當NERV的訓練基地因為內部競爭而變得熱火朝天時，一場看不見的瘟疫，正在東京這座都市的腳下，悄然蔓延。
小野田博士投下的那管“菌巢之心”，在陰暗潮濕的下水道係統中找到了最完美的溫床。
經過一段時間的發酵，淡黃色的菌絲網絡已經徹底占據了包括東京、京都在內的數個核心版塊的地下水道係統。
它如同一張巨大的神經網絡，將城市的地下動脈徹底包裹、侵占，悄無聲息地汲取著養分，積蓄著力量。
最初，生活在這座城市裡的人們，隻是從一些生活細節中，發現了一絲奇怪。
“奇怪，最近家裡的下水道怎麼老是堵？”一位家庭主婦在廚房裡，一邊用疏通劑費力地處理著水槽，一邊向丈夫抱怨，“通過一次，沒兩天又堵上了，水流下去的速度越來越慢。”
“是嗎？我們公司廁所也是，物業都來修了好幾次了，說是管道裡長了些奇怪的滑膩膩的東西，怎麼也清理不乾淨。”她的丈夫看著報紙，隨口應和道。
地鐵站內，一名清潔工正費力地擦拭著站台邊緣的地麵。“真是見鬼了，這幾天地麵怎麼這麼潮，拖了一遍又一遍，總感覺黏糊糊的，空氣裡還有股……說不出來的土腥味。”他對著同事抱怨道。
市政廳的電話都快被打爆了，一名工作人員看著屏幕上急劇上升的報修工單，焦頭爛額：“整個東京的排水係統流速下降了近40%！派出去的檢修隊也查不出原因，管道裡什麼都沒有，就是水流得慢！”
社交媒體上，也開始出現一些零星的帖子。
“【求助】有沒有人知道，為什麼我家貓最近老是衝著廁所的地漏哈氣？跟見了鬼一樣！”
“樓上+1，我家的狗也是，半夜老是衝著牆角狂叫，以前從來沒有過。”
“你們有沒有覺得，最近街上流浪貓狗的數量好像少了很多？”
這些零散的、看似毫無關聯的異常現象，並沒有引起人們足夠的警惕。
對於一個擁有數千萬人口的超級都市而言，這些都隻是再平常不過的“城市病”。
直到半個月後的一天，這份被忽略的異常，終於以一種最直觀的方式，呈現在了所有人的麵前。
傍晚，東京的一棟高級公寓樓內。
一名年輕的白領結束了一天的工作，正準備洗個熱水澡。
當他走進浴室，打開花灑的瞬間，噴湧而出的，並非清澈的熱水，而是一股混雜著黃色粘液的、散發著濃烈甜腥味的渾濁液體！
“什麼東西？！”他被這突如其來的一幕嚇得連連後退。
而更恐怖的事情發生了。
從花灑的噴頭裡，從洗手池的下水口，甚至是從馬桶裡，一團團拳頭大小、表麵覆蓋著粘液的菌絲球，開始向外湧出。
這些菌絲球在接觸到空氣後，便迅速膨脹、變形，長出了畸形的四肢，頂部則裂開，形成一張布滿了細密利齒的口器。
一隻隻體型如同小型犬、形態酷似變異蘑菇的“孢子獸”，就這樣，從城市的每一個角落鑽了出來！
“啊——！！！”
淒厲的慘叫聲，劃破了公寓樓的寧靜。
緊接著，相似的場景，在各個角落同步上演。
街邊的井蓋被一股力量頂開，成群結隊的孢子獸從中蜂擁而出，攻擊著路邊的行人與車輛。
商場的消防噴淋係統突然啟動，噴出的卻不是水，而是無數細小的孢子，讓整個商場的人都開始劇烈地咳嗽、皮膚紅腫。
一場突如其來的生化危機，就這樣，在霓虹最繁華的地方，徹底爆發了。
“嘀嘀嘀——！最高級彆生物災害警報！”
TPC遠東總部，指揮室內的紅色警報燈瘋狂閃爍。
巨大的主屏幕上，被分割成了數十個畫麵，每一個畫麵裡，都是A03區那如同人間煉獄般的慘狀。
“這……這是什麼東西？！”吉岡參謀看著屏幕上那些體型不大、但數量多到令人頭皮發麻的孢子獸，臉色鐵青。
“中心商業街，確認出現大量未知小型怪獸！”