正當滿清王朝沉浸在入主北京皇城的巨大喜悅中時，中原大地卻傳來了一個令大清王朝震動的消息——
鎮南王吳三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠三人相繼聯合舉起了反清大旗，一時朝野震動，大清內部人心惶惶，連康熙和孝莊也亂了陣腳。
由於三人都是雄霸一方的亂世梟雄，各自擁兵二十萬加在一起達到了驚人的六十萬，三人攻城略地，很快就占領了中原的大片土地和戰略要道，一時聲勢浩大直逼滿清皇城而來，直接威脅到了滿清王朝的統治。
同時中原的反清勢力哥老會和洪門天地會也立即響應了起來，就連遠在寶島的鄭之龍也派出了水師和幾萬精兵協助三人，一時間，滿清王朝仿若置身於驚濤駭浪之中。康熙緊急召集朝中大臣商議對策，朝堂之上吵成一團，有人主張求和，有人堅持一戰。孝莊太後雖表麵鎮定，內心卻也焦急萬分。就在這危急時刻，一位神秘道士求見康熙。道士自稱來自深山，算出此乃滿清一劫，但也有化解之法。康熙病急亂投醫，忙問對策。道士稱，需尋得上古神器軒轅劍，以其神力方可退敵。康熙立刻派出親信高手四處尋找軒轅劍。與此同時，吳三桂等人的聯軍繼續推進，沿途百姓苦不堪言。而在尋找軒轅劍的途中，高手們遭遇了重重困難，不僅有自然險阻，更有神秘勢力的阻攔。但為了滿清的存亡，他們隻能咬牙堅持，一場關乎王朝命運的冒險就此展開……
此時的康熙帝正好十五歲，還有三年就達到了正式親政的年齡，少年有為，壯誌滿酬的康熙帝正好大展拳腳，在朝中樹立起強大的威信——於是下了一道聖旨：“表示自己要帶著朝中的所有漢臣力量，親率四十萬精兵禦駕親征，臨行之前將朝中所有事務都交給四大輔政大臣。
此時的孝莊太後由於身體感染風寒正在慈寧宮休養，驚聞自己的孫兒康熙要禦駕親征，嚇得麵如土色，顧不上身體不適火急火燎的向紫禁城金鑾殿趕來，隔著老遠就大喊道：“孫兒！住手！不可魯莽，快停下！”
康熙看著跑得上氣不接下氣的祖母，急忙走下龍椅關心的說道：“祖母！你怎麼來了，孫兒都還沒有向你請安啊！”
“我再不來，咱們大清王朝就會陷入萬劫不複！毀於你之手啊！”
“此時的康熙滿臉不服，祖母有這麼嚴重嗎？”
孝莊太後痛心疾首的說道：“孫兒你不能離開皇城，在說你就放心把整個王朝的命運交給四個老狐狸嗎？今非昔比，索尼已經老邁，難堪重任，鼇拜野心勃勃，其他兩人也不可靠！”
康熙大聲說道：“祖母我禦駕親征，派出漢臣鎮壓吳三桂等三人，這就叫以夷製夷，有何不可！”
“孫兒啊！你還是太年輕了，中原漢族有著幾千年曆史文明，擁有四萬萬各族同胞，而我們滿族還不到十分之一，萬一他們打敗了吳三桂等人在擁兵自重，然後在出現第二個吳三桂、第二個耿精忠和尚可喜你怎麼辦！”祖母還沒有成為你大清王妃之前在我的家鄉科爾沁大草原生活，對中原漢族有著深刻的了解！
“為今之計隻能相互派出漢族將領和我們滿族將領共同圍剿吳三桂三人方能徹底剿滅，這樣一來他們之間也能相互製衡，更加賣力的為我大清王朝所用……”康熙聽了祖母的話，陷入沉思，片刻後，他拱手道：“祖母所言極是，孫兒考慮欠妥了。”孝莊太後欣慰地點點頭，道：“這就對了，咱們滿族根基尚淺，不可輕易冒險。”
隨後，康熙按照孝莊太後的建議，迅速調整戰略，安排滿族將領與漢族將領聯合出兵圍剿吳三桂等人。同時，尋找軒轅劍的隊伍也傳來消息，他們曆經艱難，終於找到了軒轅劍的大致線索，據說在一處神秘山穀中。
康熙得知後，秘密派遣一支精銳小隊前往山穀尋找軒轅劍。而吳三桂等人的聯軍，在推進過程中也遇到了一些問題，內部開始出現分歧。尚可喜和耿精忠對吳三桂的獨斷專行漸生不滿，三人之間的矛盾逐漸顯露。一場圍繞著滿清命運、軒轅劍以及各方勢力博弈的大戲，正朝著未知的方向發展。
同時康熙帝也明白，尋找傳說中的“軒轅劍”也許是一個遙不可及的機緣，亦或是一個巨大的陰謀陷阱，於是果斷下旨：“轍回尋找內衛，停止無謂的尋找！”當下最重要的是立即出兵圍剿吳三桂等人——
導致吳三桂、耿精忠和尚可喜三人反清的原因就是索尼和明珠大力要求康熙帝的撤藩政策，於是康熙帝立即給吳三桂、耿精忠和尚可喜三人下了一道轍藩聖旨，三人表麵上答應撤藩，暗地裡卻以此為借口進行了反抗——“這就是著名的三藩之亂！”都說導致吳三桂等人反清的原因就是撤藩政策，其實不然——
康熙帝采納了祖母孝莊太後的建議，分彆任用多羅順承郡王勒爾錦為主帥，隨即被任命為寧南大將軍統領清軍主力駐守荊州，負責湖南主戰場作戰。
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都統覺羅朱滿：作為勒爾錦的副將參與湖南戰役，負責具體戰術執行。
安親王嶽樂：率軍從江西進攻長沙，切斷吳三桂與耿精忠的聯係。
圖海、趙良棟：負責西北戰場，平定尚可喜、王輔臣叛亂後南下夾擊吳軍。
周培公、李光第、張英等漢臣為參將，此時的輔臣鼇拜最為高興，因為他早就料到康熙不會在派他出征，同時這也是鼇拜想要的結果，鼇拜早就希望吳三桂等人鬨得越大就越對自己有幫助，最後在由自己收拾殘局逼迫康熙退位。
然而令鼇拜沒有想到的是，經過三年多的圍剿，最終將三藩之亂的罪魁禍首吳三桂、耿精忠和尚可喜等人徹底剿滅，三藩之亂平定，康熙龍顏大悅，在朝堂上大賞功臣。但鼇拜卻心中不滿，覺得自己的計劃落空。他表麵上對康熙的決策表示稱讚，暗地裡卻勾結部分官員，妄圖在朝堂上製造混亂，削弱康熙的權威。
一日早朝，鼇拜突然發難，彈劾幾位在平亂中立下大功的漢臣，稱他們擁兵自重，有謀反之心。朝堂之上頓時議論紛紛，康熙心中明白這是鼇拜的陰謀，但他不動聲色，讓大臣們發表意見。
就在局勢僵持之時，孝莊太後突然駕到。她嚴厲斥責鼇拜，稱他不顧國家剛剛安定，蓄意挑起事端。鼇拜雖心中不服，但也不敢公然違抗孝莊太後。
康熙借此機會，果斷下令徹查鼇拜的黨羽，將其勢力逐步瓦解。經過一番整頓，朝堂終於恢複了往日的平靜，康熙的統治也更加穩固。而那神秘的軒轅劍，也漸漸被人們遺忘在曆史的長河中。
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