一個星期後，在全球理事會的官方授權下，蘇啟正式就任NERV總司令一職。
他做的第一件事，就是以總司令的身份，正式簽署了由阿斯卡起草的，針對NERV內部的全麵整肅令。
所有被查實與正木敬吾關係密切的中高層管理人員，全部被解除職務，移交TPC情報部門進行進一步審查。
而那些立場搖擺，試圖阻撓阿斯卡指揮的“牆頭草”，則被全部降職或調離核心崗位。
取而代之的，是一批在這次危機中表現出色，立場堅定的年輕技術骨乾和作戰人員被破格提拔。
阿斯卡，則被蘇啟正式任命為NERV的作戰部總指揮官，全權負責所有EVA機體和特戰隊的日常訓練與戰時指揮。
這一係列乾脆利落的任命，在最短的時間內，將正木敬吾留下的“餘毒”清除，也將NERV的實際控製權，牢牢地掌握在了蘇啟自己的手中。
在完成了內部整頓後，蘇啟將自己關進了私人實驗室，開始了他最重要的研究。
他麵前的全息屏幕上，正反複播放著他昏迷前，初號機展開AT力場的最後幾秒鐘的戰鬥數據。
“以生物電場為媒介，將‘心之壁’的概念編碼釋放，通過LCL溶液共鳴放大，最終實體化為排斥一切‘非我’的絕對領域……”
蘇啟喃喃自語，眼中閃爍著癡迷的光芒。
那一次在絕境中的“腦內編程”，雖然成功，但更多的是依賴於他超負荷的爆發和一絲運氣。
那是不穩定、不可控、且難以複製的。
他現在要做的，就是將這次偶然的“奇跡”，移植到EVA上，變成可以被複製的常態。
一旦EVA擁有了AT力場，那麼他們的戰鬥力會得到飛躍性的提升。
同時，能夠將一切“非我”排斥出去的AT立場，也能最大程度的保護自身，不會再像這次一樣，那麼簡單的就被比佐摩入侵、操控。
遠離塞迪克島數千公裡外，一艘小型的深海潛航器，正悄無聲息地向著萬米深的海溝潛去。
潛航器的駕駛者，正是失蹤了的藤野信二博士。
在正木敬吾失敗的第一時間，他就意識到等待正木敬吾的將是極為不利的局麵，而他自己，作為先生最核心的下屬，也絕不可能繼續安全地待在NERV。
他必須立刻逃走，逃到一個絕對安全的地方，為未來保留一份火種，一份能將先生重新救出來的希望。
所以他趁著所有人都沒注意的情況，利用自己手中的權限，悄無聲息地抹去了所有的出入記錄，搭乘著這艘緊急逃生潛航器，來到了這裡。
這裡，是正木敬吾最核心、最隱秘的資產之一，一座位於萬米深海，完全獨立於NERV和塞迪克集團之外的秘密海底基地。
它的存在，隻有他和正木敬吾兩個人知道。
潛航器緩緩地與基地的水下閘門對接，經過數道複雜的虹膜和基因驗證後，藤野博士走了進去。
基地內部空無一人，隻有應急的紅色燈光在閃爍，充滿了死寂與冰冷的氣息。
他穿過長長的走廊，最終來到了基地的最深處，一間充滿了渾濁LCL溶液的巨大環形培養皿前。
培養皿中，一個外形與初號機G1素體極為相似的，肌肉組織完全裸露的蒼白巨人，正靜靜地懸浮著，無數早已失去動力的機械臂和電極，如同枯萎的藤蔓，包裹著它的身軀。
它就是被正木敬吾曾經的“B計劃”，代號為“M1”的EVA素體。
一個與蘇啟的G5素體截然不同，沒有經過任何“人性化”改造，保留了最原始、最狂暴的怪獸基因的“怪物”。
其實，正木敬吾在M1項目上投入的精力並不多，他的主要精力，一直都放在了成為“光之巨人”這個終極目標上。
在發現神光棒的秘密後，他更是乾脆將這個項目全權交給了藤野，自己則全身心地投入到了對“光”的研究之中。