在成功解決高木警官被綁架一案後，柯南和夥伴們還未來得及好好喘息，新的風雲又起。知名舞台劇女演員牧樹裡收到了怪盜基德的預告函，她所擁有的珍貴珠寶“命運的寶石”——一枚璀璨奪目的藍寶石戒指，被基德鎖定為目標。令人驚訝的是，這封預告函竟是送給工藤新一的。
毛利偵探事務所接到了牧樹裡的委托，毛利小五郎毫不猶豫地接下了保護寶石的工作。他戴上老花鏡，將預告函平鋪在桌麵上，仔細地研究每一個字，又結合怪盜基德過往的作案風格，反複權衡後推斷基德會在舞台劇演出的最後一天盜取寶石。“基德那家夥，總是喜歡在最關鍵的時候出手，製造出最轟動的效果，這次也不會例外。”毛利小五郎摸著下巴，自信滿滿地說道。
演出的最後一天，毛利小五郎、小蘭和柯南受邀來到劇場觀看舞台劇。與此同時，工藤夜一和灰原哀也替代受邀的工藤優作和工藤有希子來到了現場。劇場內燈光璀璨，舞台上的演員們正在進行著精彩的表演，華麗的服飾和動人的劇情吸引著觀眾們的目光。就在眾人沉浸在精彩的舞台表演中時，怪盜基德竟大膽地假扮成工藤新一現身了。柯南一眼就識破了基德的偽裝，畢竟他自己就是工藤新一隻是被灌了毒藥而已。可他既要保護寶石，又不能通過暴露身份去拆穿基德，隻能緊緊地盯著這個假工藤新一，一刻也不敢鬆懈，他的眼神仿佛能洞察基德的每一個意圖。
舞台上的劇情逐漸走向高潮，演員們的表演愈發投入，台下的觀眾也看得如癡如醉。而台下的柯南神經卻緊繃到了極點，他的手心微微出汗，時刻警惕著基德的行動。就在舞台劇落幕前，假工藤新一突然消失在眾人的視線中。柯南立刻追了上去，然而劇場內人群湧動，混亂不堪，人們在散場時相互推擠，柯南在追逐過程中還是讓基德逃脫了。就在大家以為寶石已經失竊時，工藤夜一卻巧妙地讓“命運的寶石”得以保全。原來，工藤夜一早就察覺到了基德的計劃，他通過對基德過往作案手法的研究以及現場的一些細微線索，提前做出了防範。在基德動手之前，他就采取了行動，成功守護住了寶石。“哼，想在我眼皮子底下偷走寶石，基德，你還嫩了點。”工藤夜一嘴角微微上揚，露出一絲得意的笑容。
牧樹裡對毛利偵探一行以及工藤夜一、灰原哀的幫助感激不已，為表感謝，她邀請眾人前往北海道函館的彆墅度假，同行的還有其他幾位舞台劇演員。眾人欣然接受了邀請，一同搭乘飛機前往函館。飛機平穩地飛行在高空中，機艙內一片祥和。乘客們有的在輕聲交談，有的在閉目養神，陽光透過窗戶灑在人們身上，營造出一種寧靜的氛圍。
然而，這份平靜並沒有持續太久，一場精心設計的殺人劇悄然在機艙裡上演。一名演員被發現死在了飛機的衛生間裡，現場呈現出密室狀態，這讓整個機艙瞬間陷入了恐慌。乘客們的驚呼聲此起彼伏，恐懼的情緒在機艙內迅速蔓延。柯南意識到，自己不僅要時刻警惕怪盜基德再次混入人群盜取寶石，還要解開這起複雜的飛機密室殺人事件。
柯南迅速冷靜下來，他宛如一位經驗豐富的老偵探，有條不紊地開始勘查案發現場。他蹲下身，仔細觀察死者身旁的奇怪粉末，那些粉末呈現出一種奇異的淡藍色，在燈光下閃爍著微弱的光澤。死者的表情似乎也透露出一絲驚恐，雙眼微微瞪大，嘴唇微微張開，仿佛在臨死前看到了極其可怕的東西。同時，衛生間的門鎖有被破壞的痕跡，但卻不像是強行撬開的，鎖芯處的劃痕十分整齊，像是用一種特殊的工具造成的。柯南在周圍尋找線索時，還發現了一枚不屬於死者的紐扣，紐扣材質看起來頗為高檔，上麵刻有精致的花紋，應該來自一件昂貴的衣物。
工藤夜一則在機艙內四處詢問其他乘客，試圖從他們的口中獲取一些有用的信息。他穿梭在狹窄的過道中，耐心地與每一位乘客交流。他了解到，死者生前與同劇組的一位演員曾有過激烈的爭吵，原因似乎是關於角色的競爭。那位演員一直渴望出演主角，但死者卻憑借出色的演技和人脈關係獲得了這個機會，兩人為此產生了極大的矛盾。而這位與死者爭吵的演員，在案發後神情顯得格外緊張，一直低著頭，不敢與他人對視。
