尚可喜奉命前往海上圍剿孔有德和耿仲明，但不幸遭遇颶風襲擊，軍隊全軍覆沒。
尚可喜僥幸保住性命回到大陸，卻被祖大弼認定為叛黨，要將其處死。
幸運的是，黃龍再次挺身而出，救下了尚可喜，並讓他重新回到軍中任職。
崇禎六年七月，已經投降後金的耿仲明和孔有德，率領大軍攻打旅順。
黃龍戰敗後自殺身亡，尚可喜在旅順的妻妾、家眷等數百人擔心被清軍俘虜，紛紛選擇跳水自儘。
身在廣鹿島的尚可喜得知這個消息後，心如刀絞，悲痛欲絕，發誓一定要消滅後金，為死去的親人報仇雪恨。
黃龍一死，這朝廷就派遣沈世奎接任東江總兵，接任了黃龍的位置。
當時皮島兵變，這尚可喜率軍鎮壓，若不是沈世奎逃走，這尚可喜可就殺了沈世奎。
如今沈世奎當了總兵，對尚可喜恨之入骨。
崇禎六年十月，沈世奎借開會的名義，將尚可喜獨自一人騙到皮島。
沈世奎捏造罪名，意圖以謀反罪誅殺尚可喜。
這尚可喜趁機逃出皮島，最終與部下許而顯彙合。
尚可喜與許而顯等人商議，沈世奎已經將他定罪，如果再回大明，勢必會被處斬。
走投無路的尚可喜，隻能投靠在遼東的後金。
尚可喜讓部下許而顯去了盛京，與皇太極洽談。
皇太極聞言，站起身來大喊一聲：“天助我也！”
皇太極還賜給尚可喜本部，為“天助兵！”
儘管尚可喜的家人都被清兵殺害，但走投無路的尚可喜已經沒有其他選擇。
此外，皇太極對他非常器重，這與明朝截然不同。
皇太極親自出城十裡迎接尚可喜歸降，並於崇德元年即明朝崇禎九年）冊封了三位漢族王爺。
孔有德被封為恭順王，耿仲明被封為懷順王，而尚可喜則被封為智順王。
皇太極還將被俘的尚可喜家族成員歸還給他，並將海州賜予尚可喜作為封地。
公元1644年，明朝滅亡，清朝入關。
順治元年1644年），尚可喜隨清軍進入山海關，開始了他長達十多年的征戰生涯。
順治六年1649年），尚可喜率領大軍，進入廣州。
經過長達十個月的圍城戰，終於攻破城池，俘虜了南明的兩廣總督佟養甲，並斬殺了六千多名南明士兵。
隨後，尚可喜放任軍隊進入廣州城，對城中的居民展開了一場血腥的屠殺。
這場屠殺導致了廣州城內七十萬多男子死亡，史稱"庚寅之劫"。
順治九年1652年），尚可喜與耿繼茂一同擊敗南明將領李定國，平定潮州城。
次年，尚可喜再次擊敗李定國，鞏固了自己在廣東地區的統治地位。
此後，尚可喜被封為平南王，並在廣東開創了一個相對獨立的小朝廷。
尚可喜采取了一係列措施來維護社會秩序，包括重建禮樂文教、安撫南明遺民、促進農業發展等。
此外，他還捐資廣建佛寺，以容納明末出家的學者。