丞相製的廢除，雖然使皇權得到了加強，但同時也帶來了新的問題。天下大小政務皆決於皇帝，大大增加了其工作負擔。自從廢了丞相後，朱元璋每日要處理奏章有兩百餘份，涉事四百餘件，從早忙到晚，真可謂頭頂星星去，身披月亮歸，每日僅能休息兩個時辰左右。虧得朱元璋從小吃苦耐勞，長大後從軍，身子骨硬朗，否則還真抗不住。饒是如此，朱元璋還是在廢除丞相不久後，便設立了四輔官正三品），協助處理繁多的政事。但是這些被選為輔官的耆老宿儒，雖然學識淵博，但是在政務處理上卻不擅長，而且體力、精力不足，不能擔當重任，沒過多久就紛紛致仕。四輔官的設置僅僅持續了一年便告終結。
但是皇帝的負擔還是得減，否則就算是鐵人也經不住如此高的工作強度。於是，洪武十五年，設置了華蓋殿、武英殿、文淵閣以及東閣等大學士，後又設文華殿大學士輔導太子，皆為正五品。由於朱元璋太過勤政，事必躬親，這些大學士對於朝政並無決斷之權，隻是作為皇帝的顧問，提供谘詢。
朱棣繼位後，提拔了解縉等人為大學士，使其開始參與政務，內閣也從此成了常設機構。但是，內閣中的大臣卻都是一些六、七品的小官，諸如侍讀、編修一類的翰林官，實權遠不及六部尚書。但是作為皇帝的私人谘詢機構，常常在散朝後被皇帝召集起來商討國家大事，辦理機要事務，必要的時候還充當皇帝的喉舌，其權勢也不容小覷。不過永樂年間的奏章都是由朱棣親自批閱，閣臣仍無權過問。
而後朱高熾洪熙）、朱瞻基宣德）二位，進一步提升了內閣大臣的地位，由五品升為三品。加之“三楊”實乃乾才，都掌握了實權，身居尚書之位，從此內閣大臣就成了朝中重臣。特彆是朱瞻基創立了票擬製度之後，閣臣的權力得到了再度加強，隱隱居於六部之上。所謂票擬，就是閣臣草擬對各種奏章的處理意見，以小紙條貼在奏折之上，供皇帝參考之用。
由此可以看出，此時的皇帝已經將一部分權力下放給了閣臣，內閣大臣可以處理國家大事，掌握實權。閣臣的票擬往往都得到了皇帝的認可，作為敕旨頒發全國。如此一來，內閣通過票擬製度取得了國事處理權，形成了對六部的優勢。而且，為了配合閣臣處理奏疏，內閣機構從光杆司令變成了下轄誥敕房、製敕房，擁有數名中書舍人的完備體製。朱厚熜嘉靖）在位期間，更是將內閣大臣的朝位班次列於六部之上，內閣取得了對六部的全麵壓製。
從這個角度來看，內閣首輔大臣就有點兒丞相的意思了。不過，深究內閣形成的原因，其出於皇帝的授意，在皇權的庇護下運作。雖然內閣取得壓製六部的優勢地位，但是六部並不隸屬於內閣，個彆的六部尚書還可兼任閣臣，形成了你中有我，我中有你的局麵，這就更談不上從屬了。內閣大臣既然是皇帝的顧問，那麼其權勢的大小全憑皇帝的好惡，親則權盛，遠則權衰。一旦出現了皇帝更親近、更倚重的群體，閣臣的地位就會受到威脅，恰恰這個群體一直圍繞在皇帝身邊，隻不過在明代尤為突出——宦官司禮監）。
但是由於朱元璋的限製和嚴格約束，洪武年間的宦官內侍隻是充當服侍人員，並沒有接觸過朝政，“批紅”大權更是連影子都沒有。朱標心裡想著這個事兒，眼下便宜老爹做得很不錯，他沒必要插一手。待到自己繼位，隻要把限製宦官的意圖推行下去，形成製度，壓製這一群體即可。宦官為禍，從秦之趙高到明代魏忠賢，著實不少，但是有清一代卻一個沒有，比較出名的也就是李蓮英了，但完全沒有前代的權勢。從這個角度講，宦官問題是可以解決的，朱標認為此事不急於一時。
再回到文官的問題上，眼下的洪武三年正月，中書省尚在，以宣國公李善長為左丞相，信國公徐達為右丞相。胡廷瑞、廖永忠、李伯升食祿不視事）和李思齊食祿不視事）為平章政事，趙庸為中書左丞，王溥、楊憲為中書右丞，陳亮、侯至善為參知政事。而大名鼎鼎的胡惟庸，現在還是太常卿，不過月內就會升遷為參知政事。
與中書對應的禦史台，負責糾察百官，以左、右禦史大夫為首。湯和為左禦史大夫，鄧愈為右禦史大夫，劉基、章溢為禦史中丞，文原吉、範顯祖為治書侍禦史，安慶為殿中侍禦史，錢用壬為經曆，何士弘、吳去疾為監察禦史。從朱元璋的封官安排可以看出，明顯是讓淮西和浙東兩大集團互相牽製，以便從中取利。中書省內淮西文臣占據主導，而禦史台雖然以湯和、鄧愈兩名淮西武將為首，但其軍事任務多，常常不在京師，那麼浙東夫子領袖劉基就成了禦史台的當家人。兩個集團明爭暗鬥，朱元璋則是隔岸觀火，看著他們互相消耗，直到最後被一網打儘。
朱標對於現階段的文官集團，並沒有什麼不滿。跟隨朱元璋打天下的一乾人等，封官授爵是理所當然的，立國初期的朝堂上充斥著這些人也沒什麼好奇怪。首先，中書之首李善長，跟隨朱元璋多年，出謀劃策，勞苦功高，雖是文臣但也被封了公爵，聖眷之隆僅次於徐達，其人亦無謀逆之心，隻不過私心較重，又被視為淮西領袖，處處維護小團體的利益，這樣大小事情無論好壞都與他有乾係。雖然後來胡惟庸謀亂事敗，李善長牽連其中，以致獲罪，自殺身亡，但是起碼現在的李善長是忠直的，以朝廷為重，也隻有他在這個丞相位置上才能壓服淮西眾人。
而禦史台的劉基更是沒有什麼壞心思，為人正直，以天下為己任，懿文太子對其十分看重，甚至在李善長致仕之後，有意推薦劉基任中書丞相。作為牽製淮西文臣的重要棋子，劉基也被朱元璋所重視，駁回了其多次辭官請求，劉基之死也成了朱元璋對胡惟庸等人痛下殺心的重要原因。
總體而言，目前朝堂上雖有對立，但是相對平穩，對朝政無甚影響。朱標內心是支持廢除中書省、丞相製，分權六部的，這樣皇權集中便於乾大事。但是朱元璋以胡惟庸謀逆之事，牽連了太多的人，殺伐過重，是他所不願的。如何解開這個局，名正言順地廢除丞相，朱標還要細細思索，好在時間還多得很，足夠籌謀周密了。
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