灰原哀憑借她的專業知識，對現場發現的粉末進行了初步分析。她從隨身攜帶的小型檢測工具中取出一個特製的試管，小心翼翼地收集了一些粉末，放在顯微鏡下觀察。她推測這些粉末可能是一種特殊的藥物，或許與死者的死亡有著密切的關係。從粉末的分子結構來看，這是一種人工合成的毒藥，毒性極強，隻需微量就能致人死亡。她還發現，死者的傷口並不像是普通凶器所致，更像是某種帶有毒性的暗器造成的，傷口周圍呈現出一種奇怪的黑色，這是毒藥侵蝕的痕跡。
本小章還未完，請點擊下一頁繼續閱讀後麵精彩內容！
就在柯南等人全力調查案件時，飛機上的兩名機長突然中毒昏迷。飛機瞬間失去了駕駛員，開始失控地在空中搖晃。機艙內的乘客們尖叫連連，陷入了極度的恐懼之中。一些乘客緊緊抓住座椅扶手，臉色蒼白；一些乘客則大聲哭泣，祈求著奇跡的發生。情況萬分危急，必須立刻有人來操控飛機降落，否則所有人都將麵臨機毀人亡的結局。
經過短暫的商議，最終決定由小蘭和工藤夜一來操控飛機降落。柯南深知此時時間緊迫，他迅速從口袋裡掏出地圖，在狹小的空間裡展開，仔細地尋找著合適的降落地點。他的眼神在地圖上飛速移動，額頭冒出了細密的汗珠。就在他一籌莫展之際，步美天真地指著地圖上的一個地方說：“柯南，你看這個碼頭好大呀，飛機能不能降落在那裡呢？”柯南順著步美指的方向看去，心中一喜，這個碼頭的長度和位置似乎都符合飛機降落的條件。“步美，你可真是幫了大忙了！”柯南興奮地說道。
然而，要在碼頭降落飛機並非易事，還需要有明顯的跑道標識。這時，怪盜基德再次出現，他站在飛機的機翼上，如同一位瀟灑的俠客。他利用自己的智慧和技巧，通過無線電設備引來了警車車隊。警車們從四麵八方疾馳而來，整齊地排列在碼頭上，用車燈為飛機模擬出了跑道的位置。基德的身影在燈光的映照下顯得格外神秘，他的嘴角帶著一絲自信的微笑。
柯南急忙用變聲器以新一的身份給小蘭打電話，他儘量讓自己的聲音聽起來鎮定而有力：“小蘭，彆害怕，你可以的。按照我說的做，我們一定能成功降落。”電話這頭，小蘭緊緊握著操縱杆，她的手心已滿是汗水，指關節因為用力而泛白。但聽到新一的聲音，心中還是湧起了一股勇氣。“新一，我會努力的！”小蘭堅定地回答道。
通話期間，工藤夜一在一旁協助小蘭，他一邊按照柯南的指示操作儀器，一邊不停地叫著：“新一哥哥，下一步怎麼做？”由於工藤夜一和工藤夜一的哥哥工藤新一都接受過父親工藤優作的駕駛培訓，對飛機的操作並不陌生，他憑借著自己的記憶和技能，全力配合著小蘭。他的眼神專注地盯著儀表盤，雙手熟練地操作著各種按鈕，仿佛與飛機融為一體。
飛機在小蘭和工藤夜一的操控下，緩緩朝著碼頭降落。可就在即將降落的關鍵時刻，飛機的起落架卻出現了故障，無法正常放下。柯南在電話那頭迅速思考著應對之策，他冷靜地說：“小蘭，夜一，不要慌張，嘗試手動操作起落架。在儀表盤的左下角，有一個紅色的按鈕，旁邊標有‘起落架手動’的字樣，按下它試試。”
小蘭和工藤夜一按照柯南的指示，在飛機儀表盤上尋找手動操作起落架的按鈕。飛機離碼頭越來越近，每一秒都充滿了緊張和驚險。窗外的景物飛速掠過，風聲呼嘯著灌進機艙。終於，工藤夜一找到了按鈕，他用力按下，起落架緩緩放下。齒輪轉動的聲音在寂靜的機艙內格外清晰，仿佛是希望的鐘聲。
飛機的輪胎與碼頭地麵接觸的瞬間，發出了一陣刺耳的摩擦聲。飛機在碼頭上滑行了一段距離後，終於穩穩地停了下來。機艙內爆發出一陣歡呼聲，所有乘客都為這次死裡逃生而激動不已。一些乘客喜極而泣，相互擁抱；一些乘客則歡呼著，感謝著小蘭和工藤夜一。
降落之後，小蘭以為剛剛通話的是怪盜基德假扮的新一，她想起自己在通話中對新一深情告白的那些話，頓時羞紅了臉。她的臉頰如同熟透的蘋果，心中滿是羞澀和尷尬。而工藤夜一則調皮地來了一句：“小蘭姐姐啊不未來嫂子好啊。”說完便被害羞的毛利蘭追著打。工藤夜一邊跑邊說：“未來嫂子好凶啊，哥哥這是找了一個母老虎嗎？”機艙內的緊張氛圍在這歡聲笑語中漸漸消散，大家都為成功脫險而感到慶幸。
