朱樉見狀，召副將周武商議：“灣內水淺，炮船無用，你有何良策？”
周武指著灣內的淺灘：“殿下，可派士兵乘小艇登陸，繞至工事後方，用火攻燒毀他們的糧草。”
朱樉點頭，令周武率三千士兵乘小艇出發，自己則率船隊在灣內佯攻，吸引拉普拉普的注意力。
周武的小艇隊順著淺灘悄悄靠近岸邊，土著人果然專注於抵禦灣內的明軍，未察覺後方的偷襲。
明軍士兵登陸後，迅速摸到拉普拉普的糧倉，點燃火把扔了進去。
火光衝天時，拉普拉普才驚覺上當，急令兩千部眾回援，卻被周武的士兵攔住。
朱樉見後方起火，立即令船隊靠岸，士兵們架起雲梯攻向防禦工事。
拉普拉普的部眾腹背受敵，軍心大亂。
朱樉親自率軍衝鋒，手中佩刀劈下，將一名土著首領斬於陣前。
拉普拉普見明軍勢不可擋，帶著殘部逃往呂宋島北部的碧瑤山區。
拿下馬尼拉灣後，朱樉並未追擊拉普拉普，而是先在灣邊建立“秦藩治所”。
他發現呂宋島上盛產香料與黃金，便令士兵與當地百姓通商，以絲綢、瓷器換取香料與黃金。
同時，他還派農技官教當地百姓種植玉米、番薯，改善他們的生活。
不料半月後，拉普拉普聯合呂宋島北部的伊洛戈部落，率八千部眾反撲馬尼拉灣。
此時朱樉的兵馬分散在周邊開墾荒地，治所內僅餘兩千士兵。
周武建議：“殿下，可棄守治所，退至船上，待分散的兵馬回援後再反擊。”
朱樉卻搖頭：“治所是我軍在呂宋的根基，若棄守，百姓必遭劫掠。
今日便讓這些土著看看，大明將士的厲害！”
他令士兵加固治所城牆，在城牆上架設火炮，又組織百姓搬運石塊、箭矢，協助防守。
拉普拉普的部眾猛攻治所，城牆上的明軍火炮轟鳴，箭矢如雨，土著人死傷慘重。
但拉普拉普的部眾源源不斷，城牆多處被攻破。
朱樉手持佩刀，率親兵在城牆缺口處死戰，身上多處負傷，卻仍不肯後退。
就在此時，遠處傳來馬蹄聲。
原來是分散在周邊開墾荒地的明軍兵馬聽聞治所被圍，連夜回援。
拉普拉普見明軍援軍趕到，心知大勢已去，率殘部再次逃往碧瑤山區。
朱樉令周武率五千兵馬追擊，務必將其擒獲。
周武率軍追至碧瑤山區，見山路險峻，便令士兵在山穀中設下埋伏，又派人去勸降拉普拉普。
拉普拉普的部眾連日奔逃，早已饑疲交加，聽聞明軍願赦免他們的罪過，還會分給他們土地，不少人紛紛放下兵器。
拉普拉普見眾叛親離，隻得束手就擒。
朱樉見拉普拉普被擒，並未殺他，而是親自為他鬆綁。
“你若願歸降大明，便仍統領你的部眾，不過需遵守大明律法，不得再劫掠百姓。”
拉普拉普感念朱樉的恩義，當即跪地投降。
此後，朱樉以馬尼拉灣為中心，逐步收服呂宋諸島。
他令士兵在各島建立據點，開通商道，還派人將呂宋的香料、黃金運往大明，深得朱元璋的讚賞。