攻克對馬島後，藍玉並未忘記自己對士兵的承諾，開始縱容士兵，在島內燒殺搶掠——
由於對馬島下島投降得比較早，所以藍玉隻讓士兵在島內搶掠了一天，在此過程中，他還儘量約束士兵軍紀，避免發生過渡屠殺的行為。
不過在對馬島上島，那就是另外一番情形了。島上的兩萬多名日本人，無論男女老幼，幾乎全部被明軍殺死，雞犬不留。
至此，對馬島戰事結束。
由於郭洺事先交代，打下對馬島後，不再繼續向日本出兵，數日後，藍玉決定帶兵返回高麗。
臨行之前，他特地找來早田氏，吩咐對方道：
“早田，本帥決定在對馬島留下兩萬兵馬，鎮守此處，我們漢人與你們日本人語言不通，你這老小子，就留下來為這兩萬將士做事吧。糧草不夠吃了，你去給他們想辦法籌集。有誰想女人了，你也去給他們找來。”
“至於你的家眷，本帥準備作為人質，將他們帶回高麗，你放心，隻要你肯專心為我們大明賣命，本帥肯定不會虧待你的家人。不過反過來，你要是敢生出什麼異心，本帥保證，讓你全家人頭落地！”
眼下十萬明軍盤踞在對馬島周邊，早田氏聞聽此言，哪裡敢說什麼彆的話，隻能邊鞠躬邊道：
“能做大明的忠犬，乃是鄙人的榮幸，藍元帥放心，鄙人知道該怎麼做。”
“嗯，很好，很好，在這些東瀛鬼子裡，你也算是最識抬舉的一個了，好好乾！”
藍玉心滿意足地點了點頭。
…
洪武二年二月，明軍征伐對馬島之戰，取得全麵勝利。
日本方麵聞知此事，無論是北朝的幕府將軍，還是南朝的懷良親王，全都大吃一驚，接著便是深深的恐懼。
明軍幾天之內就攻破對了馬島，接下來，他們會不會繼續朝日本本土發起進攻？
好在藍玉率領大軍撤離對馬島的消息，沒過多久就傳到了日本本土四島，南北朝雙方聞訊，這才鬆了口氣，開始繼續摩拳擦掌，進行內戰。
這期間，北朝方麵，幕府將軍足利義詮，曾試探性地派出數千兵馬，乘坐戰船，向對馬島方麵發動進攻，想要收回對馬島的控製權。
結果這數千兵馬，僅僅一天時間，就被明軍擊敗，折損過半。
這之後，足利義詮再也不敢出兵了，反而開始派出幾批使者，攜帶糧食和美酒，打算與對馬島上的明軍改善關係。
南朝方麵得知此事，擔心北朝將來會聯合明軍進攻自己，也立刻向明朝派出了自己的使團——
相比於北朝，南朝由於最近幾年戰事不利、國力日衰，更希望得到外援，因此對出使明朝之事，格外重視。
主持南朝國政的懷良親王，在征得醍醐天皇的許可後，派出一支五百人規模的使團，攜帶大量禮品，如倭刀、倭扇、漆器、水晶、瑪瑙、白銀等物，繞過對馬島，直接向明朝的蘇浙沿海航行，準備到應天府拜見大明皇帝郭洺。
半個月後，這支使團船隊，抵達浙江沿海，差點被附近巡邏的明軍水師當成倭寇，用大炮給擊沉。
後來得知這幫人原來是來朝拜大明天子的，明軍水師才允許他們上岸登陸。
不過日本倭寇狡詐殘忍，在中原這邊算是出了名的，所以哪怕這五百多日本人是使團使者，明軍的水師官兵們，依舊對他們不夠放心。
於是派出五千多人，以“護送”的名義，將他們一路帶到應天府金陵城。