秦逸等人踏入時空門，發現自己置身於一個被永恒黃昏籠罩的宇宙。天空中漂浮著無數破碎的鐘表，秒針逆向轉動，將整個世界定格在楊過與小龍女絕情穀分彆的瞬間。
“這裡的時間被凍結了。”蘇瑤輕撫玉笛，笛音中夾雜著小龍女十六年苦等的嗚咽。嬰兒突然啼哭，眼中射出的星辰光束擊碎了最近的鐘表，露出內部封印的《九陰真經》殘頁——正是黃蓉在另一個宇宙中被魔劍貫穿前寫下的遺書。
就在秦逸伸手觸碰殘頁時，時空突然扭曲。他看到十六歲的楊過在絕情穀底挖掘寒玉床，三十歲的楊過在襄陽城頭力戰至死，而真正的神雕俠侶本體正被熵魔議會的時間魔神用鎖鏈束縛在時間漩渦中。
“這是……因果悖論！”秦逸運轉劍魄星辰力，卻發現自己的攻擊被時間亂流反彈。蘇瑤展開冰鳳神雕虛影，試圖凍結時間魔神，卻看到冰鳳的羽毛在接觸魔神的瞬間化作齏粉。
嬰兒突然伸手，將破碎的鐘表碎片吸入掌心。秦逸看到碎片中浮現出小龍女在各個時間線的元神烙印，這些烙印在嬰兒的因果之力下重組，形成可以穿越時間的玉女穿梭術。
“蘇瑤，用穿梭術回到小龍女跳崖前的瞬間！”秦逸將星辰劍拋向蘇瑤。蘇瑤心有靈犀地運轉功法，帶著嬰兒消失在時空漣漪中。秦逸則留在原地，與時間魔神展開殊死搏鬥。
在時間漩渦中，蘇瑤看到小龍女站在絕情穀崖邊，玉蜂漿瓶從她顫抖的手中滑落。“龍兒姐姐，接住！”蘇瑤將嬰兒的星辰之力注入玉瓶，瓶中突然爆發出可以重寫時間的九轉陰陽之氣。
當玉瓶落入小龍女手中時，整個絕情穀的時間線開始重組。蘇瑤看到楊過在十六年後帶著神雕歸來，看到小龍女在寒玉床寫下《九陰真經》殘卷，這些畫麵在嬰兒的因果之力下融合成新的時間法則。
秦逸趁機將《九陰萬象經》刺入時間魔神心臟，卻發現魔神的本體是由無數神雕俠侶的死亡瞬間構成。他運轉降龍星辰掌，將十二道星軌化作黯然銷魂掌法，掌法中融入了蘇瑤在不同時間線的冰鳳之火。
當掌法與魔神本體碰撞時，秦逸看到了宇宙誕生的真相——神雕俠侶的愛情本就是太初仙帝為對抗熵魔議會創造的時間錨點。他的劍魄星辰力突然覺醒終極劍意——時間湮滅式，這招可以將敵人的存在從所有時間線中抹除。
“秦逸，小心！”蘇瑤的呼喊從時空裂隙中傳來。秦逸轉身，看到熵魔議會的十三魔神同時出現在不同時間線，他們手持滅世沙漏，正在抽取神雕俠侶的時間本源。
嬰兒突然啼哭，聲音中蘊含著可以操控時間的力量。秦逸感到體內的九黎玄珠與沙漏產生共鳴，他將時間湮滅式與冰鳳焚天訣融合，在虛空中刻下新的時間法則：“所有宇宙的神雕俠侶將共享時間線，他們的愛情之火將成為抵禦熵魔的終極防線。”
當法則生效時，秦逸看到諸天萬界的神雕俠侶攜手組成了新的時間結界，他們的愛情之火形成了可以抵禦熵魔侵蝕的防護罩。熵魔議會的魔神們發出不甘的怒吼，他們的本體開始被防護罩淨化成暗金色液體。
秦逸趁機將液體注入滅世沙漏，沙漏表麵浮現出太初仙帝的虛影：“星辰使，真正的救贖不是消滅敵人，而是讓每個宇宙都有選擇的自由。”虛影消失前，秦逸看到沙漏中封印著所有宇宙的未來可能性。
當秦逸和蘇瑤回到現實世界時，發現海底的青銅棺已經沉入更深的海底。棺蓋上浮現出一行小字：“神雕俠侶，情係諸天。時間的真相，藏在嬰兒的瞳孔裡。”
秦逸握緊蘇瑤的手，感到體內的九黎玄珠與嬰兒的星辰之力產生共鳴。他知道，新的冒險即將開始，而他們的愛情將永遠是對抗黑暗的終極武器。
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