……上集回顧……
寶太郎在煉金教室反思哥查德驅動器的責任，凜音與崔飛分彆給予他鼓勵與警告，堅定了他拯救同伴的決心。
與此同時，格裡恩在冥黑基地謀劃新時代，命令伽耶利亞和拉奇涅蕾絲強行帶阿特洛波斯姐妹回歸。
阿特洛波斯和克洛托在逃亡中被圍堵，凜音與寶太郎及時趕到，凜音吸收阿特洛波斯力量進化成王權驅動器，與伽耶利亞展開對決並將其擊敗。
格裡恩因拉奇涅蕾絲帶回克洛托而決定用其再煉成賢者之石，同時派遣阿爾薩德和海爾克雷斯尋找剩餘克米卡……
…現在，冥黑死亡麵具基地祭壇…
“拉奇涅蕾絲，將克洛托帶上來！”格裡恩的聲音再次響起，這次帶著不容置疑的冷冽。
拉奇涅蕾絲微微一顫，但很快恢複鎮定，她尖笑著回應：“遵命，大人。”
隨後，她轉身快步離開祭壇，從冥黑傳送門那裡將昏迷的克洛托給帶到了祭壇上，並且綁在了上麵。
拉奇涅蕾絲將昏迷的克洛托粗暴地扔在祭壇上，黑晶藤蔓像毒蛇一樣迅速纏繞住她的身體，將她牢牢地固定住。
“格裡恩！你這是要做什麼？”克洛托緩緩睜開眼睛，看到周圍的景象，以及自己被束縛的狀態，聲音虛弱卻充滿憤怒。
格裡恩沒有回答，他手中的黃金魔方已經停止了閃爍，猩紅的潮汐完全平靜下來，仿佛一頭沉睡的巨獸被徹底喚醒。他緩緩地舉起魔方，對準克洛托。
“克洛托，我的女兒，你的力量強大且純粹，是完美的再煉成材料。”格裡恩的聲音低沉而沙啞，聽不出一絲感情，“為了新世界的誕生，你將成為最耀眼的基石。”
“新世界？你所謂的‘新世界’就是將所有人都變成沒有思想的傀儡嗎？”克洛托掙紮著，黑晶藤蔓勒入她的皮膚，滲出點點血珠，“你永遠也得不到你想要的！”
格裡恩的臉上露出一絲詭異的笑容：“克洛托，力量，才是這個世界的唯一法則。而你，將是我力量的源泉。”
他手中的魔方開始發出耀眼的紅光，祭壇上的法陣也跟著亮了起來，複雜的符文像活過來一樣蠕動著，將克洛托包圍在其中。
“不要！”克洛托絕望地嘶吼著，她能感受到一股強大的吸力從魔方中傳來，她的生命力正在被一點點地抽離，身體…體已經變得透明，就像阿特洛波斯一樣。
…煉金學院…
“我一直有一種不好的預感，寶太郎！”凜音看著契約戒指說道。
“我也有同感，總感覺要發生什麼不好的事情！”寶太郎看著凜音說，他頓了下又繼續說，“對了，崔飛前輩呢？”
“在冥思讓什麼進化凱米來削弱十列車的副作用，用煉金術語說就是在閉關。”凜音俏皮地回答。
“進化凱米...”寶太郎眼神亮了起來，隨後又暗淡了下去，“前輩的煉金術應該還沒有恢複吧？”
“是啊，他之前用禁術讓蒸汽列車進化為十列車，煉金術還在恢複中。”凜音擔憂地皺起眉頭。
…冥黑死亡麵具基地祭壇上…
克洛托的瞳孔逐漸失去血色，黑晶藤蔓已深入她脊椎，擠壓著她的身體，令她的身體越來越小，直到縮小至大腿大小，生命力已經流失殆儘。
“賢者之石，黃金龍！”格裡恩高舉著的黃金龍凱米卡散發著令人心悸的猩紅光芒。隨著他最後一絲煉金能量的注入，克洛托的身體化作漫天金粉消散在黑暗中。
“多麼完美的煉金術啊。”格裡恩沙啞的嗓音在空曠的祭壇回蕩，“沒有什麼比用自己女兒煉成賢者之石更美妙了。”
“賢者之石？黃金龍？”沒有去尋找凱米的海爾克雷斯在祭壇的門外小聲並冰冷地嘀咕，“這根本不是煉金術的勝利，而是最卑劣的褻瀆。”
格裡恩的笑聲在黑暗中回蕩：“那些無知的凡人，連等價交換才是煉金術最基本法則都不知道。”
“等價交換。”海爾克雷斯的聲音依舊小聲，“哼，這交易，未免太愚蠢了。”
“等價交換、用低價值的廢物煉成高價值的黃金，這才是煉金術最初，最樸實無華的理想不是嗎？”格裡恩如同聽到了海爾克雷斯的竊竊私語，格裡恩的聲音陡然提高，仿佛在向整個世界宣告他所謂的“真理”。
“他注意到我了？”海爾克雷斯看了看周圍，海爾克雷斯看了看周圍，發現並沒有人注意到自己，心中暗自鬆了口氣。
但他知道，格裡恩這是在警告他。“哼，就算他注意到又如何，我絕不認同他這種扭曲的煉金術。”他轉身消失在了冥黑之中。
“叛徒終於露出了馬腳了嗎？”格裡恩冷笑一聲，隨後將拉奇涅蕾絲喚上祭壇，“拉奇涅蕾絲！”
“在！遵從格裡恩大人之命。”
“去將剛才的叛徒帶回來！”
“明白！”
…煉金學院…
隨著一股冥黑散去，海爾克雷斯出現在了煉金學院，寶太郎和凜音驚訝地看著突然出現的他。
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“海爾克雷斯？”寶太郎警惕地問道，“你來乾什麼？”
海爾克雷斯看著他們，將格裡恩用克洛托煉成賢者之石的事詳細說了一遍，“信不信由你們，但我不能眼睜睜看著他繼續用這種扭曲的方式進行煉金術。”
寶太郎和凜音聽後，臉上滿是震驚與憤怒。“這個格裡恩，簡直喪心病狂！”寶太郎緊握著拳頭，眼中燃起怒火。
就在這時，一陣冥黑氣息傳來，拉奇涅蕾絲出現在學院門口。
“海爾克雷斯，你這個叛徒，跟我回去！”她惡狠狠地說道。