柯南看著眼前的場景，心中也鬆了一口氣。但他知道，這一係列事件背後似乎隱藏著更深的秘密。怪盜基德為何會對“命運的寶石”如此執著，飛機上的密室殺人案又是誰策劃的，這一切是否都有著某種關聯？柯南的眼神變得堅定起來，他決定繼續深入調查，揭開這些謎團背後的真相。
此時，警方也趕到了碼頭，對飛機上的密室殺人案展開了正式調查。柯南、工藤夜一和灰原哀決定留下來協助警方，他們相信，隻要大家齊心協力，一定能找出真正的凶手，解開這一連串複雜事件的謎團。
警方對飛機上的每一位乘客都進行了詳細的詢問，收集了大量的證詞。柯南和工藤夜一則再次回到案發現場，試圖尋找更多被遺漏的線索。他們如同兩隻敏銳的獵犬，仔細檢查了衛生間的每一個角落，甚至還查看了飛機的通風管道，希望能從中發現一些蛛絲馬跡。
在通風管道裡，柯南發現了一個小型的發射器，這個發射器看起來像是用來發射暗器的。它的材質是一種特殊的合金，質地堅硬且輕便，上麵還刻有一些奇怪的符號。柯南推測，凶手可能就是通過這個發射器，在衛生間外將帶有毒藥的暗器射向死者，然後利用某種方法製造了密室的假象。“看來凶手是有備而來，這個發射器應該是特製的。”柯南一邊觀察一邊說道。
本小章還未完，請點擊下一頁繼續閱讀後麵精彩內容！
工藤夜一則在死者的座位附近找到了一本筆記本，筆記本上記錄著一些與舞台劇相關的信息，還有一些奇怪的符號和數字。經過一番研究，他們發現這些符號和數字似乎與一個神秘的組織有關。那些符號像是一種特殊的密碼，而數字則可能代表著某些時間或者地點。難道這個神秘組織與此次的殺人事件以及怪盜基德的行動都有關係？“這背後的水很深啊，我們得小心行事。”工藤夜一皺著眉頭說道。
灰原哀在對死者的衣物進行檢查時，發現死者的衣領上有一個微小的標誌，這個標誌與之前在山崎廢品回收公司發現的電子設備上的標誌極為相似。那是一個由三個相互交織的三角形組成的圖案，線條簡潔而富有神秘感。這一發現讓眾人意識到，這起飛機上的殺人案可能與之前高木警官所調查的“x計劃”有著千絲萬縷的聯係。“看來這個神秘組織的勢力比我們想象的還要龐大，涉及的範圍也更廣。”灰原哀嚴肅地說道。
隨著調查的深入，越來越多的線索指向了同劇組的一位名叫山本的演員。山本在案發前後的行蹤十分可疑，有人看到他在案發前鬼鬼祟祟地在衛生間附近徘徊，而且他與死者之間的矛盾也最為突出。警方迅速對山本展開了全麵的調查，發現他近期與一些身份不明的人有過頻繁的接觸。這些人都是通過一些加密的通訊方式與山本聯係，行蹤極為隱秘。
柯南和工藤夜一找到了山本，對他進行了單獨詢問。山本一開始還試圖狡辯，他眼神閃爍，說話吞吞吐吐，極力否認自己與案件有關。但在柯南和工藤夜一嚴密的推理和證據麵前，他的心理防線逐漸崩塌。柯南詳細地闡述了案件的經過，從發現的線索到推理出的作案手法，每一個細節都清晰無比。工藤夜一則展示了山本與那些身份不明的人聯係的證據，讓山本無從抵賴。最終，山本承認了自己的罪行。原來，他是受一個神秘組織的指使，為了獲取死者手中關於“x計劃”的一些重要信息，才策劃了這起殺人事件。
然而，關於這個神秘組織的具體情況，山本卻知之甚少。他隻知道這個組織勢力龐大，行事極為隱秘，一直在暗中策劃著一些危險的陰謀。他們通過威脅和利誘的手段，迫使一些人為他們效力。組織的高層成員都隱藏在黑暗之中，很少有人見過他們的真麵目。柯南、工藤夜一和灰原哀意識到，他們麵臨的挑戰遠未結束，這個神秘組織很可能就是“x計劃”的幕後黑手，而怪盜基德的行動或許也與這個組織有著某種關聯。
在解決了飛機上的密室殺人案後，柯南等人並沒有停下調查的腳步。他們決定順著現有的線索，繼續深入追查這個神秘組織。回到東京後，柯南和工藤夜一再次研究了從山本那裡獲取的信息，試圖找出這個神秘組織的更多線索。他們將那些奇怪的符號和數字輸入到電腦中，利用各種解密軟件進行分析。同時，他們還對山本提到的那些與他聯係的人的通訊記錄進行了深入挖掘，希望能從中找到突破口。