黑水疫情的成功控製，為蘇清歡推行更深層次的醫療改革掃清了大量障礙。女帝的信任達到頂峰，朝中反對的聲音暫時蟄伏。
蘇清歡趁熱打鐵，將醞釀已久的《大曜醫政革新疏》正式上呈女帝。奏疏核心有三：
一、設立州縣醫官體係：在各省府州縣設立“惠民藥局”，直屬太醫院指導，配備經過新式培訓的醫官，負責地方疫病防控、普及衛生知識、監督藥材市場。旨在將先進的醫療理念和資源下沉到基層。
二、編纂頒行《大曜藥典》：由國家牽頭，太醫院主導，重新係統整理、驗證各類藥材功效，製定標準，剔除偽劣，統一藥名、藥性、用法。旨在規範醫藥市場，提升整體醫療水平。
三、開辦“醫學館”：在京城設立官辦高等醫學教育機構，麵向社會招收有誌學醫的青年，係統傳授新醫學理論和技術，打破醫術秘傳的陋習，規模化培養醫療人才。
這三條，條條觸及根本，旨在構建一個從中央到地方、從理論到實踐、從人才培養到藥品監管的完整醫療體係。一旦成功，將徹底改變大曜朝的醫療麵貌。
奏書在朝堂上引發了比以往更激烈的爭論。支持者認為這是利國利民的千秋大計；反對者主要是世家背景的官員和部分保守太醫）則斥之為“與民爭利”、“動搖祖製”、“耗費國帑”。
女帝蕭景琰力排眾議，禦筆朱批：“準奏。著太醫院院使蘇清歡全權督辦，各部協理，不得有誤。”
聖旨一下，蘇清歡肩上的擔子更重了。這已不僅僅是技術推廣，而是涉及國家製度層麵的深刻變革。
她首先從相對容易的《大曜藥典》入手。以太醫院和安平醫館為核心，抽調精乾人員，成立編修館。她親自擬定編修體例和標準，要求每一種藥材都必須有清晰的圖譜、產地、采收時節、性狀描述、藥理作用用傳統理論結合她引入的“歸經”、“功效”新解）、以及臨床驗證案例。
此舉遭到太醫院舊派的強烈抵製。許多老太醫視祖傳藥方為命根子，不願公開。藥材商也擔心標準統一後影響利潤。
蘇清歡毫不退讓，一方麵請出女帝旨意強壓，另一方麵采取激勵措施：獻出有效驗方並經驗證收錄者，給予重賞，並可署名入典，流芳百世。
重賞之下，加之蘇清歡如今的威望，阻力漸漸減小。編修工作艱難卻穩步地推進。
就在編修工作稍有起色時，一場突如其來的風波打破了平靜。有匿名奏疏呈到女帝麵前，彈劾蘇清歡在編修《大曜藥典》時收受賄賂，擅自將一些無用甚至有害的藥材收錄其中。女帝大怒，責令蘇清歡立刻停止編修工作，等候調查。蘇清歡心中一驚，她明白這是反對者的陰謀。她迅速冷靜下來，開始收集證據自證清白。她發現那些所謂“無用有害”的藥材，其實是經過嚴格驗證且有獨特療效的。而賄賂一事更是無中生有。在調查過程中，蘇清歡憑借著之前積累的人脈和威望，找到了匿名奏疏背後的主使——一位世家出身的保守官員。原來，他為了阻止醫政革新，不惜使出如此下作手段。蘇清歡將證據呈給女帝，女帝查明真相後嚴懲了主使，編修工作得以繼續，且蘇清歡在女帝心中的信任更加牢固，改革的步伐也更加堅定。
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