，開始設定軍銜製度，軍官分為三等十一階。
分彆是：“元帥、上將、中將、少將；大校、上校、中校、少校；上尉、中尉、少尉，其中元帥為榮譽銜和臨時銜。
士兵軍銜則是分為：“列兵、上等兵、下士、中士、上士和軍士長六個等級，按照入伍時間來計算軍銜。
吳三桂和高第兩個軍團長分彆被授予中將軍銜，其餘的師長根據從軍的年限和功績，被授予大校和少將軍銜不等。
唯一被授予上將軍銜的，是吳三桂他爹吳襄，因為從軍時間最久，現任講武堂榮譽校長，並沒有實權。
閻應元和張名振在軍中威望還不夠，現在都在六十七師中擔任團長，鄭森和張煌言則是講武堂學員，還未畢業。
軍改結束後，時光已悄然步入臘月中旬，眼下正值小冰河時期的尾聲，雪花已數次飄落大地，將世界裝點得銀裝素裹。
宋應星到任軍器局之後，朱慈烺賦予他的首要任務便是研發燧發火槍，並實現大規模量產，承諾給予他充足的人力與物資支持。
得益於此前對已及燧發槍製作工藝的了解，宋應星僅用七天時間便成功製造出燧發鳥銃的原型槍。
隨後，在朱慈烺的指引下，他引入並建立了水力機床等先進的生產設備，槍管內部也被拉出了膛線。
僅不到一個月，一條完整的線膛燧發槍生產線便宣告建成，在數千名工匠夜以繼日的辛勤努力下，第一批一萬把線膛燧發槍已成功裝備至第一野戰師。
這種革新性的火槍，以其無需點火的設計，迅速贏得了士兵們的青睞。
高第在親眼見證其威力後，眼紅不已，多次向朱慈烺提出請求，無論如何都能將第二批線膛燧發槍優先配備給他們第二軍團。
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