山海關一破大明再也沒有了任何天險屏障可守，此時的大清王朝已經全麵進入中原，並且無人能擋。
早在皇太極的時期，大明萬曆年間的一場決定大明王朝興衰的——薩爾滸之戰，那一戰大明王朝損失慘重，三十多萬精銳幾乎損失殆儘，自那一戰後皇太極就給自己的大清繼承人頒布了一項禁令：“子孫後代入主中原之後就執行一項大清全民禁令，即男子必須剃發，若有不從者就大肆屠殺，為了使這一項罰令永遠執行下去，並另外附加了一條死命令——留頭不留發，留發不留頭！”清軍所到之處，這剃發令便如陰雲般籠罩。百姓們祖祖輩輩受“身體發膚，受之父母”觀念影響，對剃發一事極為抗拒。一時間，各地反抗之聲此起彼伏。
在江南某座小城，一群百姓聚集起來，推舉出一位德高望重的老者為首，準備與清軍抗爭到底。他們手持簡陋的武器，眼神中滿是決絕。清軍得知消息後，迅速派來一隊人馬。雙方對峙之時，突然，天空中一道奇異的光芒閃過，緊接著一個巨大的旋渦出現在小城上空。從漩渦中竟湧出一群神秘的生物，它們長相怪異，散發著強大的氣息。這些生物一出現便對清軍和百姓展開攻擊，小城瞬間陷入混亂。清軍和百姓不得不暫時放下矛盾，共同對抗這未知的威脅。而這神秘漩渦的背後，似乎隱藏著一個更大的秘密，它又將如何影響大清入主中原後的局勢，無人知曉……
然而麵對著強大無匹的清王朝，手無寸鐵的黎民百姓無異於是螳臂當車，一時間數十萬黎民百姓無故遭到殘酷鎮壓，並大量屠殺了我中原漢族同胞，這血腥殘無人道的屠殺激起了更多的人反抗，為了自己的漢族血統和地位，無數的同胞先烈流血犧牲，但仍然有無數的先烈同胞們前赴後繼……就在雙方與神秘生物打得難解難分時，一位白發老者從人群中站出。他周身散發著柔和卻又不容小覷的光芒，口中念念有詞。隻見神秘生物的攻勢竟漸漸被遏製，老者雙手一揮，一道巨大的屏障將眾人護住。
清軍將領驚疑不定，對著老者喊道：“你是何人？為何會有如此神通？”老者微微一笑，“我乃隱居於此的修道之人，見此亂象，不忍蒼生受苦。”
此時，神秘漩渦中突然傳出一陣詭異的笑聲，一個更加高大、氣息恐怖的生物緩緩走出。它掃了一眼眾人，冷笑道：“你們以為能擋住我嗎？”
老者神色一凜，對清軍和百姓說道：“如今大敵當前，唯有攜手，方能度過此劫。”眾人聞言，紛紛點頭。於是清軍和百姓重新整軍，與老者一起，向那恐怖生物發起了衝鋒。一場更為激烈的戰鬥就此展開，小城的命運，乃至大清入主中原的局勢，都將因這場戰鬥而發生巨大的改變……
此時的民族英雄史可法和其師兄戴盛宗和關德勝向中原全體漢族同胞發出了一道檄文：茲告天下所有的漢族同胞，我們決不向滿清賊子屈服，同時以我史可法、戴盛宗和關德勝為榜樣，我們決不剃發，頭可斷、血可流，我們決不可少一根頭發，這一檄文頒布後，猶如一記強心針，使得無數的漢族同胞反抗滿清殘酷統治達到了巔峰。
此時的民間組織由白蓮教牽頭，江湖上各路隱世門派和隱藏的江湖異人紛紛出山，分化成為了兩股強大的反清勢力洪門天地會和哥老會，這兩大反清勢力迅速發展壯大，他們一邊與神秘生物作戰，一邊對抗清軍。洪門天地會以“反清複明”為口號，行事風格較為激進，擅長奇襲和遊擊戰術。哥老會則更注重組織內部團結，其成員多為江湖豪傑，武藝高強，正麵作戰能力極強。
清軍原本打算鎮壓民間反抗，卻被神秘生物和反清勢力兩麵夾擊，陷入困境。而神秘生物的背後似乎有一股神秘力量在操控，他們源源不斷地從漩渦中湧出，讓小城的局勢愈發危急。
史可法等人得知小城情況後，決定親自前往支援。他們帶著一批忠義之士，日夜兼程趕到小城。此時，白發老者正與那高大恐怖生物打得難解難分。史可法等人加入戰鬥，與清軍、百姓、反清勢力一起，形成一股強大的合力。一場決定小城命運，甚至影響大清入主中原局勢的最終決戰，即將爆發。
此時的中原大地早已經亂成了一鍋粥，各方勢力魚龍混雜，血影聖教等邪惡組織再暗中操控。
此時的滿清王朝在大清第一女強人孝莊和順治皇帝、四大輔政名臣索尼、蘇克薩哈、鼇拜、遏必隆等人的治理下固若金湯，此時的索尼和鼇拜、遏必隆提出應該用漢族治理漢族的策略方能一舉取勝，最終孝莊太後和順治皇帝同意了此政策。
於是分彆派出漢臣鎮南王吳三桂、平南王尚可喜、順南王孔有德、靖南王耿精忠和忠義王洪承疇、孝義王祖大壽分彆帶領二十五萬精兵前往中原平叛，並且還密秘派出了蒙古準噶爾部神秘的漢血鐵騎輔助他們，這幾支大軍浩浩蕩蕩向小城進發。而小城這邊，決戰已然打響。史可法等人與白發老者配合，暫時壓製住了高大恐怖生物。但神秘生物源源不斷，眾人漸漸有些力不從心。就在此時，血影聖教暗中出手，他們派出教徒混入人群，製造混亂，企圖瓦解反抗力量。
就在局勢愈發危急時，洪門天地會和哥老會想出一計。他們利用遊擊戰術，分散神秘生物的注意力，讓史可法等人得以集中力量對付高大恐怖生物。而清軍在漢臣將領的帶領下，也改變策略，與民間反抗勢力形成一定的配合。
當吳三桂等人的大軍趕到時，看到的是一場慘烈卻仍在堅持的戰鬥。他們心中也有些許觸動，不知這場戰鬥最終會走向何方，又是否真能如孝莊太後和順治皇帝所願，一舉平定中原之亂。
混戰還在繼續，突然一道耀眼的金光出現，整個中原大地劇烈搖晃，神秘生物突然憑空消失了……
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