戰場上的塵埃落定，西拉的故事也以一種近乎童話的方式，畫上了句號。
蘇啟和阿斯卡駕駛著EVA，準備返回NERV，接下來，還有一大堆麻煩事在等著他處理。
正木敬吾雖然倒了，但他在NERV內部留下的影響力還在，他需要安撫那些因為“神明”隕落而陷入信仰崩塌的成員；
全球理事會那邊，也一定會就這件事情，對他這個首席科學家進行最嚴厲的質詢；
而他自己，也需要借著這個機會，想辦法說服那些疑心重重的政客，讓自己順理成章地接管NERV，成為新的總司令。
千頭萬緒，都需要他去應對。
可就在這時，異變突生！
初號機駕駛艙內，一直平穩運行的各項數據，突然開始瘋狂地跳動！刺耳的紅色警報聲瞬間響徹了整個駕駛艙！
“警告！警告！檢測到未知生物信號入侵！”
“駕駛員神經連接被強製接管！”
“A10神經脈衝同步率異常！”
“怎麼回事？！”蘇啟的瞳孔驟然收縮，他立刻試圖查看機體狀態，卻驚駭地發現，自己與初號機的連接正在被一股外力強行切斷，那些原本如同臂使的控製係統，在這一刻變得無比滯澀、陌生，甚至開始反抗他的指令！
那感覺，就像一個黑客，在自己的大腦裡安裝了一個後門程序，正在瘋狂地奪取“最高管理員權限”！
一直潛伏在初號機內部，附著在“雷丘蘭星人能量核心”上的比佐摩幼體，終於露出了它猙獰的獠牙！
它在初號機與邪惡迪迦的激戰中，悄悄地汲取著逸散的能量，早已完成了數次分裂與進化。
本來，在蘇醒的第一時間，它就想入侵了，但它那趨利避害的本能，讓它在感受到邪惡迪迦那恐怖的力量時，強行壓下了奪取的欲望。
它很清楚，一旦在那種情況下暴露自己，很可能會成為被兩方集火圍攻的目標，那無異於自取滅亡。
而現在，邪惡迪迦已經失敗，初號機和二號機都因剛剛的戰鬥而有所消耗，駕駛員的精神都處於一種戰後的疲憊與鬆懈之中。
這，就是最完美的時機！
“滋滋滋……”
比佐摩的細胞，如同擁有生命的病毒，沿著初號機的機械結構瘋狂蔓延，它的目標明確——駕駛員所在的插入栓！
它要奪取這具完美的軀體！
NERV指揮中心，觀察員第一時間發現了這恐怖的數據變化。
“天哪！初號機的同步率……突然飆升到200%了！還在上升！300%！400%！”
“神經脈衝模式異常！這不是蘇博士的腦波！初號機被……被什麼東西入侵了！”
所有人都被眼前的情況驚呆了。
駕駛艙內，蘇啟的額頭滲出了一層細密的冷汗，他發現自己已經徹底無法控製初號機了。
他能感覺到，一股冰冷的、充滿了貪婪與占有欲的陌生意識，正在通過插入栓，瘋狂地湧入初號機的每一個角落，試圖將這具強大的身軀，變成它自己的巢穴。
“這種特性......難道是......比佐摩？！”蘇啟大腦急速轉動，在排除了一個個可能性後，他終於想到了原因。
“該死！”他還是大意了！
在被徹底“踢出”駕駛係統的前一秒，他用儘最後一絲權限，對著通訊器嘶吼出最後的警告：
“阿斯卡！快退後！離我遠一點！！！”
“博士？！”
二號機駕駛艙內，阿斯卡還未反應過來，便看到前方的初號機，動作猛地一僵。