孝莊和四大輔政大臣全力幫助和鞏固了大清王朝的基業，可以說沒有孝莊就沒有大清王朝的繁榮和穩定。
對外有四順漢族王和兩大忠孝王，對內有蒙古貴族之後的準噶爾丹部，此時的準噶爾丹神秘的漢血鐵騎成員許多人都已經成為了大清王朝的皇宮內衛，並忠心耿耿的守護著大清皇宮的安全，然而，平靜之下暗流湧動。一日，孝莊接到密報，準噶爾丹部似有異動，部分漢血鐵騎成員竟與準噶爾丹暗中聯係。孝莊眉頭緊鎖，她深知準噶爾丹若有反心，大清將麵臨巨大危機。四大輔政大臣聽聞此事，立刻進宮商議對策。有人主張直接出兵剿滅準噶爾丹部，以絕後患；有人則認為應先查明真相，避免打草驚蛇。孝莊權衡再三，決定先派心腹暗中調查那些與準噶爾丹有聯係的漢血鐵騎成員。與此同時，她也加強了皇宮的守衛，以防不測。而在準噶爾丹部，首領正與幾個親信密謀，企圖利用漢血鐵騎在皇宮的便利，裡應外合，奪取大清江山。一場風暴，正悄然逼近大清王朝。
此時的中原大地還是混亂不堪，索尼首先提出要先平定中原各路叛亂和反清複明的十大江湖門派……
華夏古都渝城忠州，出了一位身經百戰的女英雄秦良玉，其丈夫和兄弟姐妹個個武藝高強，秦良玉更是文武全才，雖然為女流之輩，但其熟讀各種兵書戰策，成為了皇太極時期入主中原的一位勁敵，秦良玉多次率領本家兄弟和丈夫馬千乘痛擊清兵。
此時後方的大西政權就成為了清兵入關的心頭大患，雄才大略的張獻忠在其兩位軍師的建議下，將秦良玉封為定國將軍，同時張獻忠也知道古都渝城為大西政權的天然屏障和重要門戶，張獻忠深知秦良玉的能力，欲讓她全力守住渝城。秦良玉領命後，迅速整軍備戰，加固城防。而此時，大清這邊孝莊的心腹調查有了進展，發現那些漢血鐵騎成員雖與準噶爾丹有聯係，但大多是被脅迫。孝莊決定先穩住準噶爾丹，暗中解救被脅迫的鐵騎成員。與此同時，清兵在皇太極的指揮下，計劃先繞過渝城，直搗大西政權後方，分散其兵力。消息傳到秦良玉耳中，她當機立斷，留下部分人馬守城，自己親率精銳部隊去截斷清兵後路。一場大戰即將在大西政權邊境展開，秦良玉能否憑借她的智慧和勇氣阻擋清兵的攻勢，孝莊又能否化解準噶爾丹的危機，大清與大西政權的命運，都將在這一場場交鋒中逐漸明朗——
公元1646年，清廷派肅親王豪格率十萬清軍入川，與大西軍展開決戰。豪格采用分兵合擊戰術，並聯合明軍及地方武裝多路進攻。大西軍在成都被圍困後撤至陝西，清軍突破防線後，張獻忠率主力退守西充鳳凰山。在這一場大戰中，張獻忠的兩個天才兒子張守城和張世誠先後戰死，隻留下了一個癡傻的小兒子，此兒子天生智力低下，背地裡被當地百姓送外號為——“張大傻”
爾後，清軍突襲鳳凰山營地。張獻忠因天起大霧，並誤報軍情未設防，被清軍神射手雅布蘭射中左胸，中箭墜馬身亡。大西軍潰散，清軍追擊破130餘營，徹底擊潰大西主力。張獻忠死後，眾將隻得立癡傻的“張大傻”為帝，然而大西政權自張獻忠死後，再也沒有了任何作為，基本上土崩瓦解。
此時，張獻忠部將孫可望、李定國等率餘部南撤至川滇黔交界處大山，繼續抗擊清兵。
這時鼇拜主動提出，說道：“啟稟我主順治爺、孝莊太後，微臣願帶本部騎兵前往雲貴川交界處剿滅孫可望和李定國，孝莊微微點頭，“鼇拜，此事就交由你去辦，但需謹慎行事，孫、李二人皆有勇有謀，不可輕敵。”鼇拜領命而去，帶著精銳騎兵直奔川滇黔交界處。與此同時，秦良玉聽聞大西政權變故，心中憂慮，深知清軍下一個目標或許就是自己。她一麵加強渝城防禦，一麵派人聯絡周邊抗清勢力，準備聯合抵禦清軍。而在川滇黔交界處的大山裡，孫可望和李定國並未因大西政權的瓦解而氣餒，他們收攏殘部，訓練士卒，打算憑借地形之利與清軍周旋。鼇拜的騎兵很快抵達，雙方初次交鋒，清軍便陷入山林間的埋伏，損失了不少人馬。鼇拜大怒，重新調整戰術，開始步步為營，慢慢壓縮大西軍餘部的活動空間。一場更為激烈的較量，在這大山之中悄然拉開帷幕，各方勢力的命運，也將在這場戰鬥中發生新的變化……
麵對著敵暗我明，鼇拜還是有些輕敵，加之原始森林經常大霧彌漫，又有各種毒瘴猛獸，許多騎兵不熟悉山地戰，加上水土不服，一下子鼇拜的騎兵病亡了數萬人。不得已，鼇拜隻好飛鴿傳書請求中原的兩大忠孝王洪承疇和祖大壽前往支援。
二人到後，鼇拜調整戰術，命令洪承疇和祖大壽前往原始森林攻擊孫可望和李定國老巢，自己則帶領本部騎兵前往渝城忠州攻擊秦良玉的根據地。
在鼇拜瘋狂的進攻下，留守根據地的丈夫馬千乘重傷身亡，秦良玉的四位本家兄弟秦良材、秦本淵、秦良霸和秦政策先後陣亡，秦良玉聞此噩耗，大叫一聲：“大哥，夫君！”一頭從馬上栽了下來。沒過幾天，一代巾幗女英雄不幸病逝，秦良玉的死讓抗清勢力士氣大減，但也激起了更多人對清廷的憤恨。孫可望和李定國得知消息後，決定改變策略，不再一味防守，而是主動出擊。他們趁著鼇拜分兵攻打渝城，後方兵力空虛，率精銳突襲鼇拜大營。鼇拜猝不及防，營中頓時大亂。與此同時，周邊一些原本觀望的抗清小勢力，也紛紛加入到這場戰鬥中，一時間，清軍陷入了四麵楚歌的境地。洪承疇和祖大壽在原始森林中也遭遇了頑強抵抗，大西軍餘部利用熟悉地形的優勢，不斷騷擾他們。孝莊收到戰報後，心急如焚，再次召集三大輔政大臣商議對策。有人提議召回鼇拜，重新部署兵力；有人則主張增派援軍，一舉殲滅抗清勢力。孝莊陷入了沉思，大清王朝的這場危機，究竟該如何化解，一切都還是未知數。
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