此時李自成的大順政權才剛占領大明皇城後，看著昔日強大的大明王朝竟然被自己所得，於是李自成本人不僅有些驕橫自大，於是個人欲望變得越發膨脹，再也沒法約束手下大將和士兵，於是自劉宗敏之下徹底的放縱了自己。
其軍師諸葛玄清眼見李自成如此，於是竭力苦勸：“大王，如今兵荒馬亂，百姓流離失所，關外清兵日漸強大，希望大王要以天下百姓為重，如今百廢待興，大王你怎能如此放縱。”
此時李自成再也聽不進任何忠告，於是說道：“軍師你多慮了，安內必先攘外，現在正好是與清兵和吳三桂決一死戰的時候了！”
諸葛玄清眼見李自成如此，隻得仰天長歎：“不肯聽我忠告，傾刻必亡！”於是向李自成請辭，大王，臣已老邁，懇請大王準予微臣告老還鄉！”
既然這樣，你請自便，於是諸葛玄清離開李自成雲遊天下去了，李自成望著諸葛玄清離去的背影，冷哼一聲，便召集劉宗敏等將領商議與清兵和吳三桂決戰之事。劉宗敏等人本就肆意妄為慣了，紛紛叫嚷著要大乾一場。
不久，李自成便率領大軍出征。然而，他的軍隊因之前的放縱，軍紀渙散，戰鬥力大不如前。而吳三桂聯合清兵，早已做好了充分準備。
決戰之際，大順軍剛與敵軍交鋒，便陣腳大亂。清兵鐵騎如猛虎下山，吳三桂的軍隊也配合默契，大順軍節節敗退。李自成在陣中驚惶失措，試圖穩住局麵，卻已無濟於事。
兵敗如山倒，李自成帶著殘兵敗將狼狽撤退。此時他才追悔莫及，想起諸葛玄清的忠告，可一切都已太晚。皇城內外人心惶惶，大順政權岌岌可危，一場更大的危機正悄然降臨。
此時吳三桂早已經與清兵勾結，昔日古之雄關天險山海關）竟然成為了滿清入侵中原的一道大門。
山海關外，吳三桂正和滿清四大股肱大臣索尼、蘇克薩哈、鼇拜、遏必隆等人推杯換盞，五人相談甚歡，索尼站起來說道：“吳將軍，我主順治皇帝、皇太後孝莊已經給吳將軍承諾，隻要吳將軍協助我們打敗李自成入主中原，就封將軍為鎮南王，吳三桂聽後大喜過望，說道：“一切全憑清帝聖王和四位將軍安排，吳某定當全力配合！”
此時滿清數十萬騎兵在索尼四人的帶領下如猛虎下山直撲山海關內李自成部，李自成部由於軍心渙散，麵對強大的清軍，幾乎一觸即潰，李自成看著潰敗的軍隊，心急如焚，卻又無可奈何。就在他以為大勢已去之時，天空突然烏雲密布，一道奇異的光芒閃過。原來是隱居的諸葛玄清察覺到李自成有難，施展法術召喚出了上古神獸助陣。神獸周身散發著神秘的氣息，所到之處，清軍紛紛敗退。大順軍見狀，士氣大振，重新集結起來，開始反擊。吳三桂見局勢不妙，想要撤退，卻被神獸攔住了去路。鼇拜等四大股肱大臣也被神獸的威力震懾，不敢輕舉妄動。然而，這隻是暫時的轉機。清軍很快調整了戰術，利用火器攻擊神獸。神獸雖強大，但也難以抵擋火器的連續攻擊，漸漸體力不支。李自成明白這隻是回光返照，長歎一聲，帶著殘餘部隊繼續撤退，思考著下一步的對策，而他也深知，想要挽回局麵，難如登天。
此時清兵實力強大，激戰中，劉宗敏直接對上了大清第二巴圖魯鼇拜，二人戰不及數十回合，鼇拜大喝一聲：“劉宗敏那裡逃，”勢均力敵的開山刀以雷霆萬鈞之力劈下，將劉宗敏重傷。
李自成軍隊節節敗退，山海關的另三股勢力史可法、洪承疇和祖大壽也不敵清兵，一路向中原腹地敗退，最後將三人包圍在山海關北部半島薩爾滸，絕望中洪承疇和祖大壽先後降清，隻有史可法在師兄戴繼宗、關德勝等人的保護下殺開一條血路，向南敗退，史可法帶著殘部向南狂奔，一路上饑寒交迫，傷病不斷。而清兵並未打算就此放過他們，一路緊追不舍。當他們逃至一處山穀時，突然兩側山上箭如雨下，原來是當地的土匪聽聞有軍隊路過，想趁機打劫。史可法心中叫苦不迭，前有土匪，後有清兵，他深知今日怕是凶多吉少。就在這時，山穀儘頭出現了一支神秘的軍隊，他們身著奇異服飾，手持古怪兵器，迅速衝散了土匪。原來，這是隱居在深山的神秘部族，他們一直守護著這片土地，看不慣土匪作惡。史可法向他們表明身份並求助，部族首領聽聞是抗清的英雄，決定相助。他們帶著史可法等人抄小路擺脫了清兵的追擊。史可法重整旗鼓，發誓一定要召集更多力量，繼續與清兵對抗，守護中原百姓……
此時在遼東半島漠城，一直等待時機的耿精忠、孔有德和尚可喜三人完全沒有任何抵抗，直接投降了清軍，一個封為靖南王、另外兩個分彆封為順南王和平南王，隨著時間清王朝的不斷穩定，與吳三桂一起被封為“四順王”，自此中原王朝在次落入異族統治，大明王朝統製長達三百年就此宣告結束，中原數千萬黎民百姓在次陷入更加深重的苦難中，進入中原後，滿清王朝終於露出了殘酷無情的本性，大肆屠殺，同時也激起了數千萬漢族同胞的強烈反抗，在這反抗的浪潮中，隱居多年的武林高手們也紛紛出山。他們組成義軍，與史可法的軍隊遙相呼應。其中有位神秘劍客，劍術高超，專門刺殺清軍將領，令清軍聞風喪膽。而李自成在經曆慘敗後，並未一蹶不振。他在民間秘密組織力量，訓練士兵，試圖東山再起。他深知，要想對抗清軍，必須先整頓軍紀，重新贏得百姓的支持。與此同時，南明小朝廷也在南方建立，他們雖內部矛盾重重，但在抵禦清軍這一點上達成了共識。各方勢力逐漸彙聚，形成了一股強大的反清力量。一場決定中原命運的大戰即將來臨，究竟是滿清繼續統治，還是中原百姓重獲自由，一切都在後續中！
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