自從一代梟雄吳三桂憤怒離開前往山海關後，李自成的大軍更加的瘋狂，一路燒殺搶掠，戰火過後，到處都是滿目瘡痍，黎民百姓流離失所。
吳三桂的離開，對李自成來說沒有絲毫的影響，反而令其更加的瘋狂。此時李自成的數十萬大軍密密麻麻聲勢浩大，將大明王朝皇城圍得水泄不通。眾多軍士架起各種雲梯和火炮日夜攻打！
皇城內，金鑾殿乾清宮崇禎帝心急如焚，坐立不安，麵對這樣的局麵，早已經無可奈何，此時唯一的忠心太監總管王振和黃體乾說道：“陛下！快逃吧！現在還來得及，隻要逃出皇城，我們在集合力量卷土重來！”崇禎帝眼神中滿是掙紮，他望著這熟悉的宮殿，心中五味雜陳。“朕乃大明之君，怎能棄祖宗社稷於不顧！”崇禎帝憤怒地吼道。可看著外麵愈演愈烈的戰火，他又漸漸冷靜下來。“逃，又能逃到何處？”他喃喃自語。這時，突然一道金光閃過，一個仙風道骨的老者憑空出現。老者開口道：“陛下莫急，貧道可助陛下暫時抵擋一陣。”崇禎帝先是一驚，隨後眼中燃起希望，連忙起身相迎。老者施展仙法，在皇城上空布下一層結界，李自成的炮火竟一時無法攻破。但老者也告知崇禎帝，此結界隻能撐三日，讓他儘快想辦法。崇禎帝再次陷入沉思，他知道這或許是最後的機會，必須做出一個艱難的決定，是繼續堅守等待轉機，還是趁著這三日逃出皇城另謀出路。
轟的一聲巨響皇城外圍頓時火光衝天，禁衛軍首將石遵、錦衣衛大都督彭紹珍急匆匆的奔向乾清宮大喊道：“陛下，城門失守了，李賊的大軍已經衝入皇城了，微臣已經抵擋不住了，陛下快逃吧！”
此時崇禎帝心如死灰，慌亂中拔出佩劍，大聲喝道：“誰敢逃跑，朕定將其斬首，說完一劍刺出，數名士兵血濺當場。”
然而混亂中，樹倒猢猻散，局麵早已經失控，各自都忙著逃命，場麵一片混亂！”
崇禎帝雙眼血紅，手持滴血的佩劍，對著前麵的幾位妃子說道：“如今朕也顧不上你們了，你們與其被闖賊抓住受辱，還不如朕先送你們上路，也能保住你們的清白！”
說完一劍向自己身旁的王貴妃刺去，噗嗤一聲，劍尖將王貴妃刺穿，鮮血很快染紅了錦衣，王貴妃尖叫一聲倒在地上很快身亡，看著滿地的鮮血，崇禎帝愈發瘋狂，緊接著又刺向李貴妃、楊美人、唐才人……
接著又看向一旁的太子、梁王、福州王，毫不留情的揮劍刺去，就在崇禎帝即將刺向最小的皇子時，那仙風道骨的老者再次出現，抬手擋下了他的劍。“陛下，莫要再造殺孽。貧道雖隻能護這皇城三日，但已為陛下尋得一線生機。”老者說完，手中法訣一掐，一道傳送門出現在眾人麵前。“此門可通往一神秘之地，陛下可攜皇室血脈暫避一時，待時機成熟，再圖複國大業。”崇禎帝猶豫片刻，看著滿地的鮮血和混亂的場麵，最終放下了劍。他抱起最小的皇子，帶著剩餘的皇室成員和幾位忠心的臣子踏入了傳送門。而此時，李自成的大軍已經衝進了乾清宮，隻看到一片狼藉和滿地的鮮血。李自成看著這一切，心中五味雜陳，他沒想到崇禎帝會如此決絕。但他也知道，自己的大業已經完成了一半，接下來，他要好好治理這天下。而踏入傳送門的崇禎帝，又將在神秘之地遭遇什麼，一切都是未知……
黑暗、無儘的黑暗，不知過了多久，崇禎帝一行來到一個山坳處，望著遠方雄偉壯觀的皇城，想起自己的無數先皇祖先，更想起自己的皇祖朱元璋太皇和成祖朱棣先皇，忍不住淚流滿麵，聲淚俱下的說道：“先皇，我對不起你們，我大明王朝三百年基業竟然毀在我的手裡！我不是一個稱職的君王，是我親手將大明江山毀滅，如今我有何麵目去見先皇祖宗。”
於是說道：“你們都走吧！”說完取下自己的腰帶，往前麵的一棵歪脖子樹上一掛，一代大明崇禎皇帝就此隕落，就在崇禎帝雙腳離地之時，那仙風道骨的老者又現身了。他衣袖一揮，一股無形的力量將崇禎帝托了下來。“陛下，莫要如此消沉。這神秘之地暗藏諸多機緣，或許能讓皇室重興。”
崇禎帝愣住，眼中重新燃起一絲希望。此時，周圍出現了一群身著奇異服飾之人，他們打量著崇禎帝一行，充滿警惕。原來這神秘之地有自己的勢力劃分，且各方爭鬥不斷。老者告訴崇禎帝，隻有在這紛爭中站穩腳跟，獲得資源和力量，才有可能重回中原。
崇禎帝咬了咬牙，決定放下過去的悲傷，帶領眾人在這神秘之地開啟新的征程。他們一邊躲避其他勢力的侵擾，一邊學習這裡的治國之法。而遠在中原，李自成雖占領了皇城，但也麵臨著各方壓力，天下局勢依舊動蕩不安，崇禎帝能否在這神秘之地崛起，重新奪回大明江山……
此時，各方勢力依然爭鬥不息，山海關外，大清依舊猛烈攻打。
麵對混亂的局麵，李自成看著偌大的皇城空無一人，也不僅仰天長歎：“昔日的繁華早已不複存在！”隻得下令，停止前進，不得擾民，並下旨道：“無論誰尋到崇禎帝遺體，不得私自處理，必須按照帝王規格厚葬！”
此時張獻忠在謀士、軍師龐智能、法繼祖的建議下早已經率領部眾撤出了大明皇城，返回了成都西京，崇禎帝在神秘之地努力發展勢力，他憑借著自身的帝王之氣和領導才能，逐漸聚攏了一批當地的小勢力。他們開始在這片土地上建立自己的據點，開墾農田，訓練士兵。而在中原，李自成雖然下了禁令，但他的軍隊中仍有部分人不聽號令，繼續在民間掠奪，這引起了百姓的不滿。同時，吳三桂得知崇禎帝生死未卜後，決定先觀望局勢，並未立刻投靠清朝。大清也因為內部權力鬥爭，攻打山海關的步伐有所放緩。張獻忠在成都西京休養生息，積蓄力量，企圖等待時機再次擴張。就在崇禎帝的勢力稍有起色時，神秘之地的一個強大勢力察覺到了他們的存在，派出使者要求崇禎帝他們歸順。崇禎帝自然不肯屈服，一場大戰一觸即發……
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